该部动画讲述了卡洛斯地区的米亚雷市为起始城镇，小智和皮卡丘在那里遇到了至今为止从未遇到的全新口袋妖怪，以及新的旅伴。目标成为口袋妖怪大师的小智，带上皮卡丘向卡洛斯地区联赛发起了挑战。
PocketMonster，简称为宝可梦Pokemon。它们是这颗星球上的不可思议生物。空中、海中、森林中、城镇中，世界各处都能见到它们的身影。这是期望在宝可梦战斗中成为最强的少年小智，与梦想收服全部宝可梦的少年小豪的故事。与小智的搭档“皮卡丘”与小豪的搭档“炎兔儿”等众多宝可梦们一起，前往无限延伸的宝可梦世界的冒险就要开始了。朝着梦想与冒险的宝可梦世界Let'sGo！
小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历。
小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！去吧！全力！大冒险！
因为抽中大奖而来到了阿罗拉地区旅行的小智将会遇到全新的精灵宝可梦、全新的伙伴以及崭新的冒险。
《精灵宝可梦XY&Z》是“XY”系列的第三季，故事紧随其后XY2之后，讲述击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。与此同时，小智和甲贺忍蛙之间发生的神秘联系也逐渐明朗。
《口袋妖怪》系列最新作《口袋妖怪X/Y》将于2013年10月12日世界同时发售，现在官网宣布动画版《口袋妖怪》也将进入新篇章，新作TV动画《口袋妖怪XY》将于10月17日在东京电视台等台开播。动画版将以卡洛斯地区的米亚雷市为起始城镇，小智和皮卡丘在那里遇到了至今为止从未遇到的全新口袋妖怪，以及新的旅伴。目标成为口袋妖怪大师的小智，带上皮卡丘向卡洛斯地区联赛发起了挑战。
小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台-合众地方，这里居住着许多他们所不知道的精灵宝可梦。当他们初次踏上这片土地时，突如其来的黑云笼罩天空，伴随着神秘的精灵宝可梦。随之而来且脱胎换骨的火箭队，以及活动目的不明的神秘团体，在寻找新的精灵宝可梦以及新的邂逅的道路上，更多的考验在等着他们。
若叶镇的健太和自己的宠物小精灵们一起进行着修行之旅。旅途中，他遇到了少女真理惠。久别重逢，为了确定彼此的实力，两人展开了一场宠物小精灵比赛。然而，比赛才开始，天空却突然聚集起了雷云，雷鸣也随之轰轰作响。与此同时，专门捕捉宠物小精灵的二人组突然登场，他们驾驶着巨大的机器抓走了许多精灵。正当健太和真理惠与之对抗之时，传说中的宠物小精灵雷神出现了。
还未见过土地上的宠物小精灵，小智想象着与劲敌的战斗。只能与至今一起旅行的小霞、小刚告别，回到故乡真新镇把除皮卡丘外的小精灵全部寄放在大木博士那，决心要去旅行。
新手训练家小智只带着从大木博士那里获得的勉勉强强又喜怒无常的皮卡丘，离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加神奇宝贝联盟。加入小智一行人的是两位良师益友——小刚和小霞。参赛石英大会之后，小智受大木博士之托启程前往橘子群岛，从内木博士处取得GS球。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到神奇宝贝观察家小建。回到真新镇后，小智再次参加了神奇宝贝联盟——城都联盟的白银大会。
影片讲述蒂姆·古德曼（贾斯提斯·史密斯饰）为寻找下落不明的父亲来到莱姆市，意外与父亲的前宝可梦搭档大侦探皮卡丘相遇，并惊讶地发现自己是唯一能听懂皮卡丘说话的人类，他们决定组队踏上揭开真相的刺激冒险之路。探案过程中他们邂逅了各式各样的宝可梦，并意外发现了一个足以毁灭整个宝可梦宇宙的惊天阴谋。
小智和皮卡丘在遇到了至今为止从未遇到的全新口袋妖怪，以及新的旅伴。
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新剧场版讲述小智和皮卡丘在森林里偶遇被宝可梦抚育长大、认为自己也是宝可梦的人类少年“可可”，而这片森林很快将遭遇危机。
在人们与风共度的城镇·风罗市，每年都会举行一次“风祭”。在祭典的最后一天，传说中的宝可梦·洛奇亚会出现，并带来恩惠之风——在这样的古老传说仍然流传之际，聚集在城镇的人们怀抱各自的心绪前去参加祭典。宝可梦的新手女高中生，莉莎。停不下说谎的吹牛男人，卡加奇。对自己没有自信的软弱研究家，托利托。厌恶宝可梦的古怪婆婆，翡翠。独自一人伫立于森林中的神秘少女，拉尔戈。小智、皮卡丘与他们相遇，驱动起大家的故事。
小智（松本莉香配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里配音）与宗次（本乡奏多配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”该动画继续讲述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。
小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险。另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为“魂心”的未知力量，贪婪又邪恶的贾维斯企图利用这股力量来统治王国。小智和波尔凯尼恩将会如何化解彼此的嫌隙？波尔凯尼恩与玛机雅娜又有着怎样的渊源？他们要如何共同对抗贾维斯拯救阿佐特王国？玛机雅娜的最终命运又将如何结局？一场精灵宝可梦史上最伟大的战役即将展开！
第六世代的新神奇宝贝们闪亮登场。在近日公开的宣传片中，两大神兽伊维塔尔与泽尼亚斯依次亮相。