亚单位疫苗是指通过化学分解或者有控制性的蛋白质水解的方法，提取细菌病毒的特殊蛋白质结构，并从其中筛选出具有免疫活性的片段制作而成的疫苗。
亚单位疫苗目前在临床医学上应用也是比较广泛的，这种疫苗可以在选择之后有效将致病菌主要保护性免疫源存在的组分制成疫苗，因此可以达到更好的抵御效果。目前在我国境内注射的疫苗中SARS病毒以及HIV病毒疫苗，就是通过这样的方式制作而成的亚单位疫苗。
亚单位疫苗中只有几种主要的表面蛋白质，这样在注射之后可以避免与无关的抗原诱发抗体产生混淆，从而对免疫的效果造成不良的影响。另外在裂解的基础上还研制出了独立亚单位和表面抗原疫苗，在市面上如果注射疫苗的时候上面标明了是亚单位疫苗，也是可以放心注射的，因为只要能够通过检验标准就可以放心注射。
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