我国玉米深加工业集中在东北、华北和黄淮地区。山东和吉林省的深加工能力最大，合计占到全国的将近50%。玉米深加工消耗玉米数量正在呈逐年递增的趋势；淀粉和酒精价格自09年以来持续走高，目前处于高水平运行全国的玉米深加工企业，无论是大型还是小型，开工率普遍处于高水平。
玉米作为主要的粮食作物，一直以来都是商品市场上的大品种，然而近年来“老玉米”又添加了“新身份”，除最基本的农业种植以及初级的食品、饲料加工外，还出现了采用物理、化学方法和发酵工程等工艺技术对玉米进行深度的加工。玉米深加工是国家优化粮食生产结构，也是解决三农问题的一个重要措施。玉米的这一新身份无疑为玉米深加工产业的形成和壮大提供了必要条件，一系列的玉米深加工企业也应运而生。
在这次召开的“两会”期间，关于玉米深加工的话题又重新浮出水面，受到了全国各界的重视。
玉米深加工业存在的问题
近年来我国玉米工业加工迅速发展，消费的玉米大幅度增加，对我国乃至世界的玉米供求平衡和流通格局都产生了重大的影响。国家粮食局副局长曾丽瑛早在第四届国际玉米产业大会上曾表示：“有些地方的玉米加工和深加工发展过快，国家在产业政策方面将会做进一步的规划调整。从整体调控措施看，将坚持市场优先，保证饲料企业的供应，保证市场供需和价格基本稳定。”近年来随着我国玉米深加工的快速发展，由玉米加工和深加工带来的严峻问题也随之增多。
一、环境污染问题。目前我国从事玉米加工的企业在500-580家左右，玉米加工规模超过50万吨以上的全国只有61家；规模在30万吨以上的不足100家；剩下的20万吨以上的有150家左右；剩下的绝大部分都是10万、5万、3万吨规模的小企业。由于承担我国玉米深加工担子的大多是小企业，大规模企业屈指可数。在玉米深加工中，小企业的科技含量及资源综合利用率都很低，抗市场风险能力差，产品品种单一，收益率低，导致能源消耗高、环境污染治理难度大。在环境污染和资源利用上小企业是很难和大规模企业进行竞争的。
在2008年北京奥运会期间，为确保奥运期间空气质量，国家各级环保部门大范围地开展了排污整治工作，对于废气污染物不达标的华北地区部分玉米深加工企业，下达了奥运会期间停止生产或运行的通知。
二、粮食安全问题。由于玉米深加工利润客观，多数企业踊跃投身到玉米深加工行业中。然而目前国内包括玉米在内的粮食供应压力大，玉米深加工产业的发展又促使我国玉米在工业上的需求增大。目前国内三分之一的玉米都用作深加工，然而国家发改委在2007年发布的《关于促进玉米深加工业健康发展的指导意见》却提出，玉米深加工用粮规模不得超过玉米消费总量的26%。所以对于玉米深加工产业的过热过快发展，不合理的深加工利用，如果不及时予以调控，势必会对我国的总体粮食安全产生影响。
记者调查了解到，部分在建的玉米加工厂不符合土地审批、环境评价、信贷政策等要求。然而一些地区却出现玉米加工能力扩张过快、低水平重复建设严重、玉米加工转化利用效率低和污染环境等问题。玉米深加工产能扩张的速度一度超过了玉米产量的增长速度。
“目前国内粮食正处于“紧平衡”的状况，国家在玉米深加工业的管控方面应加大力度，并限制农产品及其加工产品的出口。”全国人大代表、中国储备粮管理总公司总经理包克辛说，用粮食加工酒精或淀粉，从重量上换算，大约是3：1，转化为肉禽大约是3：1—4：1。也就是说每出口一斤上述产品，就相当于出口了3—4斤的粮食。
政策回顾
2006年12月18日：国家发改委、财政部联合下发《关于加强生物燃料乙醇项目建设管理》的通知，要求各地暂停核准和备案玉米加工乙醇项目，并对在建和拟建的项目进行全面清理，从而揭开了国内对玉米深加工发展的限制与引导的序幕。
2007年9月5日：国家发改委印发《关于促进玉米深加工业健康发展的指导意见》，为我国玉米深加工行业的产品结构及区域布局提供了轮廓，规定将深加工用粮规模占玉米消费总量的比例控制在26%以内。将玉米深加工项目，列入限制类外商投资产业目录，玉米深加工行业由此迎来了产业结构调整的震荡期。
2010年1月1日起：国家有关部将酒精和燃料乙醇的进口关税消减25%至5%。
2010年4月6日：《关于进一步加强淘汰落后产能工作的通知》，2009-2011年将淘汰落后酒精产能100万吨。截至2010年9月底之前全国淘汰了落后酒精产能65.8万吨。
2010年7月15日起：“关于取消部分商口出口退税的通知”，国家开始将酒精和玉米淀粉的出口退税取消。目的在于抑制国内玉米制品的出口，以降低国内深加工企业对玉米的需求，保证国内玉米供给。
2010年11月5日：“国家发展改革委办公厅关于对玉米深加工已建和在建项目进行清理的紧急通知”，所有以玉米为原料进行加工转化的已建、在建玉米深加工项目（含淀粉加工项目）进行全面清理、审核。并且要求根据目前玉米供求的严峻形势，暂停核准玉米深加工项目，严禁擅自开工建设。本次清理深加工项目的目的是为了在当前玉米市场价格不断上涨的状况下，降低深加工企业用粮数量，以优先保证饲料养殖业的玉米需求。
2010年11月17日：国务院总理温家宝主持如开国务院常务会议，会议特别强调要“关停违规建设的玉米深加工企业”，并在必要时可实行价格管制。反映出针对不断走高的国内玉米价格，国家调控力度正进一步加大。重点强调要关停违规建设的玉米深加工企业，反映了国家对一段时期以来玉米深加工企业玉米需求对玉米价格上涨推动作用的担心，成为国家调控玉米市场组合拳中的又一措施。
山东寿光金玉米公司作为一家大型的以玉米深加工为主的企业，在面临国家政策一步步收紧的同时，并没有感受到太大压力。寿光金玉米公司的孙荣光经理在接受中华粮网记者采访时说：“我们的玉米供应渠道主要针对山东地区，德州和沧州。我们的企业一直在不断提高生产效率，产业链条很稳定。”孙经理表示，在玉米深加工企业很有可能面临重新洗牌的时候，大型的更具实力的企业不仅不会感到压力，反而会视这为一种机会。
中华粮网研究员表示，国内深加工企业旺盛的需求成为国内玉米价格上涨的一个主要推动力量。有数据显示，2009/10年度，国内深加工企业玉米消费数量预计已经达到了4200－4500万吨，而2010年度深加工消费数量仍在继增加。该研究员告诉记者：“根据国家规定的将深加工用粮规模占玉米消费总量的比例应该控制在26%以内，可据我所知，用于深加工的玉米消费量曾一度超过了28%。”