德国牧羊犬的交配是其繁育过程的重要一步。无论你所养的成年犬是做宠物犬、工作犬、还是做种犬，都免不了遇到犬的交配问题，特别是那些专门以繁育和经营为目的的犬商更是强调犬交配的成功率。交配成功才是繁育的第一步。
目前，纯种德国牧羊犬的交配无论是在国内还是在国外，多是在人工辅助下的自然交配。这是因为德国牧羊犬的繁育已经完全受到人类的控制，纯粹的自然选择过程已经消失。正因为如此，德国牧羊犬的交配应十分小心，并且要讲求科学。
自然交配是指公母犬自行交配。一般将公犬放入饲养母犬的地方，或将发情的母犬与公犬放入同一安静的场所，此时，公母犬经过相互追逐熟悉之后，很快就可以交配。
有时由于犬的个体气味、身材、环境等因素产生相互厌烦的情绪，可能会抑制犬的交配兴奋。这时需要犬主认真分析不能交配的原因，或改变交配地点、环境，或更换公犬。有的公犬缺乏交配经验，或公母犬体形相差太悬殊而不能交配时，可人工辅助。比如：协助公犬将阴茎插入阴道；或抓紧母犬脖圈，保持稳定，使母犬接受交配；或采取公母犬同居的的办法，直到配上为止。
当德国牧羊犬的正式交配后，公犬的阴茎插入母犬的阴道几秒钟，公犬就开始射精，随后公犬的海绵体开始充分膨胀，并在母犬的阴道形成栓塞。这时母犬会扭动身体，试图将公犬从自己的背上摔下来。此时公犬往往会自动下来，公犬和母犬呈尾对尾姿态。
这种栓塞状态往往会持续10~30分钟，有时会更长，此时公犬的阴茎会在母犬的阴道内旋转180度，再次射精。因此，这时决不可强行将两犬分开，否则会严重损伤犬的生殖器。
当公、母犬自行松脱后，它们会各自舔舐阴部，这时也不可马上对犬进行牵拉和驱赶，特别是公犬。因为公犬在交配后常常出现腰部凹陷，俗称“掉腰子”，切不可让其进行剧烈的运动。另外，犬交配后不能马上给其引水，应该让犬休息片刻，活动一会儿后再给引水。
交配结束后，公犬的阴茎会自动从母犬阴道内脱出。如果母犬的阴门明显外翻，说明已经配上，应将母犬放回犬舍，让其安静休息，并做好配种记录。