人的心理健康是一个具有相对独立性质的极为复杂的动态过程，因而制约心理健康，造成心理偏差、心理障碍或心理疾病的因素也是极其复杂多样的。
1.生理因素(1)遗传因素。如果没有一定的生理条件,或这些生理条件不充分，人的心理活动就要受到影响或阻碍。在有心理健康问题的中小学生中，家庭中有意病、活动过度、注意力不集中病史可能会对中小学生的心理健康发生不良的遗传影响。国内外有大量研究者对多动症的家庭性倾向进行了研究，也说明了遗传因素对中小学生心理健康的影响。虽然溃传因素在一定程度上对中小学生的心理健康具有影响，但其作用也不是注定不变的。在遗传与环境因素的相互作用中，遗传因素所决定的不良发展倾向可以得到防止和纠正。
(2)分娩因素。母亲分娩过程异常，也是影响学生心理健康的一个重要因素。有心理健康问题的学生，其母亲在分娩过程中出现早产、难产、室息等异常情况的百分数、均显著地高于正常学生。
(3)发育迟缓因素。生理发育迟缓对学生心理健康的影响是从生理和心理两方面进行的。随着年龄的增长，学生的心理和行为会发生明显的变化，一方面是因为生理发育的程度、体内激素的分泌等，会对他们的心理和行为产生很大的影响，体内的生物化学介质的增加和不足，都会影响到人的心理和行为:另一方面伴随着生理发育的变化，其基本心理功能也在发展，如果生理上发育迟缓的话，就会使他们在心理上产生自单感,进而影响其自我意识的发展。
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