在法律层面上，食品流通许可证与食品经营许可证存在显著的区别，以下是具体分析：
在法律效力方面，食品流通许可证已被废止，因此不具备任何法律效力，而食品经营许可证则是目前合法有效的经营许可。
管理部门也有所不同，食品流通许可证最初由工商行政管理部门负责管理，而食品经营许可证的颁发和管理则归属于食品药品监督管理部门。
在办理营业执照的程序上也有所区别，食品流通许可证可以在取得营业执照之后办理，而食品经营许可证则必须在取得营业执照之前办理。
食品流通许可证与食品经营许可证的具体差异如下：
1、定义差异：食品流通许可证是由工商行政管理部门针对食品经营主体进行许可的一种文件，主要针对食品流通环节，而食品经营许可证则是在原流通许可证的基础上，合并了卫生许可证，涵盖了更广泛的经营范围。
2、使用对象差异：食品流通许可证主要针对食品批发、零售等环节，而食品经营许可证则适用于包括小作坊、餐馆、糕点铺以及从事批发、零售的商店等在内的更广泛的食品经营主体。
食品经营许可证与食品流通许可证在法律效力、管理部门、办理程序等方面均存在显著差异，为了确保食品经营活动的合法合规，企业应按照现行法规办理食品经营许可证。
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