新型农村合作医疗基金支付设立起付标准和最高支付限额。医院年起付标准以下的住院费用由个人自付。同一统筹期内达到起付标准的，住院两次及两次以上所产生的住院费用可累计报销。超过起付标准的住院费用实行分段计算，累加报销，每人每年累计报销有最高限额。
一般来说农民都会缴纳新农合保险，而它是由国家政策牵头，并由当地的政府组织、引导的一种医疗保障体系，一般农民多为自愿加入，不管是小病还是大病都有相应的医疗互助互惠保障。而资金一般由政府补贴、村集体扶持、个人联合缴费的形式，以建立最基本的社会保障形式。
2、新农合的参加一般以一家一户为单位，只有农民才能加入，之后是每年缴费每年参保。而社保一般存在于城镇居民中，缴纳一定年数就可以终身参保，不管什么性质的人群都可以享受统一的待遇。而新农合的保障一般不如社保的福利高，但价格更加的便宜。
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