按照《畜禽养殖业污染防治技术规范》，将畜禽粪污作为农用有机肥进行还田利用，是治理畜禽养殖污染问题的根本出路，也是治本之策。
畜禽粪污主要有固体废物和液体废物两类。固体废物主要有畜禽粪便、沼渣等。液体废物是指养殖场产生的废水，其COD、总氮、总磷、悬浮物等浓度都很高，处理难度较大。但如果这类废水在符合技术规范的要求下进行无害化处理，再作为农用有机肥还田利用，既能压缩养殖场废水处理工艺流程，又能降低废水处理成本，还能增加土壤肥力。
根据《关于进一步明确畜禽粪污还田利用要求强化养殖污染监管的通知》，畜禽粪污的处理应根据排放去向或利用方式的不同执行相应的标准规范。
对消纳土地充足的养殖场，粪污还田利用具体要求应符合《畜禽粪便无害化处理技术规范》《畜禽粪便还田技术规范》，采用合理的发酵工艺对粪污进行无害化处理，确保沼液完全发酵，各项指标达到规定要求，即可作为肥料还田利用。配套土地面积应达到《畜禽粪污土地承载力测算技术指南》要求的最小面积，周边有足够土地能够消纳全部的沼液、沼渣，而且养殖场应位于非环境敏感区，周围的环境容量要大。
实现农田灌溉的难点在于COD的去除，这主要跟养殖场产生废水的源头水质，即清粪方式有很大关系。干清粪模式用水量最少，产生废水的COD浓度通常小于5000mg/L；水冲式清粪工艺的日常管理比较方便，但用水量较大，产生的废水水质较差，COD浓度通常上万，处理难度较大；水泡式清粪模式的用水量介于干清粪与水冲粪之间，产生的废水水质最差，处理难度最大。
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