——MoreGenotyping,LessTimeandFewerReagents
PCR-basedGenotyping等实验,常需纯化样本基因组。当待测样本较多时,纯化基因组的过程费时、操作重复,并且实验成本高。翌圣生物通过改造TaqDNA聚合酶,优化PCR反应体系开发出无需基因组纯化的DirectPCRKit系列产品。
CleverPCR:DirectPCR
翌圣DirectPCRKit是直接从样本开始,以未经基因组纯化的微量原始样本(图1-A)或其裂解产物(图1-B)作为模板,进行PCR-basedGenotyping(见图1)。与常规PCR-basedGenotyping相比,DirectPCRKit样本用量少,操作简单,实验成本低,可高通量化样本检测。
图1.直扩PCR扩增流程图
A.直接法:取少量样本直接加入到PCRMasterMix中,进行PCR鉴定。
B.裂解法:样本取样后,加入裂解液中,裂解释放基因组,取少量裂解上清液加入到PCRMasterMix中,进行PCR鉴定。
技术优势
★直接:无需进行费时而昂贵的DNA纯化
★快速:10min完成模板制备,最少30min完成PCR反应
★简便:样品无需剪碎或研磨即可完成裂解,PCRMix为预混液形式,减少加样步骤
★节省:材料用量少
★高通量:可在96孔板中完成裂解反应
★耐抑制:耐受多种动物、植物样本
DirectPCRKit实验过程
本系列产品运用独特的蛋白酶裂解体系,裂解样品,裂解液可直接作为模板,搭配试剂盒中的PCRMasterMix进行基因扩增。
图2.动物、小鼠组织直接PCR实验过程
图3.植物组织直接PCR实验过程
直扩PCR产品选购表
产品系列
小鼠直扩二代
小鼠直扩一代
血液直扩
植物直扩
动物直扩
产品货号
产品规格
20T/50T/200T/500T
50T/200T
特点
扩增长度
≤5kb
≤1kb
≤8kb
3-20s
30s
2kb以内3-5s8kb以内10s
60s
20s
适用生物
小鼠、大鼠
人、小鼠、山羊、鸡、猪等
水稻、玉米、烟草、油菜、小麦、大豆等
小鼠、兔子、鸟类、淡水鱼、果蝇、线虫、狗
适用组织/材料类型
鼠尾、鼠耳、脚趾(带肌肉)和其他脏器
含EDTA、肝素、柠檬酸盐等常规抗凝剂的新鲜血液、冷藏(冻)血液及Whatman903?和FTA?商用干血渍
嫩叶、老叶、幼苗、嫩茎
脑、心脏、肝脏、胰脏、肾脏、脾脏、睾丸、肌肉、羽毛末端
样品使用量
组织:5mg鼠尾:1-5mm
组织:5-10mg鼠尾:1-5mm
全血:0.5%-20%Whatman?干血渍:1mm2
叶片:1-10mm种子:1-3mm
5-10mg
5-10min
15min
0-3min
0-10min
5-30min
产物末端结构
平末端
退火温度
Tm-(2~5)℃
Tm-(1~2)℃
GC兼容范围
29-70%
30-70%
30-75%
40-65%
5‘-3’外切酶活性
O
应用
基因鉴定
多重PCR
O(5重)
O(3-4重)
样本直扩
其他特点
电泳指示剂
无色
蓝色
热启动
预混液/试剂盒
Kit(含Mix)
Kit(含Mix+buffer)
产品优势
改造的TaqDNAPolymerase是DirectPCR的保证:超强的抑制物耐受性
对于非纯化样本作为模板时,会引入很多对PCR反应有抑制的成分。以普通的PCR反应体系和TaqDNA聚合酶较难得到理想的结果,甚至无法进行PCR扩增。本系列试剂盒中PCRMix为配方优化预混液,采用改造的TaqDNAPolymerase,增加与模板DNA结合能力,对于常见PCR抑制剂具有更高的耐受性,因此具有更广泛的模板适应性。
图4.直接PCRKit中的PCRMix具有更高的杂质耐受度。相同模板量,用不同的PCRMix进行PCR,同时在体系中加入不同浓度的各种PCR反应抑制物。比较不同条件下的PCR产物量。
翌圣生物针对不同样本,开发出一系列产品
啮齿类专用型:MouseTissueDirectPCRKitPlus(10189ES)
适用样本:小鼠组织(如鼠尾、鼠耳、鼠趾等)
扩增效率高(长度、速度、GC兼容性)
基因分型检测对比
图6.取不同组织裂解产物进行多重PCR扩增,五对引物片段大小分别为200bp、400bp、600bp、800bp、1000bp,Marker:Yeasen10501ES60。
结论:MouseTissueDirectPCRKit可对不同组织裂解产物进行5重基因分型检测,优于竞品性能。
广泛的模板兼容性(10189ES)
图6.使用MouseTissueDirectPCRKitPlus直接裂解(70℃裂解10min)扩增人293细胞、唾液、头皮组织,均有明显的目的条带,Marker:10510ES60(Yeasen).
扩增速度及产量对比(10189ES)
1.质粒101891kb11.质粒101892kb
2.T品牌鼠耳1kb12.T品牌鼠尾2kb
3.T品牌鼠尾1kb13.T品牌鼠耳2kb
4.T品牌鼠趾1kb14.T品牌鼠趾2kb
5-6.10189鼠耳1kb15-16.10189鼠耳2kb
7-8.10189鼠尾1kb17-18.10189鼠尾2kb
9-10.10189鼠趾1kb19-20.10189鼠趾2kb
图7.使用MouseTissueDirectPCRKitPlus和T品牌产品裂解不同组织扩增不同大小的目的片段,10189ES延伸速率为5sec/kb,T品牌延伸速率1min/kb。(70℃裂解10min)
结论:MouseTissueDirectPCRKitPlus对不同组织裂解产物进行不同大小的目的片段扩增,在快速扩增的同时,均可达到产品定位的扩增效果,尤其是2kb的扩增效果优于竞品。
多动物血液通用型:BloodAdvancedDirectPCRKit(10188ES)
扩增长度高达8kb
耐受性强
植物类专用型:PlantTissueDirectPCRKit(10187ES)
多类型植物样本验证
图10.不同类型植物叶片直扩结果。M:100bpDNAladder。C:相应植物纯化基因组DNA为模板。1-2:叶片组织裂解产物为模板。循环数:30个循环。
多动物通用型:AnimalTissueDirectPCRKit(10184ES)
适用样本:小鼠、兔子、鸟类、淡水鱼、果蝇、金鱼、线虫、狗
实验例:基因敲除小鼠基因型鉴定
图12.动物组织直接PCR试剂盒检测基因敲除动物组织直扩结果。M:100bpDNAladder。1-8:以裂解产物为模板。+:以50ng纯化基因组DNA为模板。﹣:以去离子水为模板。循环数:35个循环。单条带(580bp):敲除动物纯合子基因组。单条带(180bp):野生型基因组。两条带(580bp/180bp):敲除动物杂合子基因组。
客户案例
小鼠基因型鉴定
广州某生物公司:
北京某生物公司:
图14.动物直扩试剂盒(10184ES)鉴定小鼠基因型。
水稻基因直扩
华中农业大学:
产品定位
产品名称
规格
直扩裂解液
小鼠组织裂解组分MouseTissueLysisComponent
高质量琼脂糖
Agarose琼脂糖
100g/500g
核酸染料(紫外光)
YeaRedNucleicAcidGelStain(10,000×inWater)YeaRed核酸染料(10,000×水溶液)