合同违约金千分之三不一定合法，要看实际收到的损失是多少，超过损失百分之三十的，就是不会被法院支持的，具体如下：
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国合同法〉若干问题的解释(二)》
当事人约定的违约金超过造成损失的百分之三十的，一般可以认定为合同法第一百一十四条第二款规定的“过分高于造成的损失”。
扩展资料
我国《合同法》第114条规定的违约金，属于赔偿性违约金。如此解释，并不等于否定惩罚性违约金在我国法上的地位。由于《合同法》奉行自愿原则(第4条)，当事人仍然可以明确约定惩罚性违约金，只要此种条款不违反法律的强制性规定，便仍然有效。当然，如果当事人的约定不明确，原则上推定为赔偿性违约金。
赔偿性违约金作为赔偿损失额的预定，虽然不要求其数额与损失额完全一致，但也不宜使两者相差悬殊，否则，会使违约金责任与赔偿损失的一致性减弱乃至丧失，而使两者的差别性较大，以致成为完全不同的东西。
因此，违约金的数额过高或者过低时允许调整是适宜的。在这，违约金的数额与损失额应大体一致，这是商品交换的等价原则的要求在法律责任上的反映，是合同正义的内容之一，是合同法追求的理想之一。
(1)违约金高低的比较标准。《合同法》第114条所规定的比较标准，是因违约“造成的损失”。
(2)违约金的增加。赔偿性违约金既属损害赔偿额的预订，理应是在充分估计因违约所会造成的实际损失的基础上确定的。如果违约金低于因违约造成的实际损失，该违约金在实际效果上就相当于限责条款。
(3)违约金的适当减少。约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
综上所述，合同当事人为了防止对方会破坏约定而导致单方亏损的，就会有违约金的条款来限制对方的履行行为，而如果条款中要求给的违约金是所有款项额度的千分之三就是违法的，但是如果只是限定为亏损部分的金额就可以得到法律的保护。
合同违约金一般是多少？是否有上限？
法定违约金与约定违约金的区别
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