该部动画讲述了卡洛斯地区的米亚雷市为起始城镇，小智和皮卡丘在那里遇到了至今为止从未遇到的全新口袋妖怪，以及新的旅伴。目标成为口袋妖怪大师的小智，带上皮卡丘向卡洛斯地区联赛发起了挑战。
PocketMonster，简称为宝可梦Pokemon。它们是这颗星球上的不可思议生物。空中、海中、森林中、城镇中，世界各处都能见到它们的身影。这是期望在宝可梦战斗中成为最强的少年小智，与梦想收服全部宝可梦的少年小豪的故事。与小智的搭档“皮卡丘”与小豪的搭档“炎兔儿”等众多宝可梦们一起，前往无限延伸的宝可梦世界的冒险就要开始了。朝着梦想与冒险的宝可梦世界Let'sGo！
小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历。
小智与皮卡丘新的冒险开始了！新的冒险舞台是自然资源丰富的阿罗拉地区。在阿罗拉地区这个四处都是蔚蓝的天空和蓝色的大海的地方，等待着小智和皮卡丘的是？新的宝可梦，新的伙伴，以及新的经历……新的冒险旅程终于拉开了帷幕！去吧！全力！大冒险！
因为抽中大奖而来到了阿罗拉地区旅行的小智将会遇到全新的精灵宝可梦、全新的伙伴以及崭新的冒险。
《精灵宝可梦XY&Z》是“XY”系列的第三季，故事紧随其后XY2之后，讲述击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。与此同时，小智和甲贺忍蛙之间发生的神秘联系也逐渐明朗。
《口袋妖怪》系列最新作《口袋妖怪X/Y》将于2013年10月12日世界同时发售，现在官网宣布动画版《口袋妖怪》也将进入新篇章，新作TV动画《口袋妖怪XY》将于10月17日在东京电视台等台开播。动画版将以卡洛斯地区的米亚雷市为起始城镇，小智和皮卡丘在那里遇到了至今为止从未遇到的全新口袋妖怪，以及新的旅伴。目标成为口袋妖怪大师的小智，带上皮卡丘向卡洛斯地区联赛发起了挑战。
小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台-合众地方，这里居住着许多他们所不知道的精灵宝可梦。当他们初次踏上这片土地时，突如其来的黑云笼罩天空，伴随着神秘的精灵宝可梦。随之而来且脱胎换骨的火箭队，以及活动目的不明的神秘团体，在寻找新的精灵宝可梦以及新的邂逅的道路上，更多的考验在等着他们。
若叶镇的健太和自己的宠物小精灵们一起进行着修行之旅。旅途中，他遇到了少女真理惠。久别重逢，为了确定彼此的实力，两人展开了一场宠物小精灵比赛。然而，比赛才开始，天空却突然聚集起了雷云，雷鸣也随之轰轰作响。与此同时，专门捕捉宠物小精灵的二人组突然登场，他们驾驶着巨大的机器抓走了许多精灵。正当健太和真理惠与之对抗之时，传说中的宠物小精灵雷神出现了。
还未见过土地上的宠物小精灵，小智想象着与劲敌的战斗。只能与至今一起旅行的小霞、小刚告别，回到故乡真新镇把除皮卡丘外的小精灵全部寄放在大木博士那，决心要去旅行。
新手训练家小智只带着从大木博士那里获得的勉勉强强又喜怒无常的皮卡丘，离开家乡真新镇，在关都地方展开他的旅程。赢得皮卡丘的信任后，小智认真地开展他的旅程来挑战各地的道馆，参加神奇宝贝联盟。加入小智一行人的是两位良师益友——小刚和小霞。参赛石英大会之后，小智受大木博士之托启程前往橘子群岛，从内木博士处取得GS球。旅途中小智参赛橘子联盟，还遇到神奇宝贝观察家小建。回到真新镇后，小智再次参加了神奇宝贝联盟——城都联盟的白银大会。