下辖7个市辖区、3个县、3个自治县，代管1个县级市。
除正式行政区划外，昆明市还设立以下经济功能区：昆明经济技术开发区（国家级）、昆明高新技术产业开发区（国家级）、滇池旅游度假区（国家级）、昆明倘甸产业园区轿子山旅游开发区、昆明阳宗海风景名胜区、西翥生态旅游试验区、松华坝水源保护区
昆明市是云南省的交通枢纽，是中国面向东南亚的口岸。
昆明的第一条铁路是法国修筑的滇越铁路（今称昆河铁路），通往越南，1910年通车。直到1966年以前，这条米轨铁路一直是昆明与外界联系的主要通道，昆明也成为中国唯一一个“火车不通国内通国外”的省会城市，被称为“云南十八怪”之一。昆河铁路目前是中国唯一一条米轨铁路，起点站昆明北站位于昆明市区北部，曾经每天有一班列车开往中越边境的河口，每周有两班列车开往越南首都河内。目前该铁路以货运为主，客运已基本停止，仅存王家营经昆明北至石咀的市郊列车，上午、下午各一趟。（注意，由于地铁四号线的修建，米轨列车8861/2/3/6/9/8870次停止运营。）上午的列车由昆明北站发车，开往王家营，然后由王家营经昆明北开往石咀，而后返回昆明北站。下午的列车仅由昆明北往返王家营。
1966年以后，从昆明通往外省的数条铁路陆续通车，包括贵昆铁路（1966年通车，全长640公里）、成昆铁路（1970年通车，全长1100公里）、内昆铁路、南昆铁路（全长900公里）等；此外还修筑了省内线路如广通至大理的广大铁路、昆明到玉溪的昆玉铁路。并将在日后作为泛亚铁路南路终点。2016年12月28日，沪昆客运专线和南昆客运专线全线开通，标志着云南正式迈入高铁时代。2014年3月1日晚昆明站发生疆独分子制造的恐怖袭击事件。
2009年至2010年据媒体和商务部网站报道，2013年将开行时速为250公里的环滇池列车，但截至2015年一月，尚未有环滇池列车开通的消息。何时开通尚不得而知。
昆明的公路系统由市区2环快速3环路及2013年底全线贯通的昆明绕城高速组成。此外还有320国道、324国道、沪昆高速公路、广昆高速、京昆高速以及多条高速公路和省道构成。
昆明市区交通主要以公共汽车为主，公共汽车线路现已覆盖二环路内超过95％的地方，并且覆盖大多数二环以外的地方。线路数量超过200多条。昆明的公共汽车主要有两家巴士公司经营，即昆明公交公司和昆明城巴。城区拥有多条公交车道，如北京路，人民路，金碧路，拓东路和西昌路等。
其中行驶在北京路公交车道上的由昆明公交和昆明城巴共同运营的236路车是昆明第一条快速公交线路，线路配备多辆铰接式公共汽车。其实这条线路不完全是快速公交，因为它不具备快速公交的一些特点。但是此条线路在上下班高峰时平均每40多秒就有一辆车出发。该线路由北市区公交车场发车从北到南，贯穿整个昆明城，到达昆明站站前广场，来回行驶。237线行驶在人民路公交车道上，此外还有A1线从昆明世博园到云南民族村。其他重要的公交线路还有5路，1路，26路，52路，71路，84路，127路，129路，107路，170路等。
此外，昆明于2013年5月20日开通了昆明地铁1号线。并于2014年4月30日开通地铁2号线，地铁一二号线贯通主城南北成为西南地区和整个西部第二个同时有3条线路运营的城市。昆明也在2017年8月29日开通昆明地铁3号线（东部汽车站--西山公园）
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