营养与食品卫生学系始建于1976年，由原南京铁道医学院卫生系的营养与食品卫生学教研室、卫生分析化学教研室、儿童少年卫生学教研室组成，现有营养与食品卫生学、分析化学、儿童青少年卫生学3个学科方向。1979年挂靠招收卫生分析化学硕士研究生、1986年挂靠招收儿童少年卫生学硕士研究生，1997年将以上3个学科合并为营养与食品卫生学系。
2000年营养与食品卫生学系开始招收首届硕士研究生，并先后于2001年、2003年被国务院学位评定委员会批准为营养与食品卫生学和分析化学硕士授予点，2007年被批准为营养与食品卫生学博士授予点。2002年成为东南大学“985工程”一期建设学科。“卫生分析化学”、“营养与食品卫生学”被评为东南大学本科优秀课程和精品课程，2004年获东南大学优秀课程群。
学系近年来先后承担了“十三五”和“十四五”国家重点研发计划及重点专项青年科学家项目、国家自然科学基金等多项国家级、省部级和国际合作课题，获得多项成果奖，在慢性病防治、儿少妇幼健康、精准营养、居民健康素养提升、功能食品评价、新型未来食品开发、以及食品化学污染物、致病微生物、过敏原的监测与控制等所属学术领域具有一定的影响力。
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