两者最重要的分别，在于不透明度会改变整个图层的透明度，而填充则会保留图层样式(layerstyle)。下图的底图和文字是分别的两个图层，如果如下图一样，把文字的不透明度降至0，则整个文字消失了。
如果把填充降至0呢？则如下图一样，文字消失了，但图层样式如外阴影之类还保留着！当然，如果文字没有设图层样式，则结果会是一样透明。
二、污点修复画笔工具(HealingBrush)vs仿制图章工具(StampTool)
例如图，我希望移除两人戴着的证件，所以用污点修复画笔工具(见工具列)几笔就迅速地抹掉，如下图，做得很随意，只用了10秒，效果尚可接受。
不过最麻烦的部份，就是证件刚好卡在两人之间，而由于笔刷会把四周的影像混在一起，所以两人之间的边沿就较难用笔刷画出来。
如图所见，我已经转了用仿制图章工具(见工具列)，并且迅速地将其他边沿位复制下去，现在几乎看不出问题了。反而用笔刷处理的部份感觉有点粗疏，因为摺痕也是需要额外处理的细节。
三、合并可见图层(MergeVisible)vs拼合图层(FlattenImage)
这两个功能都是把图层合并，不过合并可见图层顾名思义就是把可见图层合成为一个，而那些不可见的图层，就依然是分开的；至于拼合图层则是把所有图层都合并，包括不可见图层，而合并后亦会直接消失，另外如果有透明像素的部份，则会自动变成白底，这点大家要留意了。
下图就是进行拼合图层，本来有一个不可见图层是绿色的图片。
拼合图层后就变成白底，绿色图层也完全消失，这个在处理可透明化的PNG之类档案时会有明显分别。
四、不透明度(Opacity)vs流量(Flow)
刚刚提及过不透明度，如果你使用画笔工具(见下图)，会发现可选择不透明和流量，使用起来貌似都是让画出来的颜色变得较浅色，但事实上，流量是有增加性的，即是例如我用了流量10%，来回刷几下就会比起原本的10%更深色(如果是100%则当然没有分别)，而不透明度的话，则除非你分开几笔来覆盖上去，否则一笔来回刷也是不会变深色的。
总的来说对于使用Photoshop的新手来说这几组工具会容易混淆（经常使用的也有可能会出现混淆），主要原因是它们都可以做到非常相似的效果，而在特定环境下才会有所分别。