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2020.01.05
Cytoscape是一款可图形化显示网络并进行分析和编辑的软件。支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本或MicrosoftExcel文件作为输入，或利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。它具体可以做什么？直接上图告诉你！
没错，这都是用Cytoscape完成的网络图，展示遗传关系或者生物学过程中的互作关系。有么有眼馋这些“高颜值”的图？心动不如行动，赶紧按接下来的Cytoscape使用教程学起来。
1.安装并打开Cytoscape（这点很关键......）
2.导入蛋白质互作网络数据库中参考物种的蛋白互作网络
网络文件格式包括：TXT、SIF、GML等，在Cytoscape安装目录下有SampleData，是部分网络文件的示例。
本地导入参考物种的蛋白互作网络
Cytoscape默认将文件第一行作为列名。如果文件第一行是基因，在导入网络时要在AdvancedOptions中取消用第一行作为列名。
然后选择每一列数据的属性，包括SourceNode、InteractionType、TargetNode、EdgeAttribution、SourceAttribution、TargetAttribution等，同时对应不同颜色和图标标记。
从公共数据库中获得参考物种的蛋白互作网络
3.在Layout选项下可以选择方便观测的布局（默认导入的布局方式为PerfuseForceDirectedLayout）。
4.设置网络节点和边的风格(Style)
在Style选项卡下Node设置中对点的形状、颜色、大小等进行设置。例如：选择Shape为圆形、FillColor为灰色、节点的高度(Meight)和宽度(Width)为50.0。
在Style选项卡下Edge设置中对边的形状、颜色、大小等进行设置。例如，将连线的颜色设置为蓝色，同时设置到Target方向的箭头同样为蓝色。
5.导入差异表达基因及其属性列，映射到互作网络中作为各节点的拓扑性质。
选取目标网络、设置关键列(Column1)、选择需要的节点属性列（可以选取多列，本例选取Column2，并重命名为Label，其中为up/down数据）。
6.根据上下调基因(up/down)标示网络，定义上调基因(up)为红色，下调基因(down)为蓝色。
7.导出数据
导出图像ExportNetworkasGraphics。
导出数据ExportTable。
可导出数据面板中的网络节点、边和整体网络的信息。
在弹出窗口编辑导出文件名。
参考链接
Java8下载地址：
OpenJDK7网址：
Cytoscape下载地址：
参考手册：
ShannonP,MarkielA,OzierO,BaligaNS,WangJT,RamageD,AminN,SchwikowskiB,IdekerT.Cytoscape:asoftwareenvironmentforintegratedmodelsofbiomolecularinteractionnetworks[J].GenomeResearch,2003,13(11):2498-2504.
中科新生命，成立于2004年，专注于质谱技术方法在科技服务、生物医药、精准医疗领域的应用开发。12年质谱服务经验，每年处理本数超万例，通过与中科院的技术合作及企业研发团队的自主创新，致力成为您最具价值的生物技术合作伙伴。