1.境内生产企业：核查申请人主体登记证明文件；
2.境外生产企业：核查申请人主体登记证明文件；允许产品上市销售的证明文件，如产品未上市销售，可不核查。
要求：
1.核查申请人研发场所、配备的设施、设备、检验仪器；
2.核查是否有专职的研发人员，人员资质、数量是否与产品研发相适应；
3.是否有文件明确规定研发机构职责、权限等。
1.申请人设立研发机构；
2.有与产品研发相适应的场所，配备相应的设施、设备和检验仪器；
4.有文件明确规定研发机构职责、权限。
生产企业按照良好生产规范要求建立与所生产食品相适应的生产质量管理体系。
生产企业按照良好生产规范要求建立与所生产产品相适应的生产质量管理体系。
生产企业应配备专职的食品安全管理人员和食品安全专业技术人员，人员资质符合岗位要求，人员数量满足生产需要；配备一定数量的生产操作人员，经培训合格后上岗。
1.查看生产企业组织机构图、人员花名册等，核实生产企业是否配备专职的食品安全管理人员、食品安全专业技术人员和生产操作人员，人员资质是否符合岗位要求，人员数量能否满足生产需要。
1.生产企业配备专职的食品安全管理人员、食品安全专业技术人员和生产操作人员，人员资质和数量符合要求；
2.生产操作人员经过培训后上岗。
生产企业的生产车间、生产设施和设备应当满足生产要求；存在引起食物蛋白过敏等食品安全风险的产品，不得与非特殊医学用途配方食品共线生产。
1.现场查看生产车间、生产设施和设备是否满足生产要求；
2.查看是否建立制度规定存在引起食物蛋白过敏等食品安全风险的产品不得与非特殊医学用途配方食品共线生产；
3.查看设备使用记录、批生产记录、出入库台账等，核查是否有存在引起食物蛋白过敏等食品安全风险的产品与非特殊医学用途配方食品共线生产的情况。
1.生产企业的生产车间、生产设施和设备能满足生产要求；
2.建立制度规定存在引起食物蛋白过敏等食品安全风险的产品不得与非特殊医学用途配方食品共线生产；
3.设备使用记录、批生产记录、出入库台账等证明存在引起食物蛋白过敏等食品安全风险的产品与非特殊医学用途配方食品不共线生产。
根据生产需要划分生产区域，设置洁净区级别。
1.现场确认是否根据物料特性、生产工序和设备等因素划分不同的生产区域；
2.各生产区域洁净级别设置是否合理，能否满足不同工序生产要求。
1.根据生产需要划分生产区域；
2.各生产区域洁净级别设置合理、有有效的隔离措施并满足不同工序生产要求。
1.洁净作业区应当安装空气净化系统，进入洁净区的空气必须经过净化；
2.有文件规定对空气净化系统运行情况及空气质量情况进行监测并定期进行检验；
3.有监测和检验记录；
4.温度、湿度、压差、尘埃粒子、微生物、换气次数、送风量等数据符合要求。
1.洁净作业区安装了空气净化系统，系统运行正常；
2.有文件规定对空气净化系统运行情况及空气质量情况进行监测和定期检验，并按规定执行；
4.压差、温度、湿度、尘埃粒子、微生物等监测数据符合规定；
5.有定期的洁净区空气质量检验报告，报告中数据符合要求。
注：洁净区主要包括，液态产品中物料与空气环境接触的工序、灌装间等，粉状产品中裸露待包装的半成品贮存、充填及内包装车间等。
生产企业应配备符合产品特性并能满足产品生产要求的生产设备，设备布局合理；设备设计、安装、运行和性能经过确认，确认方案经过审核、批准；有设备确认记录。
1.查看生产车间，核实配备的生产设备符合产品特性并能满足产品生产要求；
2.查看生产设备布局是否合理；
3.查看是否有设备运行状态标识；
5.核查是否有文件规定设备设计、安装、运行和性能应当经过确认，确认方案是否经过审核、批准；
6.是否有设备确认记录，记录是否完整。
1.生产企业配备符合产品特性并能满足产品生产要求的生产设备；
2.设备布局合理；
3.有设备运行状态标识；
5.设备设计、安装、运行和性能经过确认，确认方案经过审核、批准；
