巴贝虫病需要药物治疗，根据具体的病症，对症治疗。药物治疗首选药物是克林霉素，因为这种药物可以直接肌肉注射。如果早产儿感染这种病，可以使用奎宁口服。
成年人在摘除脾脏的情况下，可以使用克林霉素注射加口服奎宁治疗，效果较好。这两种药物使用后能迅速退热，减少原虫血症，是治疗这种病比较安全、有效的药物。
如果出现高热、头痛剧烈的情况，应根据病症治疗，可以使用解热镇痛的药物。如果有明显的溶血情况，需要及时输血。只要治疗及时，基本上没有后遗症，疗效较好。
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