在良好自然光或复合光条件下使用手持透镜并且接近原发病变进行检查。通常需要剪下被毛去观察皮肤表面。这项技术通常不能鉴别出体表的寄生虫如跳蚤、虱子、姬螯螨、秋恙螨幼虫和虱子卵。
当动物表现耳道刺激或炎症，面部或头部瘙痒等症状，都应该使用耳镜检查。为了进行彻底的检查，对于那些疼痛或不配合的动物来说，有必要镇静，甚至全身麻醉。
耳镜检查的目的是：
1.检查耳螨；
2.排除外耳炎的其他原因，如异物或肿瘤；
3.评估外耳道的状况；
4.检查鼓膜的完整性；
5.取得样品做细胞学检查或取临近的外耳道样本做培养如果有必要则进行鼓膜切开后取中耳道样品做培养。
好的手持耳镜能让我们清楚地看到耳道深处。而耳道内窥镜的出现带来了更多优点，包括储存数码图片的功能，对外耳道深处和中耳更清晰的成像，并且可以在清晰图像的引导下，工具进入与耳镜平行的通道，进行抽吸和/或活检采样。
这个灯发出淡紫色的光和紫外线，被用来识别散发荧光的癣菌感染。灯使用前必须充分预热（至少5分钟），并且在暗室中进行。检查被毛，感染部位可能有标志性的绿色荧光。这项技术用于选择有感染小分生孢子的毛发，以便做培养来确诊疾病。但是，并非所有小孢子属的菌株都会有荧光反应，阳性反应预计接近50%。有时，受感染的毛发需要在伍德氏灯下变暖才能显现出荧光反应，这也许就是检查出现假阴性的一个原因。其他少数可引起荧光反应的癣菌有M.distortumM.audouinii、M.equinum和Trichophytonschoenleinii。
用跳蚤梳或硬塑料梳子梳理被毛，以便收集表面的碎屑进行化验。碎屑应被收集到有盖的培养皿中做显微镜或手持透镜镜检。
毛发的采集
拔毛放于干净的透明胶带上并贴在载玻片上，或滴上石蜡油放在盖玻片下。检查毛尖有无断裂或受损的迹象，有无突然、生硬或磨损的末端（如图1），而不是逐渐变细的正常毛尖。
毛发损伤可能由于动物啃咬或毛发过度修剪，也可能毛干被皮肤癣菌感染（如图2）
检查毛根评估毛发是处于生长期（有球状毛根）还是终止期（倒钩状或受损的棒状毛根）（如图3）
图3生长期毛根
可以记录生长期和终止期毛发的数量，以及主毛和次毛的数量。在被毛的天生缺陷、发育不良和基因缺陷病例中会发现毛发结构的异常。也可能发现粉刺和毛囊管型，既拔出的毛根有包裹物。拔毛化验可检出蠕形螨，尤其脚趾和眼周皮肤拔毛化验的检出率比刮片高。当同时怀疑有癣菌的感染，拔毛还可以做镜检和真菌培养。
用透明胶带在皮肤表面取样很实用，取样后粘在载玻片上镜检外寄生虫和虫卵。此法非常适用于小型哺乳动物难以刮片取样的部位。在剪过毛的皮肤表面采样还可以染色（Diff-Quick或Gram）镜检寻找微生物如马拉色菌。
皮肤刮片主要运用于诊断蠕形螨（深刮）和疥螨（大范围浅刮）。对于蠕形螨病例，应从粉刺处取样。对于疥螨病例，应取原发病变（耳缘或肘侧面），且没有溃疡的部位。多处取样是必要的。病变边缘的丘疹或结痂是最好的取样部位。剪掉被毛，用钝的解剖刀收集样本。用含盐的溶液湿润病变部位。将刮取物收集到载玻片上或试管中，如果收集的刮取物太多则需要净化和浓缩。
镜检脓疱和水泡内容物，以及病灶表面的脱落，可以鉴别炎性反应、棘层松懈细胞、肿瘤细胞和微生物。理论上，未破的脓疱应该用无菌注射器刺破，吸取内容物涂在载玻片上染色。还可以对溃疡病灶或切除组织的切面按压涂片。运用胶带是一种很有效的方法来收集鳞屑或渗出性病灶的渗出液，胶带在同一部位取样三至四次，然后粘在载玻片上。用Diff-Quick染色。小心操作避免污染着色剂，因为尤其是酵母菌可存留在染色剂中，并出现在下一个染色样本上。为了避免发生，应充分加热混合分泌物样本。用胶带粘取皮屑，滴一滴染色剂在胶带下方，放置10-20分钟，冲洗并用纸巾吸干水分进行镜检。其他染色剂还有姬姆萨和亚甲基蓝。革兰氏染色能更好的观察微生物。
细针抽吸
检查染色的抽吸细胞涂片很有用，尤其是多发的皮肤肿块和淋巴结病。
