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1.不同的法律效力。食品流通许可证已被注销，不具有法律效力，食品经营许可证为现行许可证。
2.不同的管理部门。食品经营许可证则由食品药品监管部门管理，食品流通许可证首先由工商部门管理。
没有食品经营许可证怎么处理
根据《食品安全法》第八十四条的规定，无证照从事食品经营活动的，由工商行政管理部门没收违法所得、违法经营的食品和用于违法经营的工具、设备等物品，
非法经营的食品价值不足10000元的，处以2000元以上50000元以下的罚款;货值金额10000元以上的，处以货值金额5倍以上10倍以下的罚款。
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