动物医学院学科实力居国内一流，享有较高的国际声誉。曾为国务院学位委员会兽医学科评议组召集人任职单位，现为全国兽医专业学位教育指导委员会秘书处挂靠单位和副主任委员任职单位。1995年设兽医学博士后流动站，1998年获兽医学一级学科博士学位和硕士学位授予权，1999年获兽医博士专业学位和兽医硕士专业学位学位授予权。拥有农业部动物细菌学重点实验室、农业部动物生理生化重点实验室、猪链球菌OIE参考实验室、现代化的动物实验中心等科研平台。2007年兽医学一级学科评为国家重点学科，2010年被评为江苏省优势学科。
学院设有基础兽医学、预防兽医学、临床兽医学。基础兽医学系设有动物解剖学、动物组织胚胎学、动物生理学、动物生物化学、兽医药理学和兽医病理学等学科组；预防兽医学系设有微生物学与免疫学、传染病学和寄生虫学等学科组；临床兽医学系设有兽医内科学、兽医外产科学、中兽医学等学科组。学院现有家畜生理研究室、兽医寄生虫病研究室、鱼病鱼药研究室、畜禽营养与代谢病研究室、中兽医学研究室、小动物疾病研究室、畜禽疫苗工程中心、兽药创制中心、兽药残留检测中心、畜禽疾病检测中心等研究机构。学院现有动物医院、动物实验中心等附属教学科研基地。主办有创刊于1935年的学术期刊《畜牧与兽医》。
学院师资力量雄厚，学科齐全，拥有一支信念坚定、师德高尚、业务精良、年龄结构合理的国际化、多血缘高水平师资队伍。现有教职工137人，其中正高职称50人，副高职称40人（含副教授35人、副研究员1人、高级兽医师4人），中级职称33人。具有博士学位者106名，硕士学位者23名。其中博士生导师52名，硕士生导师32名。现有农业部创新团队3个，江苏省“青蓝工程”优秀教学团队1个。教师入选国家级人才5人次，农业部科研杰出人才3人，农业部突出贡献专家1人，江苏省“特聘教授”2人，教育部新世纪优秀人才6人，江苏省“333高层次人才工程”培养对象14人，江苏省高校“青蓝工程”9人，江苏省“六大人才高峰”高层次人才3人，南京农业大学“钟山学者计划”19人，南京农业大学“133重点人才工程”优秀中青年学术带头人7人、优秀骨干教师16人等。4人获得国务院政府特殊津贴。
动物医学院承担了国家“973”计划、国家重点研发专项、国家转基因重大专项、公益性行业科技专项、国家自然科学基金等国家及部省级科研项目。“十二五”以来的年度研发经费超5000万元，年均SCI收录刊物发表150篇左右。猪圆环病毒灭活疫苗、猪蓝耳病弱毒疫苗分别获国家二、三类新兽药证书并成功实施转化，转让经费超5000万元。“猪链球菌病研究及防控技术”获2007年度国家科技进步二等奖。
人才培养方面，90多年来，学院为国家培养了5000多名本科生和研究生，其中有许多已成为国内外著名的科学家、实业家和行业管理者。目前动物医学院有本科生875人；在读全日制博士生154人（含留学研究生33人）、全日制硕士生446人（含留学生3人）；非全日制兽医专业学位博士生52人、硕士生100人。为了奖励德、智、体全面发展的优秀本科生、研究生，除国家和校级各项奖学金外，学院设立了“罗清生奖学金”、“勃林格殷格翰奖学金”、“上海海利奖学金”、“恒丰强奖学金”、“浙江诺倍威奖学金”、“辉瑞普强奖学金”、“南农高科奖学金”、“仕必得奖学金”、“禾丰奖学金”、“上海农场奖学金”、“台湾信元奖学金”、“武汉回盛奖学金”等近二十项奖学金。
学院国际学术交流与国际化办学日趋活跃，近5年来，我院教师先后有近100人次到国外进修、攻读博士学位、考察、合作科研。与美国、日本、加拿大、丹麦、澳大利亚、英国、西班牙等国的有关学校、研究机构建立了合作关系，与德国汉诺威兽医学院建立了校际关系。从2013年开始与加州大学戴维斯分校兽医学院在中国南京联合开办了国际高端兽医继续教育课程。此外，学院每年吸纳大量留学生前来学习深造，先后举办了近20期国际兽医针灸与中药培训班。
展望未来，动物医学院全体师生员工将以饱满的热情，求是创新，朝着世界一流研究型学院目标迈进！