种鸡感染，其受精蛋的孵化率下降。据报道，1日龄感染IBV可导致母鸡输卵管永久性损伤，致使产蛋期卵巢发育正常而输卵管发育异常，病鸡鸡冠红而肥大，但无法产蛋；这种“假母鸡”的发病率可占到鸡群总数的26%左右。本实验室人工染毒雏鸡实验发现，M41和肾病变型传染性支气管炎病毒可导致壳腺部上皮细胞雌激素和孕激素的受体表达障碍，蛋白分泌部受体的表达也有所降低。这可能是蛋鸡感染传染性支气管炎后，蛋清和蛋壳品质下降的主要原因，同时也是导致雏鸡感染输卵管发育不良的原因之一。
3、腺胃病变型：一般在初期感染时表现不明显，后逐渐食欲下降，精神不振，羽毛蓬松，拉黄白色稀便，体重逐渐降低，最后衰竭而死。往往在一些管理较差、鸡群密度较大、通风不良、鸡舍昼夜温差较大的鸡场较易发生，且发病后病程很长，甚至长达月余，导致期间各种疫苗的免疫效果不佳，甚至免疫失败。鸡舍环境控制较好，饲料营养条件好的鸡群较少发病，且发病后病程也较为短暂。
2、肾病变型病例可引起肾脏高度肿胀、苍白，肾小管因尿酸盐沉积而呈白色条纹状，呈花斑肾状，肾脏切面会有白色石灰乳样物渗出；输尿管因尿酸盐沉积而怒张；严重病例可于心包、心外膜、肝脏表面、气管粘膜、气囊出现白色石灰样尿酸盐附着。
3、腺胃型变现为腺胃严重肿大，浆膜面可见肿胀的复管腺；腺胃粘膜肿胀、出血，腺胃乳头基部呈环状出血，有时腺胃乳头溃疡，似火山口状；大部分此类型病鸡肾脏亦肿胀花斑。
4、蛋鸡传染性支气管炎感染通常可见卵泡系带松弛，卵泡呈扁圆或椭圆形，输卵管子宫部粘膜水肿。雏鸡阶段感染传染性支气管炎的假母鸡剖检可见卵巢发育正常，腹腔常可见排出的卵泡和破裂于腹腔的卵黄；输卵管发育不良或者输卵管伞到狭部之间没有发育，仅保留子宫部和阴道部，输卵管内积水。
蛋鸡感染传染性支气管炎后蛋形、蛋壳质量大小异常。
雏鸡发呆，张口伸颈呼吸。
IBV感染致气管下端粘膜出血。
传支感染后，于一级支气管处形成干酪样栓塞（箭头指示）。
肾病变型传支剖检表现为肾脏肿胀花斑，输尿管积聚尿酸盐。
一例7日龄雏鸡感染腺胃型传支后肾脏严重肿胀、花斑。
一例7日龄雏鸡腺胃型传支腺胃肿胀，浆膜面可见增生的复管状腺。
一例7日龄雏鸡腺胃型传支的腺胃肿胀，粘膜乳头周围环状出血。
2、适时的疫苗免疫接种：
产蛋鸡可以在出壳后一周、10~14周卵巢开始发育期、开产前后和产蛋进入高峰之前进行免疫，可以起到较好的免疫效果。
尽管弱毒疫苗比灭活疫苗就有更好的免疫效果，但由于传染性支气管炎病毒的血清型和突变株众多，各血清型和毒株之间虽有一定的交叉免疫效果，其交叉保护率并不高，因此可以使用活毒疫苗和多价灭活疫苗同步免疫可以取得较好的免疫效果。在一些发病比较严重的鸡场采用自家灭活疫苗进行免疫可以取得较好的免疫效果。
3、治疗措施：
已经发病的鸡群，如果呼吸症状较为严重，可以使用具有抗病毒、止咳平喘作用的中药，配合维生素C进行治疗。
腺胃炎型可以使用具有抗病毒、助消化、利肝胆的中药方剂，配合肠道消炎药、有助于降低尿酸盐生成、促进尿酸盐排泄的药物进行治疗。
肾病变型可以采用抗病毒的中药（如上述），配合丙磺舒或别嘌醇进行治疗。
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