胃镜和肠镜有操作器具不同、观察范围不同、检查前准备不通、检查方法不同、适用范围不同等区别。
胃镜是使用柔软以及纤细的软管；肠镜通常是使用长度约130cm到140cm的软管。
胃镜能够检查上消化道病变，比如咽喉部、食管、胃幽门等。肠镜主要是检查肠道病变，包括直肠、横结肠、末端回肠等。
胃镜检查需要空腹8个小时以上，并且检查前4个小时不能喝水。肠镜检查前需要进行药物清洗肠道，前一天下午6点后不能进食，检查前4个小时不可以喝水。
胃镜主要是经口腔或者是鼻腔插入柔软的管子，到达胃和十二指肠部位，然后进行检查。肠镜主要是从肛门插入，进入直肠以及其他部位，进行黏膜观察或者是病理学检查。
胃镜可以判断是否患有胃炎、胃溃疡、食管癌等疾病。肠镜能够判断身体是否患有结肠炎、肠息肉、结肠癌等疾病。
做完胃镜或者是肠镜检查后，需要进行观察，了解身体是否出现异常反应。若没有出现异常，可以立即回家。
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