目前市面上出售的果蔬清洗机主要有食物净化、消毒灭菌、果蔬保鲜等作用，而且不少洗碗机同样号称具有果蔬清洗功能，可以把农药残留、重金属等有害物质统统除去，看起来十分吸引人。要想搞清楚果蔬清洗机的效果究竟如何，还要详细了解它的工作原理。
现如今，果蔬清洗机的种类繁多，它们的工作原理主要包括以下三种。
1、超声波
超声波在启用时会让液体内部出现空化现象，溶解在其中的空气因负压而出现过饱和的现象，它们从液体中逸出时会形成微小的气泡。这些小气泡会随着周围介质的震动不断的运动、震荡、生长、收缩及破裂。而它们在破裂的瞬间会产生局部高温高压和高速冲击流，虽然受到冲击的范围极小，但是在众多小气泡的共同作用下，它还是能对果蔬进行物理清洗并消毒杀菌。经过测试，当超声波的功率为1千瓦时，只需要15分钟就能达到良好的去除农药的效果，但是果蔬的表面会出现破损现象。
2、臭氧
3、活性水燃基
活性水燃基是果蔬清洗机中较新的技术，它几乎能和所有的生物大分子、有机物或无机物发生化学反应，并且反应速率快。在遇见C-H键,C-C键的有机物时，它的反应速率能比臭氧反应快7个数量级，10秒内就能完成反应，并且产生和臭氧反应相同的降解物。农药作为大分子化合物可以在活性水燃基的作用小分解为小分子，最后彻底分解为二氧化碳、水、无机盐，离开果蔬表面，达到极佳的清洁效果。
这样看来，果蔬清洗机的确可以解决大部分农药残留的问题，但这些数据都是在实验室中得出，也就是说这些数据很有可能是在非常理想的实验状态下并且在测定特定的水果才能得出。一般来说，果蔬清洗机是可以去除污泥并且杀菌消毒的。但是在农药降解方面，它在去除残留在果蔬浅层表面的农药有一定的效果，但是却很难处理残留在果蔬深层的农药。
而且，果蔬清洗机在清洗不同种类的果蔬时效果也很不一样。它在清洗像草莓这一类农药基本残留在表面的果蔬有着很好的效果；而在清洗苹果、茄子、青椒等农药吸附较深的果蔬时，效果则会大打折扣。因此，我们在应该理性看待商家宣称的清洗效果。
尽管果蔬清洗机的工作原理有三种，但是市面上大多数产品采用的均是超声波+臭氧的清洗模式。这种清洗机的清洗效果比单一采用某一原理的产品要好，但是实际应用效果比实验室的理想环境中要差一些，因为市面上销售的产品功率并没有那么高。而且为了避免噪音问题，大多数产品都采用“塑料桶”式的外观。这样虽然起到降低噪声和震动的效果，但是这对于依赖震动才能工作的超声波而言并不是好事，因其大大降低了超声波的强度。除此之外，超声波的强度大多集中在发生器（振动子）的正上方，位于果蔬清洗机角落的果蔬并不能受到大强度的震动，成为了果蔬清洗的盲区。
在实际应用中，果蔬清洗机的确可以起到去除泥土、消菌杀毒的功能，并且在去除浅层农药残留上有较好的效果，但是面对残留在深层次中的农药时效果并不是很好。而且在使用塑料桶式的果蔬清洗机时要注意把果蔬放在中间位置，这样才能最大可能的除去残留的农药。
实际上，除了使用果蔬清洗机去除农药残留，你还可以用清水冲洗30秒并且对果蔬表面进行揉搓来达到清洁效果。如果想要避免吃到残留在果皮内部的农药，最彻底的便是对其进行去皮处理。针对蔬菜，我们要对它进行烹饪，因为油炸和焯水可以让80%-90%的农药残留消失。由此可见，我们可以通过其他清洗方法和果蔬清洗机清洗的方式进行结合，这样才能达到最好的清洗效果。