(一)将第二条中的“海关专用监管仓库”修改为“仓库”。
(二)将第五条修改为“出口监管仓库的设立应当符合海关对出口监管仓库布局的要求。”
(三)删去第九条第(三)项，将第(四)项改为第(三)项，修改为“具有专门存储货物的场所，其中出口配送型仓库的面积不得低于2000平方米，国内结转型仓库的面积不得低于1000平方米”。
(四)将第十条第一款中的“书面材料”修改为“加盖企业印章的书面材料”，删去第(三)项中的“及可行性报告”和第(四)项，将第(五)项改为第(四)项，修改为“营业执照复印件”，将第(六)项改为第(五)项，修改为“报关单位注册登记证书复印件”。
删去第二款。
(五)将第十二条第二款第(一)项中的“第(五)项”修改为“第(三)项”，删去第(二)项中的“安全”、第(四)项中的“和会计制度”和第(六)项。
(七)删去第十七条。
(八)删去第二十条第一款中的“主管”。
将第二款中的“应当经直属海关批准”修改为“主管海关受理企业申请后，报直属海关审批”。
(九)将第二十一条中的“有下列行为之一的”修改为“有下列情形之一的”，删去第(一)项，增加一项，作为第(五)项“法律、法规规定的应当注销行政许可的其他情形”。
(十)将第二十四条中的“签发出口货物报关单证明联”修改为“办理出口货物退税证明手续”。
(十二)将第二十七条第一款和第二十八条第一款中的“向主管海关申报”修改为“按照规定办理海关手续”，删去“(见附件1)”和“(见附件2)”。
删去第二十八条第二款。
(十三)增加一条作为第三十六条“本办法所规定的文书由海关总署另行制定并且发布。”
(十四)对条文顺序作相应调整。
(十五)删去附件。
(一)将第三条中的“实行24小时监管”修改为“实施监管”。
(二)将第十二条改为第十三条，修改为“特殊情况下，经园区主管海关核准，区外法人企业可以依法在园区内设立分支机构。”
(三)将第十三条改为第十二条，将第(一)项修改为“具有企业法人资格”。
(四)将第十四条第一款修改为“园区企业变更营业场所面积、地址、名称、组织机构、性质、法定代表人等注册登记内容的，应当在变更后5个作日内向主管海关书面报告。”
将第二款修改为“境内区外货物、设备以出口报关方式进入园区的，其出口退税按照国家有关规定办理。境内区外货物、设备属于原进口货物、设备的，原已缴纳的关税、进口环节海关代征税海关不予退还。”
(十)将第三十四条第二款修改为“对在区外更换的国产零配件或者附件，如需退税，由企业按照出口货物的有关规定办理手续。”
(十二)删去第四十二条第二款中的“但海关不予签发出口货物报关单证明联”。
(十三)删去第四十三条。
(十四)将第四十七条修改为“除国家另有规定外，园区货物不设存储期限。”
(十五)删去第四十八条中的“不予签发出口货物报关单证明联”和“由转出地海关签发出口货物报关单证明联”。
(十六)将第五十五条中的“园区规划面积内、围网外”修改为“园区围网外”，删去“海关特殊监管区域，是指经国务院批准设立的保税区、出口加工区、园区、保税港区及其他特殊监管区域”。
(十七)对条文顺序作相应调整。
十六、对《中华人民共和国海关行业标准管理办法》(海关总署令第140号公布)作如下修改：
(一)删去第三条中的“(见附件1)”、第十条中的“(见附件2)”、第十一条中的“(见附件3)”和第十七条中的“(见附件4)”。
(二)将第五条第一款修改为“海关行业标准的制定应当依据国家有关海关工作和标准工作的法律、行政法规，符合科学、合理、可行的原则，不得与强制性国家标准不一致。”
删去第三款。
(三)删去附件。