6.有设备确认记录，记录完整。
生产企业应当建立物料采购管理制度，规定物料从符合规定的供应商购进，物料采购应当有记录。对关键供应商应当进行审计，供应商确定和变更应当进行评估。
1.查看生产企业是否建立物料采购管理制度；
3.查看是否有合格供应商名录及关键供应商审计记录；
4.查看是否有物料供应商的确定及变更的管理规定；
5.抽查主要物料供应商的确定是否符合上述规定。
1.生产企业建立了物料采购管理制度；
3.有合格供应商名录及关键供应商审计记录；
4.建立了供应商确定及变更的管理规定；
5.主要物料供应商的确定符合上述要求。
生产企业应当建立物料验收制度，规定物料采购后应当进行验收。从国内购进的物料有出厂检验报告书和/或有资质的第三方检验机构出具的全项目检验报告；从国外购进的物料有原产地证明、检验报告及通关记录。物料验收应当有记录。
1.查看生产企业是否建立物料验收制度；
2.查看物料验收材料是否符合要求；
1.生产企业建立物料验收制度；
物料贮存区有与生产规模相适应的面积和空间；物料有标识并按品种、规格、批号等分别存放，能够避免差错、混淆和交叉污染；特殊物料按规定贮存条件贮存。
1.查看生产企业是否有与生产规模相适应的贮存面积和空间；
2.查看贮存区是否有分区，分区设置是否合理；
3.查看物料是否按照品种、规格、批次等分类存放；
4.查看物料是否有标识，标识内容是否齐全；
5.查看物料是否按规定条件贮存。
1.贮存区有与生产规模相适应的面积和空间；
2.贮存区有分区且分区设置合理；
3.物料有标识且标识完整规范；
4.所有物料按规定条件存放和贮存。
生产用水不低于生活饮用水卫生标准；与产品直接接触的生产用水采用去离子法或离子交换法、反渗透法或其他适当的加工方法制得，应符合纯化水卫生标准。
1.查看生产用水和与产品直接接触的生产用水是否符合相应要求；
2.查看与产品直接接触的生产用水制备方法是否符合要求。
要求:
1.生产用水及直接接触产品的生产用水符合相应要求；
2.直接接触产品的生产用水制备方法符合要求。
生产企业建立的生产管理文件规定了产品生产工艺规程，内容包括：产品名称，产品形态，产品配方，确定的批量，生产工艺操作要求，物料、中间产品、成品的质量标准和技术参数及贮存注意事项，物料平衡的计算方法，成品容器、包装材料的要求等。
1.查看生产企业建立的生产管理文件是否规定产品生产工艺规程；
2.工艺规程是否为现行版本；
4.工艺规程是否规定了各关键工序的收率要求，是否有相应的计算公式及单位换算说明；
5.工艺规程是否规定了包括包装工序在内的物料平衡计算方法，物料平衡概念和收率概念是否混淆等。
1.生产企业建立的生产管理文件规定了产品生产工艺规程；
2.工艺规程为现行版本；
3.工艺规程中产品配方、生产工艺等内容与注册申请材料一致；
4.工艺规程规定了各关键工序的收率要求，有相应的计算公式及单位换算说明；
5.工艺规程规定了包括包装工序在内的物料平衡计算方法，物料平衡和收率概念无混淆。
生产企业应当建立双人复核制度，规定物料经信息核对后称量。物料信息核对和称量环节应当经过复核确认并有记录。
1.查看生产企业是否建立双人复核制度；
1.生产企业建立双人复核制度；
投料前核对食品原料、食品添加剂种类、投料量等信息，确保按规定配方进行投料，并按生产工艺规程进行生产。投料和生产过程应有复核并记录。
2.确认生产过程与注册申请材料中生产工艺一致；
3.确认投料和生产过程经过复核确认；
4.投料、生产过程均有记录，记录完善。
1.试制样品投料与注册申请材料中产品配方要求一致；
2.试制样品按注册申请材料中生产工艺进行生产；
3.投料和生产过程经过复核确认；
生产企业应当建立物料平衡检查制度，产品应按产量和数量进行物料平衡检查。如有显著差异，应查明原因，在得出合理解释、确认无潜在质量事故后，方可按正常产品处理。
