卢克从一场恶梦中惊醒，与村长爷爷的交谈之后，他决定参加王国的训练师考试。他从村长那里得到了一只铜恶魔，并通过北门进入了皇宫庭院，挑战并成功打败了训练师的宠物。
战胜宠物后，卢克获得了一只新的宠物，并与训练师展开了进一步的对决。获胜后，他立刻前往皇宫，寻找金属皇帝，与之展开对话。在皇宫的走廊右侧的炼成室，他学习了炼成术。之后，他返回国王处，接受了追捕黑骑士的重要任务。
在告别了村长并收到一些补给品后，卢克踏上了前往银国的旅程。到达银之国后，他遭遇监禁，而在与银国司令的对话中，黑骑士突然出现，夺走了银之宝玉并伤害了他。
卢克在一个旅馆中苏醒，继续追赶黑骑士。穿越遗迹后，他抵达了铁国。在城内，他再次遭遇黑骑士并被打败，失去了铁之宝玉。黑骑士指引他前往锡国。
在锡国，卢克遭遇了锡大公，得知他的姐姐露娜就是黑骑士。她这样做是为了对抗金属皇帝。经过商议，姐姐和锡大公前往金属皇宫，而卢克紧随其后。
当卢克赶到皇宫时，他的姐姐和锡大公已被皇帝囚禁。为了救姐姐，卢克被皇帝要求去铜国和金国取得宝玉。
离开皇宫后，你需要捕捉20种不同的宠物，才能通过西边门的守卫。到达铜国后，你发现铜大公就是那个的大叔。赢得赌局后，你获得了铜之宝玉。继续向北前往金国，打败金公主并赢得金之宝玉。
一、游戏主线剧情
穿越旧金属皇宫的秘密通道，我们踏入了一个未知的冒险世界。在这神秘的领域中，我们邂逅了大嘴和皮皮仙，他们是35级的挑战者。战胜他们后，我们返回了寂静小村。回到村庄的瞬间，我们发现小村已被幽灵侵占。面对五个58级的幽灵，我们巧妙地利用隐藏宠物的特殊技能，成功引开了它们。
无法返回小村，我们重新踏上了冒险的征途。再次来到皇宫的秘密通道，向北走便来到了花语平原。在这里，我们目睹了铁将军企图捕捉人类的情景。我们先暂且放下这个困扰，前往失落遗迹的途中，我们发现通往宠物小村的路径在平原的右上方。
进入宠物小村后，我们先去找凯特接下支线任务。通过完成一些小任务和战斗，我们成功获得了一把开启失落遗迹钥匙的庇护者的协助。然后再次来到花语平原。这一次，我们在路上遭遇了凶猛的暴怒虎王（50级），战胜它后我们又获得了一个新的宠物。
继续前行，我们来到了失落遗迹的门边。门自动开启后，我们进入遗迹深处，找到了一个传送阵。穿过传送阵后，我们便来到了天空之城。在此处商店旁的房子里，我们可以接到新的支线任务，去往天空密境捉拿王鹫交由弗瑞完成任务。
完成了这个任务后，我们要么寻找冒险队伍等级更高才能获得最后一个隐藏宠物——天空龙人。而在更远的地方——天空密境3——我们遇到了强大的天空龙神（60级）。虽然他实力强大，但我们仍勇敢地挑战他。虽然他只用了60%的实力，但我们也无法得到他的帮助。然而在往上走的过程中，我们遇到了小龙并与其对话成功同行。
在完成了部分支线任务后，我们与小龙一起空降到了花园平原2。在这里我们再次遭遇了铁将军并陷入了困境。之后我们回到寂静小村，得知村里的人都被绑架到了幽暗森林。于是我们再次踏上了救人的旅程。
在幽暗森林中，我们不仅要救出村里的人还要完成一系列的支线任务和战斗。在拯救弗大娘和村长的过程中我们会遇到各种挑战和战斗。完成这些任务后我们会得到一些奖励和新的宠物如机灵女皇和虚空之灵等。
准备充分后我们再次回到了金属皇宫并成功打败了幽暗鬼王（5个55级到60级的怪）。此时我们发现铁将军已经封锁了皇宫我们不得不另寻其他密道进入宫殿深处去拯救国王和公主展开最后的BOSS战两场连续战后女主出现打败了铁将军游戏最终落幕了！
在《宠物王国3》中攻略的关键在于经济和宠物的获取。首先可以通过捕获宠物并出售来赚钱宝箱挖掘也能获得珍贵的矿石换取金钱；其次宫廷杂耍师的猜箱子游戏可以赢得大量道具和徽章用这些徽章可以兑换大师球捕捉更强力的宠物；此外在府邸等级较低时利用克制关系与高级宠物战斗可以快速升级；而隐藏剧情事件如黑骑士的悬案和卢克姐姐的故事则能增加游戏的趣味性和挑战性为玩家带来更多的冒险体验！
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