根据《管理办法》第七条规定，进境种子必须从海关总署公布的指定监管场地（指定口岸）入境，进境植物种苗指定监管场地名单可以从海关总署网站查询，在办理检疫审批手续时和选择入境地时应纳入考虑。
二、进口植物种子前需办理的手续
根据《中华人民共和国进出境动植物检疫法》第十条、《管理办法》第六条规定，输入种子应当办理检疫审批手续，且应当在贸易合同或者协议签订前办妥，并在贸易合同中列明检疫审批提出的检疫要求。
一般贸易条件下进境植物繁殖材料的检疫审批分为以下几种情况：
（一）向海关总署申请办理特许检疫审批手续
因科学研究、教学等特殊原因，需从国外引进禁止进境的植物繁殖材料的；因特殊原因引进带有土壤或生长介质的植物繁殖材料的。引种单位或代理进口单位向海关总署申请办理特许检疫审批手续，取得“进境动植物检疫许可证”。
（二）向国务院农业或林业行政主管部门及各省、自治区、直辖市农业（林业）厅（局）申请办理国外引种检疫审批手续
引进非禁止进境的植物种子的，引种单位或代理进口单位应当办理国外引种检疫审批手续，农用种子办理“国（境）外引进农业种苗检疫审批单”（农业行政主管部门签发），林用种子办理“引进林木种子、苗木检疫审批单”（林业行政主管部门签发）。
三、入境通关流程
（一）海关受理申报
在植物种子进境前，引种单位或代理进口单位提交以下单证向入境口岸海关进行进口货物申报：“进境动植物检疫许可证”或“引进种子、苗木检疫审批单”、输出国家（或地区）官方植物检疫部门出具的植物检疫证书、产地证书、贸易合同或信用证、发票以及其他必要的单证。
收到申报资料后，入境口岸海关对引种单位或代理进口单位提交的单证的有效性和真实性进行审核。
（二）海关现场检疫和抽样检测
四、后续处置
根据《管理办法》第十三条规定，入境植物种子经检疫后，根据风险分析和检疫结果分别作如下处理：
（一）属于低风险的，经检疫未发现危险性有害生物，限定的非检疫性有害生物未超过有关规定的，给予放行；检疫发现危险性有害生物，或限定的非检疫性有害生物超过有关规定的，经有效的检疫处理后，给予放行；未经有效处理的，不准入境。
（二）属于高、中风险的，经检疫未发现检疫性有害生物，限定的非检疫性有害生物未超过有关规定的，运往指定的隔离检疫圃隔离检疫；经检疫发现检疫性有害生物，或限定的非检疫性有害生物超过有关规定，经有效的检疫处理后，运往指定的隔离检疫圃隔离检疫；未经有效处理的，不准入境。