胃肠道疾病的根本原因就是肠胃内环境的变化导致。一般情况下，肠胃环境的PH是酸性的。犬猫胃内PH酸性更强，通常有害菌和病毒在胃酸的环境下是不能生存的。然而当胃肠环境发生改变（胃肠道酸碱环境失衡）时，大量有害菌和病毒在胃肠内繁殖，而其代谢产物损伤腐蚀胃肠粘膜，从而引起炎症。
常见胃肠炎病因
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饮食习惯或种类改变：饮食因素是造成胃肠不适的最主要原因。吃过量食物或吃太快会使胃容量急速胀大而导致突发性呕吐，冰冷的食物、油腻或纤维含量过多的食物不容易消化吸收，且会刺激肠道的蠕动，因此容易造成软便甚至下痢的情况，而食物的突然改变(例如换饲料或罐头牌子)也会使肠胃无法适应而出现呕吐及下痢等症状。当食物消化吸收不良时会导致多余的蛋白物质以氨的形式存在于机体内，导致肠胃道中的PH值升高，酸碱失衡造成有害菌的繁殖，增加肠胃炎的症状。（丝兰提取物减少氨的浓度可有效降低肠胃疾病的发生）。
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肠内寄生虫：蛔虫、钩虫、绦虫、梨型虫以及球虫是犬猫常见的肠内寄生虫，其中除了绦虫是藉由跳蚤传播之外，其余的寄生虫大多藉由口粪途径或吃了受虫卵污染的食物而感染。病患感染初期食欲极佳，偶有呕吐或下痢情况；但严重感染时，则出现腹痛、食欲不振、呕吐、下痢，甚至水痢血痢情况。
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急性传染性胃肠炎：急性传染性胃肠炎以病毒感染为主，包括小病毒（Parvovirus）、冠状病毒（Coronavirus）以及轮状病毒（Rotavirus）。病毒侵袭肠道的黏膜上皮细胞，使黏膜细胞无法正常吸收水份、电解质以及营养物质，导致这些重要物质从肠道大量流失。在黏膜细胞受损严重的情况下，会因为肠道出血以及大量细菌的入侵而导致血痢及败血症的并发症。
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食物中毒：吃入不新鲜食物或喜捡食垃圾维生的犬猫，较容易发生食物中毒。这些食物可能含致病细菌如沙门秆菌、大肠杆菌、弯曲杆菌，或产生细菌毒素，会刺激肠胃黏膜不正常地分泌水份及电解质，使大量物质由肠道流失，造成急性突发性呕吐及下痢。
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异物阻塞：吞入无法消化的物体或过大的物体都可能会造成消化道的阻塞，甚至造成消化道结构的损毁。从细小的毛发、针线、绳索、塑料袋，到骨头、玩具、玉米梗等都有可能会塞在胃肠内。异物阻塞的临床症状会因阻塞的位置而不同，上消化道的阻塞容易出现流口水、呕吐等症状；下消化道阻塞则会出现下痢或便秘等症状。而猫咪理毛的天性也使牠们易因毛球的堆积而产生呕吐的症状，严重时可能会造成肠道完全阻塞。
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慢性发炎性胃肠炎：可能因为食物刺激、免疫反应以及不明原因而引起，导致消化道长期处于发炎状态。病患长期出现呕吐、食欲不振、软便至下痢以及消瘦、营养失调等症状。
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其它非消化道因素：肿瘤、药物、肾脏病、子宫蓄脓、内分泌异常等都可能会影响肠胃蠕动或增加胃酸分泌而导致胃溃疡或呕吐下痢。