诊疗项目采用排除法，分别规定了新农合基金不予补偿的诊疗项目和部分补偿的诊疗项目。属于新农合基金不予补偿的诊疗项目发生的费用，新农合基金不予补偿;属于新农合基金部分补偿诊疗项目发生的费用，先由参合农民自付一定比例后，再纳入新农合基金补偿范围按规定比例补偿。
(一)新农合基金不予补偿的项目
1、服务项目类
①挂号费、院外会诊费、病历和费用清单工本费。
②急救车费、医务人员出诊费和差旅费、点名和预约(检查、治疗、手术)费、优质优价服务费、请专家诊疗费等特需医疗服务费。
2、非疾病治疗项目类
①各类美容、健美项目及一些非功能性整容、矫形手术等，如重睑术，斜视矫正术，矫正口吃，治疗雀斑、老人斑、色素沉着、腋臭、脱发，美容，洁齿，镶牙，牙列正畸术，色斑牙治疗等。
②各种减肥、增胖、增高项目。
③各种健康体检，包括婚前检查、游泳体检、出院体检。
④各种预防、保健性的诊疗项目，如：各种疫苗、预防接种、疾病普查、跟踪随访等。
⑤各种医疗咨询、医疗鉴定，如心理咨询、健康咨询、疾病预测等。
3、诊疗设备及医用材料类
①应用正电子发射断层扫描装置(PET)、电子束CT、眼科准分子激光治疗仪、人体信息诊断仪器等检查治疗项目。
②眼镜、义齿、义眼、义肢、助听器等康复性器具。
③各种自用的保健、检查和治疗器械，如：按摩器、轮椅、拐杖、各种家用检测治疗器、皮钢背甲、腰围、钢头颈、胃托、肾托、宫托、疝气带、护膝带、提睾带、健脑器、药枕、药垫、热敷袋、神功元气袋等。
④价格主管部门规定不可单独收费的一次性医用材料。
4、治疗项目类
②除肾脏、肝脏、心脏瓣膜、角膜、皮肤、血管、骨、骨填充物、造血干细胞移植外的其他器官或组织移植。
③近视眼(散光)矫正术。
④气功疗法、音乐疗法(精神病人除外)、催眠疗法、氧吧疗法、体位疗法、磁疗或水疗法(脑瘫患儿除外)、心理治疗法与暗示疗法(精神病人除外)、食疗法、营养疗法等辅助治疗项目。
⑤输血或血液制品费用(含成分输血)。
5、其他
①各种先天不育(孕)症、试管婴儿、人工授精费用、性功能障碍的诊疗项目，如：男性不育、女性不孕治疗、性病检查治疗等。
②流产、引产所发生的费用。
③各种科研性、临床验证性的诊疗项目。
④出国、出境期间所发生的一切医疗费用。
⑤因违法、犯罪、故意自伤、打架斗殴、工伤、受雇佣致伤、交通事故、医疗事故所发生应由第三者承担责任的医疗费用。
⑥因自杀、自残、吸毒、服毒、酗酒及戒毒、戒烟治疗等发生的医疗费用。
⑦发票遗失或损毁(被盗、失火烧毁等非主观过失造成，且能够出具有关部门证明的除外)、自制、复印(因商业保险等其他优惠政策赔付复印的除外)后的医疗凭证费用。
⑧医疗项目的书写不清楚及其他类费用，如：毛巾、脸盆、一次性床单、病员服、便盆等一次性生活物品费用等。
⑨有专项经费支持的各种疾病防治项目，如结核病防治、艾滋病防治、血吸虫防治、地方病防治等;国家免费治疗的疾病项目、减免费用的治疗项目减免费用部分。
⑩住院期间各类商业保险费。
⑾不属于《山东省医疗机构收费项目及收费标准》范围内的诊疗项目。
(二)新农合基金补偿部分费用的诊疗项目
母婴同室床位费、监护病房费、层流病房床位费，个人先自付20%，其余费用纳入新农合基金补偿范围。
2、诊疗设备及医用材料类
①应用X-射线计算机体层摄影装置(CT)、核磁共振成像装置(MRI)、单光子发射电子计算机扫描装置(SPECT)、单光子发射计算机断层显像(ECT)、心脏及血管造影X线机(含数字减影设备)、超声胃镜、直线加速器、肺功能检测仪、乳腺动力治疗仪、过敏原检测仪等医疗设备进行的检查、治疗费用，个人先自付20%，其余费用纳入新农合基金补偿范围。
②心脏起搏器、人工晶体、人工关节、人工喉、人工股骨头、小儿人工耳蜗、小儿先心病手术体内置放材料、血管支架等体内置换的人工器官、体内置放材料，国产的个人先自付30%，进口的个人先自付60%，其余费用纳入新农合基金补偿范围。
3、治疗项目类
补偿部分费用的诊疗项目，先由参合农民个人负担30%的费用，其余70%的费用再纳入新农合补偿范围。
①体外震波碎石、高压氧治疗、射频治疗、介入治疗等项目。
②立体定向放射治疗装置(γ-刀、X-刀、光子刀)。
③肝脏、肾脏、心脏瓣膜、角膜、皮肤、血管、骨、骨髓移植、心脏搭桥术与心导管球囊扩张术。
④心脏激光打孔、抗肿瘤细胞免疫疗法、快中子治疗、导管造影疗法项目。
