每年通过新生注册为小学一年级学生建立电子学籍(学前教育阶段已建立电子学籍的学生可同步调取学籍档案)。在每学年开学后一个月内完成小学一年级新生电子学籍建立工作。
3.来华归国学生注册
4.学籍注册核办
学校和各级学籍主管教育部门应当及时依次完成学籍注册核办，对学生信息真实性和准确性严格把关。对存在疑问的学籍信息，应核办不通过，退回学校再次进行确认处理。
5.问题学籍处理
问题学籍包括三种类型。
(1)身份证号错误。指身份证号错误的学生信息，经公安部身份认证完成后下发，包括身份证号不存在、姓名和身份证号不匹配两种错误类型。该类处理方式以变更和删除为主，经公安户籍部门确认确实无误的，需上传公安户籍部门证明材料进行佐证。
(2)有身份证号的学籍重复。指两个以上学生的身份证号完全一致，分别在系统中进行学籍注册，该类处理方式是佐证、变更和删除。全国系统中出现身份证号重复的，处理时只能保留一个为正确的，如果双方主管教育部门都认为本辖区内的学生信息无误且都核办通过，则需要两个学籍主管教育部门的共同上级进行问题学籍仲裁。
(3)无身份证号的学籍重复。指两个以上学生无身份证号学生的姓名、性别、出生日期完全一致，分别在系统中进行学籍注册，该类处理方式是佐证、变更和删除。全国系统中出现无身份证号的学籍重复时，经学籍主管教育部门对证明材料进行核办，确认没有问题的，可以都核办通过，成为非问题学籍。
第二章学籍日常管理
1.学籍信息修改
2.非转学异动
3.转学异动
转入学校发起跨省转学申请时，必须输入全国学籍系统分配的学籍号，跨省转学四方核办完成后，转入学校还需进行跨省转学调档操作。跨省转学未调档前，转入学校可以发起跨省转学撤销申请。
第三章毕业升学
2.毕业和结业
义务教育阶段学生毕业和结业，由学校在系统中进行操作，无需学籍主管教育部门核办。高中阶段学生毕业和结业，需学籍主管部门核办，并结合学业水平考试成绩，由各省(区、市)设置相应的毕业结业条件。毕业和结业操作时，学校应登记学生的毕业或结业去向信息，毕业去向暂时不明确的，待学生升学后，可通过系统自动回填。学生毕业和结业操作完成后，不能再对学生基本信息进行修改。毕业和结业操作有误的，可将毕业和结业生退回到在校生状态，再进行其他操作。
3.招生升学
教育行政部门(招生部门)要根据核定的招生计划，设置辖区内学校的招生人数。招生计划数需要调整的，由学校通过全国学籍系统招生计划变更功能提交变更申请，并经教育行政部门(招生部门)核办确定。义务教育阶段招生处理以预先指定招生学校、统一招生处理为主，其他与高中阶段教育一样，招生处理以招生办提供的招生结果名单为依据。教育行政部门(招生部门)可通过全国学籍系统下载招生结果模版，形成招生结果名单后导入系统中。自主招生功能同样支持招生结果导入操作，各地可根据实际情况灵活使用。当一个学生被两所或以上学校录取时，需进行重复招生(查重)处理。招生操作由学籍管理教育部门配合招生部门完成。
4.毕业后跨省就学
学生能否跨省升学，由接收学校和教育行政部门确定。对于有入学资格的学生，由接收学校发起学籍转接申请;对于有入学资格但原来未建学籍的学生，接收学校必须为其新建学籍。转接学籍或新建学籍是招生的后置程序，不得将原来有无学籍或学籍是否已转至接收地作为确定入学资格的必要条件。学校里不能存在没有学籍的学生。
第四章系统配置管理
1.账号功能设置
全国学籍系统为各级学籍主管教育部门和学校分别建立学籍管理员、学籍主管领导和系统管理员账号。学校级学籍管理员负责录入学生信息、提出学籍变动申请等日常管理工作，学校级学籍主管领导负责核办学生学籍信息、学籍变动。教育行政部门学籍管理员负责核办学校提交的学生注册、学籍变动、关键信息变更等业务操作，教育行政部门学籍主管领导主要负责数据查询、统计分析等。各级系统管理员负责系统配置管理，不参与学籍业务管理。
2.受控字段设置
各级教育行政部门可以增加或者删除本级设置的受控字段(强制核办字段)，以及查看上级设置的受控字段。学校修改的学生信息为受控字段时(无论是哪一级教育行政部门设置)，都需要学校的教育行政部门核办通过后才能完成信息的修改。
3.班额设置
省级、市级、县级用户可逐级对辖区内所有学校的班额上限进行统一设置，包括查看上级班额配置和设置本级班额配置功能。本级设置的班额不可高于上级设置的班额;如果上级设置不允许下级修改班额，则沿用上级设置，无法设置本级班额。