(二)将第七条第一款修改为“珠海园区内企业(以下简称区内企业)应当具有法人资格。特殊情况下，经珠海园区主管海关核准，区外法人企业可以依法在园区内设立分支机构。”
(三)将第九条第一款修改为“海关对区内企业实行电子账册监管制度和计算机联网管理制度，电子账册的备案、核销等作业按有关规定执行。”
(四)删去第十条。
(六)将第二十一条第二款中的“委托区外企业加工的期限不得超过6个月”修改为“委托区外企业加工的期限不得超过合同或者协议有效期”。
(七)将第二十三条第三款中的“对在区外更换的国产零件、配件或者附件，需要退税的，由区内企业或者区外企业提出申请，园区主管海关按照出口货物的有关规定办理手续，签发出口货物报关单证明联”修改为“对在区外更换的国产零件、配件或者附件，需要退税的，由企业按照出口货物的有关规定办理手续”。
(八)将第二十四条第二款修改为“境内区外货物、设备以出口报关方式进入园区的，其出口退税按照国家有关规定办理。境内区外货物、设备属于原进口货物、设备的，原已缴纳的关税、进口环节海关代征税海关不予退还。”
(九)删去第三十三条第二款中的“货物从已经实行国内货物入区(仓)环节出口退税制度的海关特殊监管区域或者海关保税监管场所转入珠海园区的，海关不予签发出口货物报关单证明联”和“由转出地海关签发出口货物报关单证明联”。
(十)将第三十五条第二款中的“持主管部门批文”修改为“凭主管部门批文”。
(十一)对条文顺序作相应调整。
十八、对《中华人民共和国海关关于大嶝对台小额商品交易市场管理办法》(海关总署令第163号公布，根据海关总署令第214号修改)作如下修改：
(一)将第五条第一款中的“(见附件1)”修改为“具体商品范围由海关总署另行确定并且发布”。
(二)将第七条第二款中的“本办法附件2列明的商品仅限在规定数量内携带出交易市场”修改为“仅限在规定数量内携带出交易市场的商品及数量限制由海关总署另行确定并且发布”。
(一)将第五条第二款修改为“海关及其他行政管理机构的办公场所应当设置在保税港区围网以外。”
(二)将第九条修改为“保税港区内企业(以下简称区内企业)应当具有法人资格。特殊情况下，经保税港区主管海关核准，区外法人企业可以依法在保税港区内设立分支机构。”
(五)将第二十六条修改为“境内区外货物、设备以出口报关方式进入保税港区的，其出口退税按照国家有关规定办理;境内区外货物、设备属于原进口货物、设备的，原已缴纳的关税、进口环节海关代征税海关不予退还。
“除另有规定外，海关对前款货物比照保税货物进行管理，对前款设备比照减免税设备进行管理。”
(六)将第二十八条第三款中的“对在区外更换的国产零件、配件或者附件，需要退税的，由区内企业或者区外企业提出申请，保税港区主管海关按照出口货物的有关规定办理手续，签发出口货物报关单证明联”修改为“对在区外更换的国产零件、配件或者附件，需要退税的，由企业按照出口货物的有关规定办理手续”。
(七)将第二十九条第二款中的“委托区外企业加工的期限不得超过6个月”修改为“委托区外企业加工的期限不得超过合同或者协议有效期”。
(八)将第三十一条中的“区内企业不实行加工贸易银行保证金台账和合同核销制度”修改为“区内企业设立电子账册，电子账册的备案、核销等作业按有关规定执行”。
(十)删去第三十三条。
(十一)将第三十七条第一款修改为“除国家另有规定外，保税港区货物不设存储期限。”
(十二)删去第三十八条第一款中的“不予签发用于办理出口退税的出口货物报关单证明联”和“由转出地海关签发用于办理出口退税的出口货物报关单证明联”。
(十三)删去第三十九条中的“出口货物运抵保税港区，海关接受申报并放行结关后，按照有关规定签发出口货物报关单证明联”。