按动物学的分类，马属于哺乳纲、奇蹄目、马科、马属。马属动物包括马、驴和斑马等动物。马同驴的种间杂种，有马骡和驴骡（駃騠）两种。
关于中国马种分类，古代有广马、滇马、蜀马、秦马等名称，实际上是按产地进行马匹品种分类的开始。顾谦吉（1941）曾介绍有蒙古马、川马诸种。谢成侠（1946）在“中国马种研究之初步报告”一文中，把中国固有马种分为蒙古马、伊犁马、南番马、西南马和中原马5种，而以前4种为主，品种以下又分为若干类群。王铁权（1981）提出了中国马种分类体系，即蒙古马系、西南马系、河曲马系、哈萨克马系。
崔境溪（1959，1981）主笔的《养马学》教材中都写有马品种分类方法3种：
1。生物学分类
即按产地自然生态环境条件和马匹外形特征，把我国马的原始地方品种及其类群分为4类：
①草原种，包括蒙古马、哈萨克马、巴里坤马、岔口驿马
②沙漠种，有乌审马、柴达木马、和田马③森林种，有河曲马、浩门马、阿尔泰马、鄂伦春马
④山地种，有建昌马、乌蒙马、西藏马、玉树马、安宁果下马（特矮型小马）。
2。牧学分类
即按马的体型和性能分为乘用型、挽用型、驮用型、兼用型（挽乘型、乘挽型、驮挽型）4类。
我国产的森林种马多为挽乘型，沙漠种马多为乘挽型，草原种马因所在地牧草的丰啬优劣，而挽乘型或乘挽型的比数不一，山地种马基本为驮型。近十几年，培育成功的新品种多达15个。其中挽乘型数量较多，计有黑龙江马、吉林马、铁岭挽马、渤海马、关中马、青海挽乘兼用马、伊犁挽马，乘挽型有伊犁马、焉耆马、三河马、黑河马、金州马、锡林廓勒马，驮用型有山丹马、伊吾马。此外有1个待验收的准品种丽江马。
3。选育程度分类
即按马的育成历史及其在外形、性能和遗传等方面的表现，分地方品种、培育品种、育成品种3大类。我国新培育出的15个品种皆属培育品种这一类。
崔堉溪（1984）在“甘肃河西古代养马历史和品种形成及其种质的探索”一文中提到，我国产马有了方向性要求始于西周。周穆王（公元前10世纪）选得“八骏”，用有杰出驭马技能的赵父驾御，代表当时社会最需要的以挽为主的役马。从周起，经战国、秦、汉到唐，马匹改良选育目标是一致的，因而马的体型性能亦基本相同。马匹选育改良到汉代达到了高峰。
1969年10月在甘肃省武威东汉（公元25-220年）墓掘出了“踏飞鹰奔马”模型，同时出土有驾车马和人骑马多件，其形态完全一样一一躯干粗重如同重型挽马，头小，颈长弯曲，四胶干燥如轻型乘马；它走着对侧快步，昂首翘尾，边嘶边走，神形若飞。其体型结构是举世罕见的以挽为主的挽乘兼用型。从唐末以后，古代良种马日遭破坏、改变，但其基本体型依然传留至今。这就是我国现有产马的类型全为兼用体型、且以挽乘型马占主要地位的历史根源。
此外，国外学者亦有研究中国马种之分类，吉田新七郎（1925）将中国马分为蒙古马系和阿拉伯马系。久合田勉（1931）将中囚马分为土种马、杂种马两类。Phillip（1946）提出分蒙古马、四川马、西康马和西宁马4种。
郑丕留（1980）在其所著的《中国家畜品种及其生态特征》一书中，把我国马种按自然分布及其生态条件分为：北部牧区草地马、西北高原马、西南山地马。洪子燕等（1986）将我国马按自然分布及其生态条件概分为：
①北部牧区草原马，包括高寒草原生态类型的蒙古马。
②西北部牧区高山草原马，包括山地草原生态类型的哈萨克马、伊犁马、伊犁挽马和巴里坤马，山地（盆地）草原生态类型的焉耆马。
③西北高原马，包括高原森林草原生态类型的河曲马、祁连马（包括岔口驿马和浩门马）、柴达木马。
④青藏高原马，包括海拔4000米以上高原生态类型的玉树马、藏北高原马。
⑤酉南山地马，包括亚热带山地生态关型的建昌马、乌蒙马、贵州马、丽江马、中甸马、百色马及高原生态类型的藏马。