用做物理过滤的滤材，通常也是我们所熟悉的滤材，常用的包括：白棉、毛绒棉或生化棉等三种。
1、白棉：主要是以聚酯纤维为材质制成，具有密致的过滤筛孔，可以将循环水的中尺寸比其筛孔大的固体颗粒悬浮物给滤除掉。质量轻、可任意折叠、过滤效果佳是其特点。商品都呈片状，大约1~1.5cm厚，使用时可用剪刀裁剪成所需的大小布置于物理过滤的滤材室中。能单独使用或与羊毛绒搭配使用，若单独使用，通常需布置至少2~3层比较能发挥预期的过滤效果。虽然脏了可以清洗后再继续使用，不过常导致原来编织的筛孔结构完全破坏，难免影响其过滤效能，最好以直接更新为佳。
2、毛绒棉：是一种由高密度聚酯纤维精制而成的过滤棉，它的材质与外观和白棉相当类似，不过跟白棉比起来，其质地更加柔软许多，以及交叉式纤维组织也比较细致且绵密，拦住性非常好，因此比白棉更能过滤细小杂质。商品通常呈蓬松的团状，使用时必须用手撕成所需的大小；或者也有类似白棉一般呈规则片状的商品，使用时需用剪刀裁剪成适用的大小。通常铺2~3cm厚度使用，若脏了只要拿去水洗，就可以继续使用，不过清洗几次之后，大概也需要去旧更新。如果能在其上铺设一层白棉，可以延长它的使用寿命。
3、生化棉：也是使用聚酯纤维为主要原材料制造，能同时发挥物理过滤及生物过滤的双重功能，只是效果都没有物理过滤或生物过滤那么好。它的材质与白棉相似，差异只是孔隙结构固定，外观多呈的砖块状，因孔隙明显较大，故只能过滤较大污染悬浮物，如果摆设在白棉或羊毛绒的下一层，可充当生物滤材使用。其特点是有优良的耐皱性，弹性和尺寸稳定性，可以重复清除而不变形，因此可以反复使用。由于完整的过滤系统包括物理过滤、化学过滤、生物过滤等三种不同的操作程序，如果过滤器不大，需要将整个流程压缩到非常精简才能达到目的，若以生化棉取代一般生物滤材使用，可以满足这个需要。
滤材的管理：
物理过滤的管理主要着重于其滤材的管理，而如何维护滤材顺畅操作则是从事滤材管理的主要工作。欲维护滤材操作顺畅，需随时注意其筛孔是否有被污染物堵塞的问题。如果发现循环水流的流速异常，甚至于有溢流的现象，即表示滤材有局部被堵塞的征兆，应该立即检查滤材是否很脏而必须换洗。换洗时最好不要一次全部处理掉所有的滤材，最好只处理上层最脏的部分就好，然后将干净或新滤材置入滤材仓格中，并把原本下层的旧滤材叠放在上层。