（1）常见的通用数学软件包包括：Matlab和Mathematica和Maple，其中Matlab以数值计算见长，Mathematica和Maple以符号运算、公式推导见长（2）专用数学包包括：绘图软件类：MathCAD,Tecplot,IDL,Surfer,Origin,SmartDraw,DSP2000数值计算类：Matcom,DataFit,S-Spline,Lindo,Lingo,O-Matrix,Scilab,Octave数值计算库：linpack/lapack/BLAS/GERMS/IMSL/CXML有限元计算类：ANSYS,MARC,PARSTRAN,FLUENT,FEMLAB,FlexPDE,Algor,COSMOS,ABAQUS,ADINA数理统计类：GAUSS,SPSS,SAS,Splus学公式排版类：MathType,MikTeX,ScientificWorkplace,ScientificNootbook2、数学编程：包括Fortran、C/C++、VB...MatLab、Maple、Mathematica、Femlab、......等编程,讨论各种算法,包括神经网络，模拟退火等，可以应用到计算数学，统计学等。
(1)符号计算：mathematica：这是唯一一个商业软件，下面有的程序依赖于它，而且由于Wolfram当年也是高能物理出身，因此个人觉得该软件的使用体验很好，也是我唯一动心购买正版的软件。form：大规模处理符号表达式的利器，下面有的软件包依赖于它，适宜用来做高圈多腿图的计算，但是用起来没有mathematica方便。maxima：这个是mathematica的免费替代品，但缺点是很多表达式没法像mathematica那样化简，不过好在提供源代码.
(2)数值计算：gsl：C程序写的数值计算库，内容还比较全面，用来做数值计算很方便，文档比较详细且集中。cernlib：CERN的数值计算库以及一系列附加的分析绘图工具（甚至包括了下面的一些程序包）。优点是功能强大，专门针对高能物理中的各种应用比较全面；不过个人觉得文档有些散。scilab：这个是类似于matlab的通用型数值计算软件，简单易用，界面友好，不过因为通常都直接写c或者fortran程序做计算，因此用得较少，也没做过比较是不是会比自己写调用gsl啥的慢很多。octave：类似于scilab，目前我还没用过(3)图形可视化：root：CERN的一个解释型C语言编译器，功能强大，把C语言变成了类似于脚本语言，对做图比较方便。gnuplot：绘图程序，功能也比较强，用起来也比较方便。metapost：TeXLive自带的绘图程序，功能还不错，就是用起来不是很方便。asymptote：在metapost的基础上改进了一些，用起来比metapost方便，不过个人觉得和metapost差不多。（可能我比较弱，无法掌握其精髓^_^）(4)编辑写作：texlive：aps推荐使用revtex4格式写paper，因此这个当然必不可少。openoffice：有时候不得不用一下Office，可以用它来应急，不过和Office的兼容性确实不好。
2、物理编程：
核磁数据处理软件：
（8）其他
6、化学软件：计算化学类：Gaussian98,Spartan,ADF2000,ChemOfficeCoCoA、Singular、Macaulay等是处理交换代数和代数几何问题的NCSS,LISREL8.2.MINITAB14,JMP5.0,STATA8.01.红外光谱分析软件OPUS2.NMR分析软件Mestrec3.分子式软件chemwin可以写方程式chemoffice(可以写方程式，预测1Hor13CNMR铺图)chemsketch((可以写方程式，预测1Hor13CNMR铺图,3D等功能)4.实验过程，装置软件GlassyChemistry5.XRD普图数据库(sorry,应该归纳到数据库中，单方这里也无妨)PDFWIN6。一些辅助软件chemcialelementschemicalhandbook7.其他的如origin,word等就不说了。
2、化学编程：
RNAdraw：RNA二级结构分析软件RNAstructure：预测RNA级结构图RnaViz：RNA二级结构图绘制程序
ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包pSAAM：蛋白序列分析软件包VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包
mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来linpath.zip：线性酶反应模拟软件protlab：蛋白质纯化仿真软件MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序Biochem：生化教学文件photo：光合作用教学程序Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示VirtualCellLab：多媒体细胞生物学教学程序
brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件BioStat：BioStatB发酵罐控制程序PenSimv：青霉素发酵模拟软件
BioProSim：发酵实时模拟软件
vised：序列输入分析和格式转换软件ForCon：多序列文件格式转换软件SeqVerter：序列格式转换软件GeneStudioLEVersion：序列格式显示、编辑与转换工具软件FASTA/BLASTSCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件RevComp：序列格式转换软件
PlasmidProcessor：绘制质粒图软件PlasmidProcessorPro：绘制质粒图软件，与PlasmidProcessor是同一个作者WinPlas：质粒绘图软件商业版DMUP：环状质粒绘图软件测试版PlasmidToolkit：质粒绘制软件pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图RedasoftVisualCloning：是有名的绘制质粒图RedasoftPlasmid1.1软件的升级版SimVector：质粒图绘制软件
一种功能强大的商业版系统进化分析软件，据称价值一万大洋。
MapXtreme的优势：使用MapXtreme，开发人员能集中地控制和维护地图和数据库数据，并集中实现应用程序功能，避免了以往系统的维护、同步困难的问题，尤其适合信息量大，用户多的单位的实际情况。另外，由于使用Web浏览器作为客户端，更使开发人员可以将地图信息系统紧密地与其他系统结合，给用户提供统一，完整的综合信息系统。