县（区）卫生健康委、管委会社会管理局（卫生健康服务中心）、市直市管医疗机构、市疾控中心：
为加强我市国家致病菌识别网建设，建立适合我市实际的细菌性传染病监测预警工作机制和工作模式，为细菌性传染病的监测和预防控制提供科学规范数据和分析决策依据，我委组织制定了《江西省新余市国家致病菌识别网细菌性传染病监测工作方案》,请各单位遵照执行。
新余市卫生健康委员会
??????????????????????????2023年9月4日
新余市致病菌识别网的细菌性传染病监测工作方案（2023年）
国家致病菌识别网是由国家卫生健康委员会组织管理、在全国疾控系统建立运行的细菌性传染病实验室监测和疫情分析网络，国家致病菌识别网依托网络化信息平台，采用病原识别、分子分型、基因组流行病学等新技术，开展病原细菌实验室和流行病学监测，应用于细菌性传染病的监测预警和防控。
一、监测目的
（一）通过实验室监测网络，开展细菌性传染病的病原学监测，从菌株特征角度尽早发现有暴发或流行风险的致病菌，从菌株同源性角度尽早识别潜在的暴发，提升传染病疫情的实验室病原学触发能力。
（三）加强细菌性传染病病原检测鉴定和分析技术能力，完善致病菌生物学信息库，掌握细菌性传染病病原时空分布、病原特征及变异趋势，为疫情趋势分析、研判和防控决策提供科学依据。
（四）完善基于实验室的监测信息分析系统，形成实验室监测与流行病学调查处置相结合的信息化平台，在疫情发现、溯源及处置工作中发挥重要作用。初步建立新余市本地的菌群库，为今后疫情防控提供一定的数据支持。
国家致病菌识别网是开展传染病防控工作中的重要组成部分，纳入各县区传染病防控的日常工作，所有网络实验室和哨点医院全年开展监测分析。
三、监测内容和工作要求
（一）病原学哨点监测
基于国家致病菌识别网，开展细菌性传染病病原学哨点监测。监测点：渝水区疾病预防控制中心、分宜县疾病预防控制中心、新余市人民医院、新余钢铁集团有限公司中心医院、分宜县人民医院。具体任务见附件1。
1.监测病种
①肠道传染病病原菌：霍乱弧菌、伤寒和副伤寒沙门菌、志贺菌、其他感染性腹泻病原菌（非伤寒沙门菌、产肠毒素及志贺类毒素的大肠埃希菌、空肠弯曲菌、副溶血弧菌、小肠结肠炎耶尔森菌、艰难梭菌等）。
②呼吸道传染病病原菌：脑膜炎奈瑟菌、百日咳鲍特菌、白喉棒状杆菌、A组溶血性链球菌（致猩红热）等。
③自然疫源性传染病病原菌：鼠疫耶尔森菌、炭疽芽胞杆菌、布鲁氏菌、钩端螺旋体等。
（2）其他重点传染病病原监测
根据本地流行和新发传染病实际情况，扩展的其他致病菌，以及其他引起公共卫生问题的病原菌，包括但不限于猪链球菌、莱姆病螺旋体、鼻疽伯克霍尔德菌、类鼻疽伯克霍尔德菌、巴尔通体、立克次体、鹦鹉热衣原体、肺炎衣原体、肺炎支原体、军团菌、非结核分支杆菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、破伤风梭菌、创伤弧菌、肉毒杆菌、唐菖蒲伯克霍尔德菌、单增李斯特菌等。各地可以根据发病实际情况开展专项监测。
2.样本采集、病原检测
根据本市人口基数、传染病流行和工作能力的实际情况合理安排样本采集和病原检测任务并报备任务分配情况至各哨点医院。原则上要求肠道传染病样本、呼吸道传染病样本和自然疫源性传染病样本比例各占1/3。各哨点医院完成样本采集数见附件1。
可包括国家中心实验室在年度监测过程中根据实时监测情况不定期发布的疫情协查、专项调查方案中需采集的非临床样本。
（1）肠道传染病样本
①样本采集对象：每日腹泻三次及以上、并伴粪便性状改变的门诊就诊病例急性期粪便样本。
③致病菌分离培养、多病原核酸检测：分离培养的目的致病菌种类不少于6种（5+1），必须包括霍乱弧菌、副溶血弧菌、沙门菌、致泻性大肠埃希菌、志贺菌，另外根据辖区内往年流行或分离情况从弯曲菌、小肠结肠炎耶尔森菌、艰难梭菌、艾伯特埃希菌等中自行选择至少1种。分离培养阴性样本开展腹泻多病原核酸检测。
（2）呼吸道传染病样本
①样本采集对象
A.疑似百日咳病例：阵发性痉挛性咳嗽（典型百日咳样咳嗽）或咳嗽两周以上排除其他原因、加外周血白细胞增高的门诊病例鼻咽拭子。
B.疑似猩红热病例：表现咽痛、粟粒样皮疹、杨梅舌、伴或不伴发热的就诊病例（疑似猩红热病例）咽拭子。
