增加了清洁作业区、准清洁作业区、一般作业区、接触食品用水、非接触食品用水、食品安全管理人员的定义；调整了污染、虫害、食品生产场所、食品生产人员、接触表面、工作服等定义。
二、调整了标准架构
将原“6卫生管理”、“8生产过程的食品安全控制”、“13管理制度和人员”中的有关内容合并；
将原“12培训”、“13管理制度和人员”中的有关内容合并；
原“6卫生管理”改为“6食品安全管理”；
原“11产品召回管理”改为“11产品召回及追溯管理”；
原“12培训”改为“12人员培训”。
三、细化和完善了生产各环节的具体规定
1、优化了选址和厂区环境要求
新增难以避开虫害大量孳生潜在风险的场所时应有必要的消除措施；植被种类、农药及肥料品种及其施用方式应防止污染生产区域；厂区内不应饲养与生产无关的动物；厂区应根据需要采取适当措施防止污水倒流和地面积水；办公区（生产现场记录区除外）应与生产区保持适当距离或分隔等要求。
2、优化了厂房和车间的要求
（1）设计布局方面，新增了内部设计和布局应满足安全生产、设备安装和检修的要求；厂房内设备、管道布置应易于操作、维修和清洁；检验过程中防止交叉污染。明确清洁作业区应根据不同产品特点和工艺要求制定相应的清洁度要求。
（2）建筑内部结构与材料：明确建筑内部结构应不易脱落；细化了对顶棚、墙壁、门窗的要求。
3、细化了设备设施的要求
（1）对供水设施、排水设施、清洁消毒设施、废弃物存放设施、个人卫生设施、通风设施、照明设施、仓储设施、温湿度控制设施均有新增的具体要求。比如，排水设施新增了“地漏封闭性能有效性检查”和“设置固体废弃物收集装置”的要求。此部分内容变化较多，具体要求详见比对表。
（2）设备方面，新增了“移动式设备保存”和“特种设备符合性”的要求；明确噪声大或粉尘多的设备，应考虑采取有效措施降噪除尘；新增了“配备监控设备和设施的原则”的要求。
4、完善食品安全管理要求，增加了“HACCP原理及其应用指南”
（1）应遵循危害分析与关键控制点（HACCP）原理，开展生产过程的危害分析，并建立相应的食品安全控制措施。增加了附录A“HACCP原理及其应用指南”。提出了HACCP原理、HACCP原理的应用步骤、培训、食品企业HACCP原理应用的灵活等内容，并附图表具体示例了HACCP原理应用的逻辑顺序、确定关键控制点的判断树、危害分析工作单、HACCP工作表等。
（2）管理制度和人员管理的内容进行了完善，并与《食品安全法》等同步；
（3）厂房及设施管理：新增“已清洗和消毒过的可移动设备和可拆卸器具，应放在能防止其食品接触表面再受污染的适当场所，并保持适用状态”的规定。
（4）明确了食品添加剂应按标示的贮存条件贮藏的要求。
6、细化了生产过程的食品安全控制要求，新增寄生虫控制、内外包装要求、致敏物质管理
（1）新增寄生虫控制要求。对可能存在寄生虫污染风险的食品，应确保相应的控制措施能发现和杀灭寄生虫及其虫卵。
（2）增加致敏物质管理有关内容，从食品配方、原料、生产工艺和流程、研发、设备设计、工器具管理等过程提出要求，还对人员培训以及建立管理制度提出相应的要求。
（3）明确微生物监控以指示菌监控为主，必要时进行致病菌监控。
（4）新增外包装和内包装材料要求。应避免外包装材料直接暴露于裸露半成品、成品的同一空间内，防止外包装表面的灰尘等污染食品；内包装应确保达到生产要求的包裹及封口效果。
7、完善了检验要求
（1）明确留样要求。留样量应满足产品复检数量要求，样品保存期限不得少于产品保质期。
（2）明确实验室分区要求。在同一检验室设分区时应当对相互影响的相邻区域采取有效的隔离措施，防止检验交叉污染以及分析仪器之间、人员之间相互干扰。
8、新增了食品的贮存和运输要求
（2）新增委托贮存、运输食品要求。
9、新增了产品召回及追溯管理要求
（1）新增了“对被召回的食品应进行显著标示或者单独存放在有明确标志的场所”的要求，并且要求无害化处理、销毁措施应如实记录。
（2）明确“食品生产者应当根据国家有关规定建立食品安全追溯体系”的要求，与《食品安全法》同步。
10、明确了人员培训要求
明确了食品安全专业技术人员以及食品生产人员相应的食品安全知识培训合格后上岗等要求，与《食品安全法》同步。
11、完善了记录和文件管理要求
（2）修订记录和凭证保存期限。记录和凭证保存期限不得少于产品保质期满后六个月；没有明确保质期的，保存期限不得少于二年。