“三证合一”登记制度是指以前企业分别由工商行政管理部门核发工商营业执照、质量技术监督部门核发组织机构代码证、税务部门核发税务登记证，改为一次申请、由工商行政管理部门核发一个加载法人和其他组织统一社会信用代码营业执照的登记制度。
现在没有食品流通许可证这一说了，其他食品生产许可证，食品经营许可证这两个证件，仍然需要办理的。
自2015年10月1日新《食品安全法》以及与其配套的《食品经营许可管理办法》实施以来，原来分属不同部门的《餐饮服务许可证》和《食品流通许可证》开启“两证合一”的管理模式。今年1月13日，国务院常务会议决定，整合饭馆、咖啡馆、酒吧、茶座4类餐饮服务公共场所的卫生许可证和食品经营许可证,由食品药品监管部门一家许可、统一监管,并承担相应行政责任。餐饮服务公共场所的卫生许可证和食品经营许可证的“两证合一”进入快速整合阶段。按照国家食品药品监督管理总局的工作部署，2016年一季度要在全国范围内完成《食品经营许可证》的换证工作。
.县级以上地方食品药品监督管理部门负责本行政区域内的食品经营许可管理工作。
三证分别指：食品经营许可证俗称餐饮，食品流通许可证俗称预包装，卫生许可证
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