R实战OPLSDA（正交偏最小二乘判别分析)筛选差异变量(VIP)及其可视化机器学习木舟笔记

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本分析主要用于代谢组学中差异代谢物的筛选。

Inertia(惯量)柱形图(左上)

展示了3个正交轴的R2Y和Q2Y。通过展示累计解释率评估正交组分是否足够。

显著性诊断(右上)

离群点展示(左下)

x-scoreplot(右下)

用PLS和OPLS分析代谢组数据-简书(jianshu.com)

ropls:PCA,PLS(-DA)andOPLS(-DA)formultivariateanalysisandfeatureselectionofomicsdata(bioconductor.org)

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THE END

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精工致善丨多元统计分析之PCAPLSDAOPLSDA

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R实战OPLSDA（正交偏最小二乘判别分析)筛选差异变量(VIP)及其可视化机器学习木舟笔记

Linux常用命令个人整理

1.SiemensMedicalSolutions旗下X射线设备类产品获FDA批准,注册证...产品详情:Siemens Symbia Pro.specta VA30A Family系列包括单光子发射计算机断层扫描(SPECT)扫描仪和集成式混合 X 射线计算机断层扫描(CT)与 SPECT 扫描仪。SPECT 子系统可对放射性药物在人体内的分布情况进行成像和测量,以确定代谢活动位置附近的各种代谢(分子)和生理功能。CT 组件通过计算机重建以不同角度拍摄的同一...https://www.vbdata.cn/intelDetail/627994
2.单组学的多变量分析2.稀疏偏最小二乘判别分析(sPLS在前三个维度上的样本图(见下图)显示,第一个维度很好地分离了BL肿瘤,而第二个维度将EWB与NB和RMS区分开来。 plotIndiv(splsda.srbct, comp = c(1,2),group = srbct$class, ind.names = FALSE,ellipse = TRUE, legend = TRUE,title = 'sPLS-DA on SRBCT, comp 1 & 2') ...https://developer.aliyun.com/article/952974
3.单组学的多变量分析2.稀疏偏最小二乘判别分析(sPLSDA)在前三个维度上的样本图(见下图)显示,第一个维度很好地分离了BL肿瘤,而第二个维度将EWB与NB和RMS区分开来。 plotIndiv(splsda.srbct,comp=c(1,2),group=srbct$class,ind.names=FALSE,ellipse=TRUE,legend=TRUE,title='sPLS-DA on SRBCT, comp 1 & 2') ...https://www.jianshu.com/p/5e9e6dee9e29
4.矩形连接器DA2P1S矩形连接器DA-15PHS 矩形连接器DA-15PJS 矩形连接器DA-15PL 矩形连接器DA-15PL-13 矩形连接器DA-15PL-7.19 矩形连接器DA-15PLS 矩形连接器DA-15PS...矩形连接器DB-44SPLS 矩形连接器DB-5P-5d 矩形连接器DB-5p-5dS 矩形连接器DB-5PL-5dLS 矩形连接器DB-5S-5d 矩形连接器DB-5S-5dS 矩形连接器DB-5S...https://m.dzsc.com/product/infomation/869479/20125259121850.html
5.《金融时间序列》课件.ppt(SPLS) freq: Unknown (0) dates: (2) OPEN: (2) HIGH: (2) LOW: (2) 08-Apr-1996 [ 19.5000] [ 19.7500] [19.2500] 09-Apr-1996 [ 19.7500] [ 20.1250] 5.1.2 文本文件的转换 例:创建—个包含小时数据的金融时间序列对象 dates = [01-Jan-2001;01-Jan-2001; 02-Jan-2001; 02-Jan-2001...https://max.book118.com/html/2018/0904/5240004312001312.shtm
6.厦门杂志期刊论文发表=样基因整合了春化和植物年龄,以控制小麦的...在VRN1(vrn1)中具有功能丧失突变的植物不能抑制VRN2表达,并且具有非常延迟的头部[41](图2J)。vrn1 vrn2突变背景中VRN2的消除加速了开花过渡[41](图...miR156-SPLs和miR172-AP2Ls是植物中的两个保守的miRNA模块,它们在芽中与植物年龄一起表现出互补的表达模式[78,82,83]。结果显示,miR156和miR172在春小麦...https://www.lunwen133.com/html/2022/a_lwfbfw_0501/480.html
1.LT3600SPlus激光粒度仪产品介绍 LT3600S Plus激光粒度分析仪是真理光学基于超过二十年的粒度表征及应用开发的经验和多年的科研成果开发的具有极高性价比的新一代超高速智能激光粒度分析系统,其多项性能和指标均达到目前激光粒度分析技术的最高水平,成为化工、制药、电池、水文地质、矿业、水泥、涂料、稀土、**航天、墨粉、3D打印和粉末快速成...https://www.5wykqmrna.cn/cai-dian/403760.html