剪去病变部位的被毛并消毒。用21或22号针头的10ml注射器穿刺肿物，抽喜活塞2-3次，拔出注射器。拔下注射器拉开活塞，使空气进入。再插上针头迅速推动活塞，使得针头中的抽吸物喷在玻片上制片，并固定和染色。最常用Romanowsky染色剂染色，这之前需要迅速烘干后用纯甲醛固定。然而，病理学家更喜欢湿固定，尤其是某些细胞染色。制备做好得到独立实验室建议。
细针抽吸技术可鉴别病变部位的主要细胞类型并诊断肥大细胞瘤，但是这方法有很多缺点，如不能了解肿块的组织结构等信息。它不能代替切除肿物并做组织病理学检查，但是它是有效的术前筛查技术，如在肥大细胞瘤病例中，可判断需要切除的组织大小。
用棉签沾取新病变或刚刚破了的脓疱到培养基上，而不是旧的、结痂的和擦破的皮肤病变上沾取。未破溃的脓包应用无菌针头刺破后将脓汁涂于无菌棉棒上。送检样品到专业诊断实验室需要载体。有些人建议皮肤消毒首选酒精，但是如果酒精渗透或穿过脓疱上的易碎角质层，会导致假阴性培养结果。活组织做细菌培养需装在无菌容器中送检。
深度脓皮病，应接种革兰氏阴性菌选择培养基，除此之外也可接种血琼脂平板和厌氧菌培养基。理想状态是，再进一步做生化实验，确定葡萄球菌的种，虽然犬上通常是假中间型葡萄球菌，详细的诊断对于出现体内或体外细菌耐药的病例时尤为重要，因为甲氧苯青霉素在假中间型葡萄球菌和金黄色葡萄球菌的耐药性在增加，而且分离出施氏葡萄球菌的情况变得更常见。有些实验室提供敏感度信息在最小抑菌浓度（MICs）表格中，而不是用抗生素片做平皿扩散实验方法，这样可以提供给临床更多有关治疗用抗生素选择的信息。肉芽肿的病例可能同时需要真菌和杆菌的培养。有些微生物很难培养，组织需要送检到可培养杆菌的实验室。
沙氏葡萄糖琼脂培养基在petri培养皿中做真菌培养效果最好，因为它有助于菌落增殖和有很明显的着色变化。加抗生素如庆大霉素或氯霉素和放线菌酮（环己酰亚胺）在培养基中会阻止细菌的过度生长。恒温培养箱中培养最好，有些地区室温培养也是可行的。每周检查两次，3-4周后丢弃。
真菌实验培养基有PH颜色指标作用，变红说明存在致病真菌，是由于利用蛋白营养产生的碱性代谢产物。有杂菌增值时培养基一直是黄-橙色，初期代谢的是培养基中的碳水化合物。因此，要在前十天每天检查，以便观察到最开始的致病真菌导致的颜色变化。这种培养基只能在早起提示病原菌，但缺点是遮盖了典型的菌落形态，颜色变化可逆。在这种的条件下，菌丝通常不会在培养基中形成典型的分生孢子。因此，有必要再培养阳性菌落，为了鉴别诊断那些褪色的菌落和镜检大分生孢子。在医院内部实验室用DTM培养基，结果可能假阳性或假阴性，推荐送检到专业诊断实验室。
皮肤活组织检查通常被认为是对于慢性皮肤病最后的检查手段。由于皮肤病理学能成为对诊断有价值的参考。所以活组织检查应该较早进行而不是调查程序中的最后一步，因为延迟会有继发病变的发展。虽然在特殊疾病中，病理结果可能不一定有特征性，这项技术仍然不失为排除一些鉴别诊断的有效手段。
适当的病例信息至关重要，包括病史（含用药史）、临床表现、活组织取样位点和可能的鉴别诊断，病理学检查需要这些信息（无论是医院内部实验室或送检实验室）。只有综合这些信息，病理结果才能被恰当的判读并提供有意义的结论。
皮肤活组织检查适应症包括：
1．肿瘤或疑似肿瘤病变；
2.顽固溃疡病变（应从病变边缘取样）；
3.囊肿；
4.有着特征性病理变化的疑似病例（如毛囊发育不良、皮脂腺炎、皮肤癣菌病和免疫介导性疾病）；
5.对适当合理治疗无效的皮肤病；
6.不常见或特别严重的皮肤病；
7.治疗费用昂贵、长期用药或用药有风险的疑似病例。
用剪刀仔细剪掉采样部位的被毛，不需做外科备皮，因为修剪和擦洗会破坏重要的表面结构。取得皮肤全层和皮下组织。去除过多的血液并轻柔放置，真皮层朝下，在固定前放在硬纸或卡片上，以避免卷曲和变形。常用固定剂为10%甲醛盐溶液，如果需要免疫荧光染色，应使用michel’smedium固定。福尔马林固定后的组织可以用免疫组化染色。如果怀疑有感染，可以放入无菌容器中送检，以便做细菌或真菌培养。