1.核查生产企业是否建立物料平衡检查制度；
1.生产企业建立了物料平衡检查制度；
每批产品的每一生产阶段完成后应当清场，填写清场记录并纳入批生产记录。投料前确认前次清场情况，确认结果应当有记录。不同品种的产品在同一条生产线上生产时，应有设备、厂房、容器等清洗验证方案及报告。设备、厂房、容器等经过有效清洁，确保产品切换不对下一批产品产生交叉污染。
1.检查生产企业是否建立清场管理规程；
2.生产后是否有清场操作记录并经检查确认；
3.现场检查生产车间状态，查看设备是否清洁，有无遗留与下次生产无关的物品等；
4.检查有无清场状态标识，标识是否明确；
5.存在不同品种产品在同一条生产线上生产情况的，检查是否有设备、厂房、容器等清洗验证方案及报告；设备、厂房、容器等是否经过有效清洗。
1.企业建立了清场管理规程；
2.每批产品的每一生产阶段完成后均有清场记录，记录完善并经确认；
3.现场有清场合格凭证；
4.生产车间设备清洁，无遗留与下次生产无关的物品；
5.存在不同品种产品在同一条生产线上生产情况的，有设备、厂房、容器等清洗验证方案并进行有效清洁，清洗验证报告和记录能够证明可以有效防止交叉污染。
1.查看每个批次试制样品是否均有批生产记录；
2.批生产记录内容是否能够追溯到该批产品的生产历史以及与质量有关的所有情况；
3.批生产记录是否包含了关键生产步骤的描述和记录；
1.每个批次试制样品均有批生产记录；
2.批生产记录内容全面，能反映出该批产品的生产和质量有关的所有情况；
3.包含了关键生产步骤的描述和记录；
4.批生产记录可追溯；
申请人应当进行持续稳定性考察；考察应当有考察方案和考察结果报告。考察方案和考察结果报告符合要求。
1.核查申请人是否有持续稳定性考察方案；
3.是否按照稳定性考察方案进行考察，并有相应考察记录、检验记录和考察报告；
1.有持续稳定性考察方案；
3.按照稳定性考察方案进行考察，并有相应考察记录、检验记录和考察报告；
检验机构具备的检验设施、设备和检验仪器能够满足按照特殊医学用途配方食品国家标准规定的全部项目逐批检验的要求；检验仪器、设备的性能、精密度能达到规定的要求并有合格计量检定证书；有与检验项目相适应的专职人员。
1.查看检验部门检验设施、设备和检验仪器等能否对规定的全部项目进行检验；
2.现场查看检验仪器、设备运行状况是否正常；
3.查看检验人员花名册，确认配备的检验人员能够满足检验要求。
1.检验部门配备的检验设施、设备和检验仪器等能满足检验要求；
2.检验仪器、设备的性能、精密度能达到规定要求并有合格计量检定证书；
3.配备的检验人员满足检验要求。
申请人应建立产品质量检验制度和检验设备管理制度。
核查申请人是否建立产品质量检验制度和检验设备管理制度。
1.申请人建立产品质量检验制度并有效执行；
2.有检验设备管理制度并有效执行；
3.检验报告和原始记录按规定保存完好，原始记录可复现检验全过程且记录规范；
4.检验合格证号能追溯到检验报告。
建立完善的检验质量体系文件，文件对产品质量要求中全部项目规定了相应的检验方法和检验规程。
1.核查申请人是否建立包括检验方法、检验规程等内容的检验质量体系文件；
2.是否对产品标准要求规定的全部项目进行规定并对检验方法进行验证；
3.查看原始检验记录，确定是否采用规定的检验方法进行检验；
4.确认是否有可追溯的检验原始记录。
1.申请人建立了完善的检验质量体系文件；
2.检验质量体系文件对产品标准要求规定的全部项目建立相应的检验方法和检验规程，并对检验方法进行验证；
4.产品按照规定的方法进行检验；
5.有可追溯的检验记录。
说明：
现场核查项目分为：生产能力、研发能力、检验能力、生产场所、设备设施、人员、物料管理、生产过程管理八个部分共24个核查项目，其中关键核查项目5个（“*”项目为关键核查项目，其他为一般核查项目）。