脚趾结构不同。单蹄动物的脚趾结构是一个蹄趾；偶蹄动物的脚趾结构是第三、四趾同等发育，共同支持体重，因蹄多为双数而得名。
科类不同。单蹄动物是奇蹄目，包括马科和已经灭绝的雷兽科等；偶蹄动物是偶蹄目，包括许多对人类生活很重要的动物，如牛、羊、骆驼、牦牛等。
胃部结构不同。单蹄动物的胃部结构相对简单；偶蹄动物的胃部结构复杂，有多个胃室。
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