隋末天下大乱以来，秦叔宝在来护儿、张须陀、裴仁基、李密、王世充手下任职，虎牢大战后王世充败亡，这才与程咬金等人一起投奔李唐。秦叔宝和程咬金投奔李唐后，被李渊派到李世民府上任职。从此，他跟随李世民南征北战，抓住了建功立业的最后机会。你看看，等到秦叔宝到了李世民帐下的时候，已经换了五个主公。虽说他也是随着部队转战，身不由己。但真要算起来，肯定不如殷开山、柴绍、长孙、独孤等人亲切。
《资治通鉴》记载，李世民选精锐千余，组建了一支玄甲军。玄甲军由李世民亲自率领，之下设四名将军：秦琼、尉迟恭、程咬金、翟长孙。李世民年轻气盛，见不得敌人耀武扬威。每当有敌人在阵前炫耀，李世民就命令秦琼出击。秦琼跃马负枪，杀敌于万众之中。可见秦琼武艺高强。单从官职来看，秦琼是左武卫大将军，品级是正三品，这在武将中是很高的品级了，但绝对不能算的上是最高的的人，比如李靖就是尚书右仆射，是二品的官。也就是说，秦琼的确是大唐武将权力圈的核心人物，但并非没有进步的空间。
当然关于秦琼最有争议的就是他到底有没有参加玄武门之变。秦琼到底有没有参加玄武门之变，夲来是不应该有这么多质疑和争论的。因为新、旧《唐书.秦叔宝传》都明确记载了他参加这次军事政变的史实。那么，为什么现在还有那么多人提出疑问呢主要就是从他在凌烟阁的地位和李世民上台后的封赏，很多人都不解，这么大名气的武将，为什么最后却在代表功劳最高的排名时反而排在了很多名不见经传的小人物后面。
其实，秦琼秦叔宝自唐统一后就伤病缠身，没有其他出战立功纪录。还有一点就是唐太宗建凌烟阁画像时，叔宝已去世5年了。而且凌烟阁只是从太宗对杰出的功臣的表彰和纪念的感情出发而建的，并不是功劳排名册，也不是武力排名，更不是人品判定排名。也许李世民只是按自己的喜好和亲近来进行排名的呢。
我们知道玄武门兵变的时候，李世民手下的猛将悉数出动，唯独漏掉了秦琼。而城外有十万大军，如果没有一名镇得住的人去掌管，这支军队会怎样因此结论就是，秦琼在兵变的时候，被李世民派往了城外，毕竟秦琼此时是这支部队名义上以及实际上的最高军事长官。有他在，这支军队就是自己的接应，就算是李世民兵变失败，有这么一支军队在外接应，也可以保证李世民失败之后还能出来。同时，从李渊的御林军不知所踪看，我们可以判断，秦琼应该是派兵夺取了城门之后，领兵进城缴了御林军的械，由于秦琼在军中威望大，这种方式是当时可以减少兵员伤亡，并且最为安全的方式。秦琼死后，李世民下令为其陵墓设立石马、石人，这是这些功臣中唯一一位享受到这种礼遇之人，可见李世民对秦琼的敬重远在其他人之上。