C.肺炎病例：临床影像学确诊的肺炎患者的呼吸道、血液等样本。
D.脑炎脑膜炎病例：临床诊断为脑炎脑膜炎患者的脑脊液、血液等样本。
③致病菌分离培养、多病原核酸检测
A类样本开展百日咳鲍特菌分离培养和核酸检测；
B类样本开展A组溶血性链球菌（猩红热链球菌）分离培养和核酸检测；
C类样本除了收集医疗机构常规细菌培养中分离的致病菌外，应开展肺炎支原体、军团菌核酸检测和分离培养；上述检测阴性的样本开展呼吸道多病原核酸检测和/或宏基因组测序病原鉴定。
D类样本除了收集医疗机构常规细菌培养中分离的致病菌外，应开展脑炎脑膜炎多病原核酸检测和/或宏基因组测序病原鉴定。
（3）自然疫源性传染病样本
①样本采集对象：疑似鼠疫、炭疽、布鲁氏菌病、钩端螺旋体病、莱姆病、人感染猪链球菌病、立克次体病患者，或者发热伴出血、发热伴出疹患者样本。
③致病菌分离培养：根据疾病症状，分别开展鼠疫耶尔森菌、炭疽芽胞杆菌、布鲁氏菌、钩端螺旋体、莱姆病螺旋体、猪链球菌、伤寒沙门菌的分离培养和核酸检测；上述检测阴性的样本开展多病原核酸检测和/或宏基因组测序病原鉴定。
3.菌株收集
各哨点医院、各县区市疾控中心将本单位检出的阳性菌株和阴性样本及时送往市疾控中心。
上述肠道传染病、呼吸道传染病、自然疫源性传染病样本采集后分离的病原菌。
（3）新发突发传染病疫情调查中涉及的致病菌。
4.菌株复核鉴定、基本特征检测
地市级疾控中心对所有分离和收集的菌株进行菌种鉴定或复核鉴定、分子血清型（或血清型）、毒力基因（或毒力）筛查鉴定。其中霍乱弧菌、沙门菌、志贺菌、产肠毒素及志贺类毒素的大肠埃希菌、副溶血弧菌、猪链球菌、脑膜炎奈瑟菌、肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等开展分子血清型（或血清型）筛查鉴定；霍乱弧菌、志贺菌、大肠杆菌、副溶血弧菌、艰难梭菌开展毒力基因（或毒力）鉴定。
5.全基因组测序
新余市网络实验室完成全年分离和收集的全部菌株的全基因组序列框架图测定。其中鼠疫耶尔森菌、霍乱弧菌、炭疽芽胞杆菌、脑膜炎奈瑟菌，以及新发突发传染病疫情调查中分离的致病菌，尽快开展全基因组测序，最迟在获得菌株后10天(含节假日)内完成，并在国家致病菌识别网实验室监测信息系统中填报数据；其余病原菌在3个月内完成全基因组测序并填报数据。如开展疫情协查或专项调查，则按照疫情协查或专项调查的时限要求完成。
6.致病菌分子分型
新余市网络实验室完成致病菌的分子分型。不同病原细菌种或型采用不同的分子分型方法，主要包括脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)等，按照国家致病菌识别网标准操作规程开展致病菌分子分型实验和分析。
以下致病菌的分子分型实验室在获得菌株后7-10天(含节假日)内完成并在国家致病菌识别网实验室监测信息系统中填报数据：(1)霍乱弧菌、伤寒和副伤寒沙门菌、产肠毒素及志贺类毒素的大肠埃希菌、志贺菌、脑膜炎奈瑟菌、鼠疫耶尔森菌、炭疽芽孢杆菌和布鲁氏菌的MLVA实验；(2)新发突发传染病疫情调查中分离的致病菌的PFGE实验。其余致病菌分子分型实验在获得菌株后20天(含节假日)内完成并在国家致病菌识别网实验室监测信息系统中填报数据。
7.致病菌耐药性检测
新余市网络实验室完成致病菌的耐药性检测。其中下述菌种必须开展耐药性检测：霍乱弧菌、伤寒和副伤寒沙门菌、志贺菌、产肠毒素及志贺类毒素的大肠埃希菌、弯曲菌(空肠弯曲菌和结肠弯曲菌)、链球菌(仅猩红热链球菌和肺炎链球菌)、脑膜炎奈瑟菌；如上述菌种数量不足以完成年度任务，以鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌补足；再次以其他病原菌补足。
（二）细菌性传染病事件溯源调查
1.调查对象
（1）在实验室监测工作中，30天内出现致病菌的分子分型或基因组特征相近的病例数量超过2个及以上的事件。
（2）全国突发公共卫生事件报告信息系统报告的细菌性传染病事件。
2.调查数量
原则上发现一起调查一起。
3.调查采样
四、菌株和样本的运输
五、信息收集和报送
各级哨点医院和网络实验室参照国家致病菌识别网样本信息采集表（见附件2），收集和整理样本信息，记录菌株信息和实验室分析结果，及时填报国家致病菌识别网信息化系统。