新农合慢性病范围及申报
一、所患下列疾病按慢性病种管理：
(一)恶性肿瘤的放、化疗;
(二)慢性肾功能衰竭的血液透析、腹膜透析治疗;
(三)器官移植的抗排异治疗;
(四)再生障碍性贫血;
(五)白血病;
(六)系统性红斑狼疮(有心、肺、肾、肝及神经系统并发症一);
(七)类风湿性关节炎(活动期);
(八)糖尿病(合并感染或有心、肾、肝、神经并发症之一);
(九)高血压病三期(有心、脑、肾并发症之一);
(十)脑血管病恢复期有临床治疗指征且生活不能自理;
(十一)肝硬化腹水;
(十二)结核病(在治疗疗程内);
(十三)重症肌无力;
(十四)心脑血管疾病介入治疗后抗排异治疗。
(十五)帕金森综合征
(十六)血友病
二、申报慢性病管理的患者应提交一下材料：
(一)出具乡镇卫生院以上国有医疗机构的病历、化验单、检查报告文书;
(二)《新型农村合作医疗证》、居民身份证、一寸免冠照片两张;
(三)交纳评审费。
三、乡(镇)定点医疗机构合作医疗管理办公室负责规定材料的收集、整理和初审。初审合格后，填写《冠县新型农村合作医疗慢性病审批表》上报县新农合办审批;乡(镇)定点医疗机构合作医疗管理办公室填写整理《冠县新型农村合作医疗慢性病申报登记表》，一并报送县合作医疗管理办公室。
五、慢性病门诊就诊的定点医疗机构为经冠县卫生局验收合格的定点医疗机构，确需到县级以上国有定点医疗机构治疗的，需经县合作医疗管理办公室同意。慢性病人治疗方案应由指定临床医师制定;农村社区卫生服务站治疗慢性病，需按照指定临床医师制定的治疗方案进行。非指定定点医疗机构和指定临床医师治疗方案之外的慢性病门诊所发生的临床费用不得纳入新农合报销范围。
六、慢性病门诊临床费用的报销规定为：对慢性病病人使用的药品实行总量核定，即某种药品使用的全年总数量一般不得超过日用量乘以365的积。按文件规定完成门诊报销后，按40%的比例报销，农村社区卫生服务站同乡镇定点医疗机构。参合年度内每人报销封顶线为5000元。
七、慢性病的医药费用实行参合年度一次性报销。慢性病患者将《慢性病门诊医疗证》、身份证、费用清单、有效发票原件、医技报告单、药品处方、门诊病历等材料上报所在乡镇卫生院汇总整理初审后，报县合作医疗管理办公室审核。乡镇卫生院根据所审核的意见将项目、费用等输入微机，按规定的比例予以报销，并填报《冠县新型农村合作医疗慢性病门诊就诊汇总表》。
聊城新农合报销比例
2012年，市、县、乡(仅限政府办乡镇卫生院、社区卫生服务中心)三级定点医疗机构住院补偿起付线分别设定为500元、400元和100元，住院补偿起付线在补偿范围内费用扣减;新农合住院补偿封顶线全市统一设置为10万元，住院补偿封顶线以年内实际获得补偿金额累计计算;对慢性病及其他特殊病种的补偿，不设起付线，封顶线为每人每年10000元;门诊统筹一般在乡镇和村级定点医疗机构补偿，不设起付线，补偿额原则上卫生院每人每天15元封顶、村卫生室每人每天10元封顶，年封顶线为每人每年100元。
(一)科学设置补偿比例。
1、住院补偿：参合农民必须到县及县以上卫生行政部门确定的新型农村合作医疗定点机构就诊，才能享受补偿，在非定点医疗机构就诊发生的费用一律不予补偿。参合农民在定点医疗机构发生的住院医药费(因意外伤害住院的除外)扣除非统筹费用和起付线后按以下比例补偿：实施基本药物制度的乡级定点医疗机构基本药物住院报销比例为90%,其他医药费用和未实施基本药物制度的乡级定点医疗机构住院报销比例为80%;县级定点医疗机构按70%的比例予以补偿;市级定点医疗机构统筹费用在80000元(含80000元)以内的按53%的比例予以补偿，80000元以上的部分按70%的比例予以补偿;市外定点医疗机构，起付线一律按500元执行，省内医疗机构按45%的比例予以补偿，省外定点医疗机构按40%的比例予以补偿;国家和省基本药物目录内药品、中药饮片和省卫生厅推广的中医适宜技术费用的补偿比例上浮10个百分点。
上一个缴费期至下一个缴费期之间出生的符合国家计划生育政策的新生儿，其母亲参加新农合的，本年度发生的医药费用可以其母亲的身份享受新农合政策。
(二)参合农民医疗费用如何报销
参合农民住院后先垫付住院医药费用，然后持发票、费用清单、病历复印件(指外伤病人)、合作医疗证、等材料到新农合经办机构办理报销手续，非外伤人员免除病历复印件、费用清单，可直接在就医机构报销。