《意见稿》明确，北京市房地一体宅基地确权登记工作的目标是全面查清现状宅基地底数，基本实现“应登尽登”、颁证到户，显化农民土地和房屋财产权利。
为妥善处理疑难问题，为化解宅基地管理和登记历史遗留问题，《意见稿》明确了指导性政策，包括七条内容。
一是“户”的认定原则。各区对“户”的认定有规定的，按各区规定办理。各区未作规定的，可按以下原则认定：“户”原则上应以公安部门户籍登记信息为基础，同时应当符合当地申请宅基地建房的条件。根据户籍登记信息无法认定的，可参考当地农村集体土地家庭承包中承包集体土地的农户情况，结合村民自治方式予以认定。
二是依法可以确定非农村集体经济组织成员合法取得宅基地使用权的4种情形，包括因易地搬迁、地质灾害防治、新农村建设、移民安置等按照政府统一规划和批准使用宅基地的，因继承房屋占用宅基地的，国办发〔1999〕39号印发前城镇居民在农村合法取得宅基地的，以及原集体经济组织成员进城落户的。
三是妥善处理“一户多宅”问题。明确了原则上应“一户一宅”，但符合当地分户建房条件未分户存在“一户多宅”和因继承房屋占用宅基地形成“一户多宅”两种情形可以进行确权。
四是依规处理宅基地房屋属于不同权利人登记问题。规定了应区分不同情形进行处理，对于符合分割宅基地条件的可以分户办理。
五是结合实际规范房屋规划或建设材料补办要求。针对地上房屋提出了各区应根据规划制定及实施情况分类分阶段明确房屋是否符合规划或建设要求的认定标准，同时明确了房屋结构安全问题应充分利用前期开展的各项房屋安全整治工作成果，专项工作认定符合安全结构要求的且层高为两层及两层以下的由当事人具结确认。对于存在房屋结构安全问题并已纳入整改范围的房屋，整改完成前不得开展登记工作。对于其他房屋，结合其是否纳入房屋安全整治范围、层高是否为三层及三层以上，以及是否位于地质灾害易发区域等因素予以不同的确认方式。
六是分阶段分情况确定宅基地面积认定标准。通过该条合理解决超面积问题。基本原则为对于经批准占用宅基地的，按照批准面积予以确权登记。未履行批准手续建房占用宅基地的，在充分考虑我市宅基地管理政策历史沿革以及社会公平性的情况下，按照“尊重历史、面对现实、兼顾公平”的原则，对于1982年以后划定的宅基地，按每户最高不超过0.3亩确定宅基地面积认定标准；对于1982年以前划定的宅基地，面积认定标准另行规定。
七是核实完善门牌信息。针对门牌信息不全或未编制问题，明确了“一宗宅基地一个门牌”的原则，对于尚未编制的由村级统一向公安机关申请编制门牌。