南京农业大学教学动物医院门诊部是集疾病诊治、免疫接种、教学科研及行政管理于一体的功能部门。
本院设有内科、外科、皮肤科、眼科、老年病、中兽医科等诊室，服务前来就诊的病例。另外，本院设有学习室和病例讨论室，提供日常教学和科研交流。
咨询台
挂号处
门诊部每天有5名专职医生和1位领域专家参与门诊接诊和病例处置。门诊部设6个诊室，每个诊室配有常规诊疗设备一套，另具有检眼镜2台、裂隙灯1台、眼压仪2台。
门诊部
处置室配有处置台5台，麻醉机1台、呼吸机1台，多参数监护仪1台，可进行门诊及住院病例的常规处置。输液室联合病房配有输液台15张，住院笼位50个，输液泵30台。免疫室为南京市兽医站定点免疫单位，负责犬猫常见传染病及狂犬病的免疫接种工作。
处置室
住院部简介
南京农业大学教学动物医院住院部分为犬住院部，猫住院部以及传染病住院部。本院配有标准住院笼位和供氧系统，全天候新风系统，恒温恒湿，为住院动物提供安全舒适环境以及专业的医疗服务。
犬住院部（宽敞明亮，阳光充足）
猫住院部（单独区域，环境安静）
住院部现有住院医生3名，助理医生6名。医生和助理团队日均处置住院动物20余例，坚持每日病例会诊，对危重病例进行分级重点监护，是一支认真负责，热情专业的队伍。
学习室为在我院实习和进修的学生提供的学习场所，现有各类专业图书约1000册，学习坐位30个。病例讨论室为我院定期培训和病例讨论场所。
病例讨论
手术中心简介
南京农业大学教学动物医院手术中心拥有无菌手术室1间、眼科手术室1间、牙科操作间1间，配备手术准备室、消毒室和处置室各1间。手术室配备加热手术台、麻醉机、呼吸机、多功能心电监护仪、血压仪4套，配有常规外科器械20余套、骨科手术器械3套、神经外科器械1套、眼科显微手术系统1套、牙科处置平台1套、内镜1台，可以进行软组织外科、骨科、胸外科、神经外科、眼科、牙科等多学科手术。
手术室现有麻醉和手术主管1名，手术医师5名，麻醉和手术助理若干（专职2名，另有若干外科手术和麻醉方向的研究生）。在侯加法教授带领下，对动物外科病诊断及手术治疗具有扎实的基础和高超的技术，软组织外科、骨科、神经外科手术成功率较高。
检验中心简介
南京农业大学教学动物医院检验中心是集教学、科研和门诊为一体的综合临床检验室，也是本科生、研究生门诊实习培训基地。检验中心现设有临床采样室、常规检验室、PCR诊断室、微生物室和病理实验室；
配有希思美康全自动生化分析仪、ABAXIS动物用血液生化/电解质分析仪、微纳芯动物专用全自动生化分析仪、斯马特全自动生化分析仪、希莱恒电解质分析仪、ABAXIS全自动血细胞分析仪、迈瑞全自动血细胞分析仪、AppliedBiosystemPCR仪、莱卡显微镜等多台仪器和设备；现有专业技术人员13人，其中教授1名，副教授3名，兽医师9名，博士及硕士学历共11人。
检验科主要进行临床病例的一般检查和特殊检测，同时也承担着教学和科研项目实验室部分的检验和分析，检查项目有100多项，对各种动物的血液、尿液、组织液等进行常规和特殊分析，对病毒、细菌和真菌进行分离、培养和鉴定，可自主完成药物敏感实验和组织病理学检查。
影像诊断中心简介
南京农业大学兽医影像诊断中心是专业从事兽医影像诊断和研究的机构。中心现有X光室、B超室、CT室和核磁共振室各1间，拥有ARIA数字X光机、MRI核磁共振成像仪、百胜MyLab40彩超、日立Supria16层螺旋CT和万东I_Open0.35T-Vet宠物专用磁共振成像系统，可对中小型动物各组织脏器进行形态、结构以及功能的影像学诊断和研究。
核磁共振成像仪
ARIA数字X光机
中心现有专业技术人员8人，其中教授2名、副教授2名，实验师1名，讲师1名，住院医师2名；拥有3位中国兽医影像专科医生评审委员，可对动物疾病影像诊断提供全面准确评估。