船舶需要达成“首都级城市”里程碑时，才会解锁。有两种形式：游轮和货船，它们只会停靠与之相对应的港口。这两种类型的港口主要用于对外连接（并且只能放置在有这种连接的地方），但在偶尔情况下，城市市民和内部货运会使用港口之间的航线。
港口会产生噪音污染，消耗大量的水和能源，而且造价非常昂贵。
最好将公交车站、火车站、出租车等候站和地铁站等公交设施安置在客运码头旁边，方便游客乘坐公共交通工具。
港口-巴士枢纽和港口-巴士-单轨列车枢纽各有两个泊位停靠游轮，而港口和港口-摆渡口枢纽各有一个泊位。
在原版游戏中，每艘客轮可容纳100名乘客。
港口
港口-巴士枢纽
港口-摆渡口枢纽
港口-巴士-单轨列车枢纽
货运码头可供外来货船停靠在城市。它们会带着工业产品进出城市。货船也可以在城市内的两座货运码头（或货物转运中心）之间行驶。要解锁货运码头，须达成“首都级城市”里程碑。
货运码头的建造费用为60,000科朗，每周维护费用为1,920科朗。由于材料和货物会不断吞吐，务必确保货港拥有一套高效的道路系统。有一个建议，在货运码头附近放置一个货运站。货物和市民一样，将采取多种运输方式到达最终目的地。
货物转运中心结合了货运码头和货运火车站，方便船舶和铁路网之间的直接转运。如果航道离铁路网很远，而玩家想避免卡车充斥城市，那它就特别管用。与货运码头一样，货物转运中心也可以接纳货运卡车。货物转运中心在达成“超大城市”里程碑后解锁，建造费用为90,000科朗，维护费用为2,400科朗。货物转运中心可以管理比货运码头更多的货物，但成本更高。
渡船总站
渡船站
渡船码头
渡船和公共汽车中转站
摆渡口-电车枢纽
渡轮是小型船只，不同于游轮的是，需要玩家为它们制定类似于公交那样的线路。
渡轮需要建造渡轮总站，它们可以从那里生成。停靠站点方面，有小型的“渡船站”，较大型的“渡船码头”和“渡船和公共汽车中转站”（这是一个渡轮-公交枢纽）。渡船站非常小，没有很多空间供乘客等候。码头比较大，允许两艘渡轮同时停靠。渡轮-公交枢纽允许两艘渡轮同时停靠，同时它们也有许多公交站台。
渡轮也需要航道，以便它们能够找到从一个站到另一个站的路。航道是一种标记，在功能上就像水上道路，如同水道一般。许多航道可以连接到相同的总站。总站也需要与线路的航道连接，这样渡轮才能从总站开到线路上。建造运河会附带一条渡轮航道。渡轮不能承载市民的汽车，尽管离开渡轮的行人可能会“口袋掏车”。
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