1.哨点医院
参照样本信息采集表做好样本或菌株信息记录工作，及时报送信息表纸质版至疾控中心。
2.区县级疾控中心
接收并审核辖区内哨点医院样本或菌株信息的完整性、准确性。按照信息表要求收集整理样本或菌株信息，当天内报送信息表电子版至地市级网络实验室。
3.地市级网络实验室
接收并审核区哨点医院、县级疾控信息的完整性、准确性。当天将本单位以及辖区内病例和样本信息等填报国家致病菌识别网信息化系统，按照监测内容和工作要求及时开展实验室分析，获得实验结果后2天内填报国家致病菌识别网信息化系统。
六、质量管理
（一）培训
根据致病菌识别网工作需求，国家级中心实验室和省级中心实验室可派出专家对部分网络实验室所在疾病预防控制中心技术人员进行现场培训和指导。
（二）技术考核和工作评估
1.技术考核
（1）组织形式
考核分为国家级考核和省级考核。
国家级考核由国家疾控中心组织开展省级中心实验室及辖区内网络实验室参加的网络工作考核。
省级考核由省级疾控中心组织开展辖区内网络实验室参加的网络工作考核。
国家级考核每年执行一次，在次年年初进行。省级考核应在国家级考核之前进行。
（2）考核内容
①盲样考核：国家级中心实验室对省级中心实验室进行盲样考核，省级中心实验室负责组织本省地市级网络实验室的盲样考核。国家级中心实验室向省级网络实验室分发菌株和样品，开展盲样考核，内容包括细菌鉴定、耐药性检测和分子分型以及实验结果反馈及时性、信息网络传输及时性等方面。
②实验质量考核：国家级中心实验室以省为单位进行实验质量考核，省级中心实验室负责组织本省地市级网络实验室的实验质量考核。考核内容包括查验实验记录、检查实验方法、检测标准品的合格率、查验上报至信息系统的实验结果检查PFGE图谱和基因组测序数据的质量达标率等。
2.工作评估
由国家卫生健康委组织中国疾病预防控制中心制定工作评估方案，对各级网络实验室进行综合评分，评分结果由国家卫生健康委通报各省卫生行政部门。
（三）督导
1.国家级督导
国家卫生健康委组织中国疾病预防控制中心制订督导方案，每年对部分省份进行督导检查，并将督导情况反馈给省级卫生行政部门。
2.省级督导
省级卫生行政部门每年组织对本辖区部分网络实验室及哨点医院进行督导检查，及时发现问题，提出解决方案，并将督导报告上报国家卫生健康委及中国疾病预防控制中心备案。
3.地市级督导
地市级卫生行政部门或受其委托的单位负责本辖区区（县）级实验室及哨点医院的日常督导，每年督导2次或以上。
七、组织管理与职责分工
国家致病菌识别网由各级卫生行政部门和业务实施单位组成。业务实施单位由各级疾控中心和各哨点医院组成。按照统一部署、分级管理、分类指导的原则，科学有序的开展细菌性传染病监测工作。
（一）卫生行政部门
国家卫健委负责管理国家致病菌识别网的建设和运行，组织编制和发布监测工作指导方案，定期组织督导考核，通报国家致病菌识别网监测工作进展。
省级、地市级、区县级卫生健康行政部门负责组织、协调、督导和评估本辖区的识别网监测工作，为识别网工作提供必需的政策和经费支持。组织编制和发布辖区致病菌识别网监测工作方案。每年可定期组织对本辖区识别网的先进单位和先进个人进行表彰。
（二）地市级网络实验室
1.负责本地市识别网监测工作的具体组织、实施和协调，分配足额从事识别网工作的人员；开展识别网实验室监测工作，负责本地机构细菌性传染病监测和暴发处置的实验室技术培训和指导。
2.开展样本和菌株分离，鉴定辖区内机构上送的菌株，按监测工作要求开展实验室分析工作，及时填报反馈结果。
3.按要求上送阳性菌株至省级疾控中心进行复核。
4.每月对本地市识别网监测数据进行分析和反馈，以月报形式报送地市级卫生行政部门，并报上级疾控中心。
（三）县区级疾控中心和哨点医疗机构
1.县区级疾控中心
（2）获取基本流行病学信息，核实信息完整性，报送信息数据至上级疾控中心。
（3）协助上级疾控中心开展辖区传染病暴发疫情的调查处置。
2.哨点医疗机构
（1）指定专门科室和人员负责致病菌识别网监测工作。
（2）按照监测方案要求，做好生物样本采集、鉴定与阴性样本、阳性菌株保存上送工作。
（5）接受辖区疾控中心在识别网监测工作方面的技术指导和培训，接受卫生行政机构的督导、考核和评估。