对一种生物致命的细菌和病毒可以迅速进化感染另一种生物，猪流感爆发是最新的例子。许多传染病和致命疾病已经从动物传播到人类，从人类传播到动物。跨物种的感染来自农场或市场，在那里可以促进病原体混合并给病原体交换基因的机会，而后可以杀死先前外来的宿主(即你)。这种看似良性的活动也可能发生转变，就像让一只在印度尼西亚某个街角表演的猴上爬上你的头。
两个变种的微生物甚至可以聚集在你的肠道里，做一些病毒式的活动，从而使你变成一个致命的传染宿主。从动物传染给人类的疾病被称为人畜共患病。有超过三打的人畜共患病是我们直接触摸感染上的，超过四打是由于咬伤造成的。但是携带疾病的寄生虫对寄主并不挑剔。一些善意的活动例如生态旅游，人类携带的疾病也会使动物种群数量锐减。
没有什么能比在14世纪单一暴发的黑死病(又叫淋巴腺鼠疫)对全球纯粹的影响，并使人类文明屈服。这是瘟疫的缩影。从欧洲到埃及穿过亚洲的街道上堆满了尸体。大约有7500万人死亡——当时只有大约3.6亿人。死亡在几天之内发生，这是极其痛苦的。鼠疫是鼠疫耶尔森氏菌引起的一种细菌性疾病。它是由啮齿动物和猫所携带的，但在人与人之间传播时是非常致命的。就像13世纪的情况一样，感染鼠疫的症状包括发烧、发冷、虚弱、淋巴结肿大和疼痛。
即使在今天，如果不及时治疗，就会有生命危险。14世纪的鼠疫是在亚洲戈壁滩上罕见的细菌蛰伏了几个世纪之后发生的。在13世纪20年代，它沿着贸易路线从中国、穿过亚洲其他地区最终在1347年到达意大利，然后又回到了俄罗斯。一些社会在几个世纪后才得以恢复，同时一些幸存者不相信地方当局，甚至在某些情况下认为是上帝愤怒从而让他们遭受痛苦。
一系列的人畜共患疾病正在不断上升——是由每年杀死成千上万人的动物咬伤引起的。蚊子会导致疟疾：每年有3.5亿或更多的人感染疟疾，超过100万人死亡，死亡人数中大多数是撒哈拉以南非洲的儿童。蚊子传播的登革热每年感染约5千万人;大约有50万人住院治疗，其中2.5%的人死亡。昆虫传播疾病的爆发变得更加普遍和更加致命，流行病已经蔓延到美洲。科学家说气候变暖只会让事情变得更糟。
在全球每年约有5.5万人死于狂犬病，其中大部分发生在亚洲和非洲。大多数的死亡都是由于受感染的宠物狗咬伤所致，虽然野生动物也能携带狂犬病病毒。据估计从墨西哥到阿根廷有1600万或更多的人受到恰加斯病的侵害。恰加斯病是一种慢性的、致命的疾病，这种疾病是由称为“三聚氰胺”的吸血虫通常被称为“吻虫”)的粪便传播的。恰加斯病经常被狗或鸡传播；因为他们晚上被关在室内，让携带病毒的昆虫更容易接触到人类。
有些时候甚至不必被虫子或动物咬伤以从中获得致命的疾病。汉坦病毒主要是由鹿小鼠携带，吸入被老鼠粪便污染的灰尘就会让你受到感染。缺乏食欲，发烧，呕吐和肌肉疼痛是第1阶段的特征。第一阶段？是的、当你开始感觉好一些的时候，会出现脖子僵硬，发烧，精神错乱，难以移动的症状。这是不治之症，但大多数人都能康复，只有大约1%的人会死亡。
艾滋病病毒是由黑猩猩和其他灵长类动物所携带的，至少在一个世纪前人类感染了艾滋病。艾滋病病毒破坏人类的免疫系统，会带来许多致命感染或癌症。肺结核每年会杀死近25万艾滋病毒携带者。
截至2007年底，大约有3300万人感染了艾滋病毒，其中今年新增了约270万病例；其中约有200万人死亡(包括27万儿童)。三分之二的艾滋病毒感染发生在撒哈拉以南的非洲地区。最近研究人员发现艾滋病病毒早在1969年就出现在美国，比人们认为的要早得多。
这种奇特的寄生虫、弓形虫，全球有一半的人口感染了弓形虫，其中大约5000万美国人。弓形虫会增加人类神经过敏的风险，并可能导致精神分裂症。然而它的主要寄宿在家养猫身上并且进行有性繁殖。同时流浪猫更容易携带它。可以从猫粪中找到它。这种寄生虫也存在于其他许多哺乳动物身上(在那里它会进行无性繁殖)。
最初人类感染弓形虫的症状通常是和感染流感的症状相似，但是这个虫子永远不会消失。一些科学家认为弓形虫已经改变了人类的行为，足以塑造整个文化。一项研究发现弓形虫感染率高的国家平均神经质得分也较高。
科学家们指出数千年前，一种大型猫科动物在我们早期祖先的内脏上进食，感染了一种导致溃疡的细菌——幽门螺杆菌。这种细菌传播到了狮子、猎豹和老虎身上，至今他一直在猫科动物身上存在。
埃博拉病毒对非洲中部的大猩猩和黑猩猩来说是一种普遍的威胁，并且可能已经传染给了那些食用受感染动物的人。它现在通过与感染者的血液或体液接触和人与人之间的接触进行传播。在20世纪70年代中期，它已经杀死了几百人。
据德国的罗伯特·科赫研究所和马克斯·普朗克进化人类学研究所的野生动物流行病学家FabianLeendertz说：研究野生动物种群可能很困难。但科学家们推测，坦桑尼亚冈贝国家公园的黑猩猩感染了人类的脊髓灰质炎。
Leendertz还说：还有人担心大猩猩感染了雅司病——这是一种与梅毒有关的疾病；并不是通过性行为传播的。西非的大猩猩和黑猩猩已经因为炭疽暴发而死亡。这些事件可能是由森林中自然存在的炭疽杆菌引起的，但炭疽也有可能起源于人类的牛群。
生态旅游在非洲黑猩猩中引发了呼吸系统疾病。在发展中国家中人类呼吸道合胞病毒(HRSV)和人偏肺病毒(HMPV)杀死了婴儿。几乎所有人类都接触过这些细菌，因此人体内也产生了一种天然的抗体来对抗这些细菌。在第一次证实病毒直接从人类传播到野生类人猿的证据中，1999年到2006年间，病毒在西非部分地区杀死了整个黑猩猩种群。
大约300万年前人类从大猩猩身上发现了阴虱。科学家们在2007年总结说：人类很可能染上了一种叫“阴虱寄生病”的令人愉快的疾病，不是和大猩猩睡觉染上的，而是睡在大猩猩的窝里或吃大猩猩染上的。顺便说一下人类是唯一既有阴虱又有头虱的灵长类动物（黑猩猩只有头虱、现在你所知道哪种大猩猩有阴虱了）。