特殊病种门诊一级医院起付线为400元/次、二级医院为640元/次、三级医院为880元/次;一级社区卫生服务机构的起付标准为200元/次，二级社区卫生服务机构的起付标准为440元/次。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
法律快车提醒您，特殊门诊病种办理流程是：
2.初审医院收齐申请人的相应资料后，组织本院医疗专家诊查并初步鉴定。
3.市医疗保险处每季季末组织本市城镇职工基本医疗保险专家委员会进行集中评审，专家委员会根据特门确认标准进行逐个审定。
4.经市专家委员会评审通过的，特门申请人在下个季度第一个月5个工作日以后，携带《医保手册》到市医疗保险处领取《特殊病种门诊专用病历》，评审通过者于当月开始享受基本医疗保险特殊病种门诊待遇。经市专家委员会评审未通过的，注明未批准的原因并书面告知，同时将病历资料退回申请人。
1.填写医疗费申报明细表并签章;
2.医疗保险门诊医疗费票据及处方;
4.因急诊或医保中心批准转往非定点医疗机构就医人员和异地安置人员报销需另提供医疗费明细、处方、长期医嘱、临时医嘱。
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