在生产和实验中，为区别动物的不同个体或不同组别，需采用相应的动物标识方法，理想的标识方法必须符合标记明确易辨认，对动物损伤小且操作简单的基本原则，可能的情况下尽量不采取将标记做在动物身上的方法。群养的动物可以按其特有毛色、花纹进行识别，如猴、犬常通过照片和文字记录其外表和毛色特征，单笼饲养的动物可在笼上挂牌标注。当这些方法不能满足实验要求时，可采用以下方法对动物进行标记。
一、非损伤性标识技术
(一)染色法
染色标识是用化学染色剂在动物体表明显部位涂染的方法，操作简便，对动物损伤小，是实验室最常用的方法，适用于白色或浅色的动物，尤其适合小动物，白色或者浅色无花纹的小鼠、大鼠、豚鼠、兔均可采用。由于染色标记可自行褪色，长期实验中需要定期复染。染色标记也可因为动物间的摩擦、舔毛、尿液或水浸渍、被毛脱落等原因而破坏，因此需要经常检查，及时复染。此外，需注意动物会试图舔干被染的被毛，因此摄入少量染色液，可能对动物的健康和实验观察有潜在影响，如可以看到摄入苦味酸的小鼠血清颜色变深。
1.标识规则10以内的编号可使用一种染色液在不同部位涂染，100以内的编号需使用两种不同颜色的染色液进行涂染，一种颜色代表十位数，另一种颜色代表个位数。涂染规则如图3-1-40所示。
2.染色操作用毛笔(或以镊子裹上棉花代替)蘸取适量染色液，逆毛涂刷。由于动物被毛生长有一定方向，逆毛涂刷可将被毛从毛根至毛尖全部染色，顺毛时仅在毛尖染色且染色液容易到处流淌。染色后待被毛稍干再放开动物。
如无染色液，也可用油性记号笔进行临时性标记，大鼠和小鼠可在尾部用不同的比划代表数字(图3-1-41)，该标记仅维持2～3天。兔和豚鼠可在耳部皮肤直接书写编号。
3.常用染色液3％～5％苦味酸溶液，涂染成黄色；将苦味酸溶于无水乙醇制成饱和苦味酸乙醇溶液，乙醇易挥发，染色时可避免染色液流淌。
2％硝酸银溶液，涂染成咖啡色，涂后需光照10分钟。
0.5％中性红或品红溶液，涂染成红色。
煤焦油乙醇溶液，涂染成黑色。
龙胆紫溶液，涂染成紫色。
(二)剪毛法
剪毛标识是在动物体表相应部位剪去被毛的标识方法，操作简便，不损伤动物，标记也容易辨识。但由于动物的被毛不断长出而使标记逐渐消失，因此只适合短期研究。小鼠、大鼠、豚鼠之类的小型啮齿类可按单色涂染标记的规则剪毛，犬、兔等大、中型动物还可用剪毛刀在动物体侧或背部剪出号码。
(三)挂牌法
挂牌标识是让动物佩戴印有编号的号牌进行标识的方法，号牌法不受动物毛色的影响，但多用于体型较大和佩戴项圈的实验动物如犬、兔等。可将号码牌固定在动物的项圈上，或者干脆在颈圈上印编号。号牌材质可为塑料、金属(不锈钢或者铝质)等，应不生锈且不易损坏。禽类的编号可以采用挂腿圈法，首先将号码冲压在圆形或方形金属牌上，金属牌常用不生锈的铝板制成，或者可使用市售的打好号码和记号的铝制牌。然后将金属薄片固定在拴腿的皮带圈上，将此圈固定在动物的腿的上部。
二、损伤性标识技术
(一)耳标法
耳标即在动物的耳郭上所做的个体标识，其中耳孔标识是用专用的耳部打孔机在动物耳部打孔的标识方法，耳缺标识是用剪刀在耳缘剪出缺口的标识方法，动物的编号由耳孔或者耳缺的位置和数量来表示。该方法所作标记可终身保持，清晰且容易辨认，不受动物毛色的限制，但操作时会引起动物的疼痛以及造成一定程度的损伤，也可能会影响耳静脉注射之类的实验操作。由于小鼠耳壳大而薄，容易操作，打孔或者剪耳后几乎不出血，且很少在其耳上进行实验操作，故该方法常用于黑色、棕色小鼠以及裸鼠等不能使用剪毛或者染色进行标记的小鼠。猪体表被毛稀疏，不能采用染色和剪毛，也常用此法进行标识。耳孔或耳缺标记的缺点是不易记忆，不够直观。
1.标识规则可参考图3-1-42，也可按照实验实际情况在表3-1-12的基础上进行变通。
2.标记操作见图3-1-43。打孔或剪耳时可适当进行局部麻醉以减轻对动物的刺激，做好标记部位的消毒和止血，将滑石粉涂抹在伤口上可防止伤口愈合标记消失。
此外，对于体型较小的动物如啮齿类，有时也将号牌悬挂在耳上，如图3-1-44。挂号牌的过程视方法的不同而对动物产生不同程度的损伤，且动物可能因不适而设法自行去除号牌，耳部悬挂标签也可能妨碍动物的日常活动与交流。
(二)刺染法
刺染(tattoo)标识是在表皮针刺后涂以颜料，使其渗入皮下形成永久的记号，根据使用工具和操作方法的不同又称为刺号、刺青、打号、刺印、针刺等。刺染适用于各种毛色的动物，并且能够用于幼龄小鼠标记而取代剪趾法。
1.标记部位大鼠、小鼠和豚鼠等小动物，可在尾部、耳部或四肢皮肤裸露处进行标记，仅刺出记号即可，兔和耳朵比较大的犬可在耳部标记，可以使用刺号钳刺出号码再染色，猴可在胸部裸露皮肤处标记。
2.标记操作见图3-1-45和图3-1-46。针刺时应避开大血管，预先对皮肤消毒，将表皮刺出血即可，不能刺入太深，刺后将染料涂抹于表皮，待染料渗入后再擦干净皮肤。
(三)剪趾法
剪趾标识是剪去动物特定脚趾第一趾节，使之形成永久缺失而成为个体标志(图3-1-47)。由于剪趾对动物福利影响较大，故非不得已不推荐使用，且只限于初生或幼龄动物。剪趾法目前多用于转基因小鼠的个体识别，因转基因小鼠在出生后需逐个进行基因型鉴定，但此时被毛尚未长出，耳壳也不够大，不能进行染色标记和耳孔/耳缺标记。对小鼠剪趾应在14日龄以内进行，在1周龄内剪趾无需麻醉，但出生第2周实施应进行麻醉。剪趾可以在不同毛色小鼠进行，如剪趾得当，标记可留存终身。剪趾时需合理掌握脚趾剪去的程度，剪趾过少，脚趾愈合后标记不易辨认，剪趾过多则容易使动物失血过多。剪趾标记的同时，可以将剪下的脚趾用于基因型鉴定，从而不用再从尾尖切取组织，减少了对动物的损伤。剪趾后应注意止血。