碘伏和高锰酸钾都有杀菌的功效，但两者并不相同。碘伏是消毒剂，它是一种结合物，刺激性小，安全性高，擦拭在伤口处几乎无痛感。高锰酸钾是一种无机化合物，也是一种强氧化剂，也叫锰酸钾，有很强的氧化性，对皮肤有较强的刺激性和腐蚀性。
一般来说，碘伏和高锰酸钾因为其主要成份和作用都不一样，没有太大的区别。碘伏的主要成份是活性碘，它是一种杀菌、杀菌的药剂，不刺激皮肤和粘膜，可以对皮肤、伤口、会阴处进行杀菌，因此它的应用范围很广，对病菌、霉菌、孢子等都有很好的杀菌效果。而高锰酸钾是一种很强的氧化剂，主要用于会阴、肛门等部位的消毒。
通常来讲，高锰酸钾和碘伏相比较，碘伏会比较好。如果高锰酸钾和碘伏做选择，那么碘伏的效果就会更好。因为碘伏是一种外科常用的消毒剂，具有很好的杀菌和消毒的作用，并且对伤口的局部刺激也是最小的，是一种比较温和的消毒剂。痔疮术后常用的是高锰酸钾溶液，平时可以用高锰酸钾溶液来清洗肛门，促进痔疮术后的愈合。因此，碘伏消毒水的作用更大。
高锰酸钾并不是碘伏。高锰酸钾和碘伏不一样，虽然两者都有杀菌消炎的作用，但本质上还是有区别的。高锰酸钾属于强氧化剂，需要在稀释后使用，主要用于坐浴或局部粘膜消毒。而碘伏属于消毒剂，没有强的刺激性，擦拭伤口时不会有明显的刺痛感，而且会形成一层保护膜，不仅有消毒作用，还有保护创面的作用，临床上可用于外伤消毒，输液时的皮肤消毒。
碘伏和碘酊都是外科常用的消毒液。碘伏的成分里不含有酒精，它的刺激性比较小，没有局部的腐蚀性，也不会出现皮肤的疼痛，因而在临床中经常用于皮肤消毒，尤其是破损和感染皮肤的消毒，还有黏膜的消毒，也有的稀释后用于口腔或阴道的消毒。所以皮肤用碘酊消毒之后，必须用酒精及时脱碘，否则会灼伤皮肤，导致皮肤溃烂的情况。
碘伏的主要成分是络合碘，浓度在0.5%-1%左右。双氧水的主要成分是过氧化氢是一种氧化物，能够将皮肤表面以及伤口中的细菌以及坏死组织进行消毒。但是对人伤口有刺激性，在消毒的过程中可以引起伤口的疼痛。