农村合作医疗的报销标准涉及门诊报销、住院报销以及大病报销等多个方面，具体标准如下：
一、门诊报销
村卫生室与中心卫生室：门诊报销比例为60%，每次处方药费用上限为10元。另有说法称，参合人员在村卫生室和镇街道卫生院就医时，可按25%的比例进行报销，且每人每年的门诊补偿总额最高可达150元。
镇卫生院：门诊报销比例为40%，处方药费用上限为100元。
县级医院（二级医院）：门诊报销比例为30%，限额为200元。不过，也有政策规定二级（含）以上定点医疗机构的门诊医药费用不在报销范围之内。
二、住院报销
乡镇卫生院（一级定点医疗机构）：住院报销比例为60%，起付线为200元或100元（具体根据政策而定），低于起付线的医药费用不予报销。
另有说法称，300元以下的报销30%；300元（不含）以上2000元以下的报销70%；2000元（不含）以上的报销50%。
县级医院（二级定点医疗机构）：住院报销比例根据费用不同有所差异，一般为40%至70%。具体如500元以下报销25%，500元（不含）以上10000元以下的报销55%，10000元（不含）以上的报销50%。
起付线为500元，不设起付线的政策也有。
市级医院（三级定点医疗机构）：住院报销比例为30%至55%，具体根据费用区间而定。如1000元以下的报销20%，10000元以上（不含）的报销40%。
起付线为700元，同样存在不设起付线的政策。
三、大病报销
对于住院费用或全年累计医疗费用超过5000元的患者，可以获得大病补偿。具体补偿比例根据费用高低有所不同，如5000元以上的部分补偿65%，10001-18000元的部分补偿70%。此外，患有尿毒症、肿瘤等特殊疾病的患者还享有额外的门诊补偿。
四、不属报销范围
1、自行就医(未指定医院就医或不办理转诊单)、自购药品、公费医疗规定不能报销的药品和不符合计划生育的医疗费用;
2、门诊治疗费、出诊费、住院费、伙食费、陪客费、营养费、输血费(有家庭储血者除外，按有关规定报销)、冷暖气费、救护费、特别护理费等其他费用;
3、车祸、打架、自杀、酗酒、工伤事故和医疗事故的医疗费用;
4、矫形、整容、镶牙、假肢、脏器移植、点名手术费、会诊费等;