亮点一、明确未列入分类目录和无审查细则的食品品种实施生产许可审查的原则
亮点二、明确电子申请材料与纸质的具有同等法律效力
与《办法》规定一致，有利于做好与食品生产许可信息系统的数据衔接，加快推进食品生产许可规范化、信息化、高效化。
亮点三、对于申请材料的完整性、规范性、符合性进行了归纳分类，与《食品生产许可管理办法》有效衔接
2.规范了申请材料的部分要求，如“法定代表人或负责人签名并加盖申请人公章”，修改为签名或加盖公章；新增从事分装生产的，应在相应品种明细后注明。
3.调整申请材料符合性的审查要求。将申请人主体资格、主要设备设施清单、生产工艺流程等是否符合法律、法规和标准要求列为符合性审查内容。
亮点四、除首次申请许可外，明确需现场核查的情形
在现场核查方面，明确了需要组织现场核查的各种情形，具体条款如下：
《通则》第八条，按照申请食品生产许可的要求审查的三种情形：非因不可抗力原因，食品生产许可证有效期届满后提出食品生产许可申请的；生产场所迁址，重新申请食品生产许可的；生产条件发生重大变化，需要重新申请食品生产许可的。
《通则》第十条，属于变更食品生产许可情形且可能影响食品安全的，包括：现有设备布局和工艺流程发生变化的，主要生产设备设施发生变化的，生产的食品类别发生变化的，生产场所改建、扩建的，其他生产条件或生产场所周边环境发生变化且可能影响食品安全的；
《通则》第十二条，属于延续食品生产许可情形的，且生产条件或周边环境发生变化，可能影响食品安全的；
亮点五、缩短了部分审查环节的时限
缩短了部分现场审核的时限，简化审批流程，提高办事效率。审查过程中审核组的异议解决环节时限由3个工作日缩短为1个工作日；核查组自接受现场核查任务之日起完成现场核查的时限由10个工作日，缩短为5个工作日；详见《通则》第二十、二十八条。
亮点六、调整与法律法规不适应的内容
删除外设仓库、委托办理许可材料等与《办法》不适应的条款内容。
《通则》第三十条新增根据立案调查结果应终止许可程序或恢复许可程序的具体情形。因申请人涉嫌食品安全违法被立案调查或涉嫌食品安全犯罪被立案侦查的，审批部门应当终止生产许可程序。
亮点八、附件增加了现场核查评分原则，修改生产场所等3项分值
4.增加食品安全追溯管理体系、运输和交付管理制度、生产设备维修保养等核查内容，明确采购管理制度及进货查验记录制度、检验管理制度及出厂检验记录制度的核查内容，明确对管理制度执行情况的核查，加强对生产加工过程记录、人员培训记录等的核查。