生物有机肥可视为有机肥料、微生物肥料和少量无机肥料的混合产物。因此，生物有机肥的生产包括有机肥料的生产、功能微生物菌剂的发酵生产、无机肥料的生产以及将这三种肥料进行合理的混合四大部分。其中有机肥料和无机肥料的生产均有相应的国家标准，并已形成较为成熟且具有一定规模的生产技术方案。生物有机肥中的功能微生物是生物有机肥生产的核心。为了发挥有机肥料、微生物肥料和无机肥料各自的优势，同时避免单一使用这三种肥料的不足，生物有机肥的生产需要将有机肥料、功能微生物菌剂和无机肥料进行合理的配比和有效的混合，本节将重点阐述生物有机肥料生产中的生物有机肥混合配比的基本原则和配制方法。
生物有机肥混合配比的基本原则
功能微生物菌剂是生物有机肥的核心，因此，生物有机肥生产中的功能微生物菌剂与其他肥料或物质的混合，以不伤害功能微生物活性为主要原则。适宜的功能微生物菌剂混合一般包含以下四种情况：
1.功能微生物菌剂之间的混合
不同功能微生物之间的混合可以实现功能上的互补，进而丰富和完善生物有机肥的生物学功能，也可以有效提升生物有机肥品质。功能微生物菌剂之间的混合以功能微生物能够共存为原则，即功能微生物菌剂之间的混合不能造成功能微生物之间产生相互抑制或严重的竞争的关系。
2.功能微生物菌剂与有机肥料之间的混合
有机肥料与功能微生物之间一般不存在抑制关系，属于可以混合的范畴。
3.功能微生物菌剂与无机肥料之间的混合
无机肥料本质上为含氮、磷、钾的盐类，大量的无机肥料与功能微生物之间的混合肯定会因盐度或渗透压的升高抑制或杀死功能微生物，但可选择适宜的无机肥料种类和控制无机肥料的用量，或者从工艺上避免无机肥料对微生物活性的影响，一般而言生物有机肥中的无机肥料所占的比例一般仅为10%-20%,也可以根据作物生长需要，适当增加，同时应该避免对功能微生物的损害。此外，功能微生物施入土壤后，其生长繁殖可能需要一些特殊的微量元素。如固氮菌可添加少量的钼、铁、钴等微量元素。
4.功能微生物菌剂与其他物质之间的混合
生物有机肥的生产除以有机肥料、功能微生物菌剂、无机肥料三大类肥料之间的混合为主外，还会添加一些微量元素以提升生物有机肥的性质或品质。如可与少量的稀土混合，以增加生物有机肥颗粒的黏合性。与石灰氮、草木灰的混合，利用其碱性中和有机肥料的酸性，从而提高生物有机肥的肥效。与过磷酸钙的混合，既增加了生物有机肥中的磷元素的含量，又使钙离子与土壤中的腐殖质结合，促进土壤中水稳性团粒结构的形成，使土壤更为疏松、通气。与无机肥料相似，在严格控制这些物质的用量前提下，功能微生物菌剂与这些物质之间的混合也属于可以混合的范畴。
不适合与功能微生物菌剂混合一般包含以下三种情况：
①功能微生物菌剂不能与含有大量挥发氨的无机肥料混合。
②功能微生物菌剂不能与农药、杀虫剂混合。
③功能微生物菌剂不能与大量过酸或过碱的物质混合。
生物有机肥混合配制的基本方法
1.确定养分比例及含量
生物有机肥的养分比例与土壤肥力水平、作物种类、气候条件、耕作方式等条件有关。理论上应该按照国家测土施肥的要求，根据土壤的基本肥力水平和土壤的养分需求，确定生物有机肥的养分比例。亦可以针对某一特定种植区域的土壤特性和某种作物对养分的特殊需求，开发和生产针对某一区域或特定作物的生物有机肥。一般大棚蔬菜的水肥较多，因此可根据可溶肥的要求，进行新型生物有机肥开发。
2.生物有机肥的配制生产
原则上生产生物有机肥一定要使肥料养分分布均匀，物料形态良好。粉剂的生产较为简单。一般要求先用粉碎机或人工将大块肥料充分粉碎、过筛，然后分别称取各种原料肥的质量，再进行充分的固体混合。原料肥的称重和混合最好采用自动化的机械设备进行，充分保证产品的质量，减少人为因素的干扰。粉末状生物有机肥生产可将有机肥料、微生物肥料和无机肥料同时均匀混合，混合后可直接施用。但颗粒状生物有机肥料的生产一般要求较高。采用有机肥料、无机肥料以及其他填充物质充分混合、造粒后，再在干燥的有机肥料-无机肥料复合肥颗粒的表面黏裹粉末状的功能微生物菌剂。为了便于机械化的施肥作业和农民播撒化肥，最好将生物有机肥制成颗粒状。为了发挥有机肥料、微生物肥料和无机肥料各自的优势，弥补单一施用这三种肥料的不足，生物有机肥的生产需要合理的配比和大量针对性的研究。实际实施过程中要按照测土施肥，进行一地一个配方的精准配制，确保氮、磷、钾的高效利用和土壤结构的有效改善。