2.Arthritis&Rheumatology︱张晓明课题组揭示高致死性无肌病性...A. ADM-ILD患者与健康对照外周免疫细胞谱sPLS-DA比较图;B. ADM-ILD患者与健康对照外周CD45RA+HLA-DR+ CD8+T细胞和浆细胞百分率比较图;C-D. ADM-ILD患者外周免疫细胞谱内部分群sPLS-DA图(C)和主要差异亚群(D;E. ADM-ILD Cluster1和Cluster2患者预后曲线图。 https://pasteur.suda.edu.cn/a5/2c/c15962a501036/page.htm
3.科研Nat.Commun.:慢性阻塞性肺疾病患者肠道菌群及其代谢组...图7 肠道菌群与COPD在独立队列中的关联 a多元稀疏偏最小二乘判别粪便微生物组基因组水平上基于读取映射的相对丰度分析;b与(a)中sPLS-DA的成分1分离有关的基因组。 #表示与临床表型相关的基因组;^表示疾病相关网络中的基因组 讨论 作者通过对COPD患者的肠道微生物群和代谢组分析,发现稳定期COPD患者的粪便微生物组...http://www.360doc.com/content/21/0419/19/74853867_973115565.shtml
4.SparsePLSdiscriminantanalysis:biologicallyrelevant...We will first discuss the number of dimensions to choose in sPLS-DA, and compare its classification performance with multivariate projection-based approaches: variants of sLDA [41], variants of SPLSDA and with SGPLS from [30]; and with five multiclass wrapper approaches (RFE, NSC, RF, OFW-...https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-12-253
5.PLSDAvssparsePLSAbstract Conventional and sparse partial least squares-discriminant analysis (PLS-DA and sPLS-DA) have been successfully tested in order to authenticate avocado samples in terms of three different geographical origins and six kinds of cultivar. For this, lipid chromatographic fingerprints of different ...https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33379108
6.StatisticalApproachestoStudyExposomeSparse partial least-squares regression (sPLS) performs both variable selection and dimension reduction simultaneously.(7)sPLS is an extension of the partial least-squares regression─a supervised dimension reduction technique that builds latent variables as linear combinations of the original set of variab...https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.est.3c04805
7.植物SPL转录因子的生物功能研究进展图1 MicroRNA对SPLs基因的转录调控示意图 SBP: SQUAMOSA启动子结合蛋白; NLS: 核定位信号; RISC: RNA诱导沉默复合体 Figure 1 Schematic diagram of transcriptional regulation of SPLs by microRNA SBP: SQUAMOSA promoter binding protein; NLS: Nuclear localization signal; RISC: RNA-induced silencing complex ...https://www.chinbullbotany.com/CN/article/downloadArticleFile.do?attachType=PDF&id=97784
8.FrontiersUnveilingthePathogenicBacteriaCausing...Sparse partial least squares discriminant analysis (sPLS-DA) (Hadj-Henni et al., 2021) aims to identify the key colonies that best distinguish between the two groups of samples, using the mixOmics package (Rohart et al., 2017) in the R language program for statistical analysis and graphing....https://www.frontiersin.org/journals/cellular-and-infection-microbiology/articles/10.3389/fcimb.2022.873161/full