进出口货物运抵口岸或监管场地后，企业应按以下顺序办理通关手续：填制报关单--报关单预录入--电子数据申报--等待审单中心审结--现场交单--缴纳税费--接受查验--办理放行手续--申请签发报关单证明联。
2、企业填制报关单
3、报关单预录入及向海关申报
企业将填制的报关单交预入录公司进行入录，企业应认真审核入录结果，保证所形成的报关单数据与所填制的报关单内容完全一致，确认无误后，方可向海关申报。
4、等待审单中心审结
企业在电子申报之后可通过现场大屏幕或现场自助终端来查看报关单处理情况，系统对外提示信息有：等待处理、不接受申报、等待海关通知、与中心联系，与现场联系，退回修改，现场交单、放行交单、与接单联系、缴纳税费、与查验联系。
提示信息解释如下：
等待处理：报关单申报之后等待审单中心处理或审单中心内部转岗待处理。
不接受申报：报关单无法通过电脑逻辑检查被自动退单。
等待海关通知：审单中心将待审报关单挂起后进一步研究处理。
与现场联系：审单中心将待审报关单外转至现场验估岗位，请货主马上与现场联系。
现场交单：到现场接单部门办理接单手续。
放行交单：到放行环节办理放行手续。
与接单联系：与现场接单部门联系。
缴纳税费：到现场税费部门办理缴纳税费手续。
与查验联系：到现场查验部门办理查验事宜。
6、关于预录入及打印报关单
报关单的申报日期是在货主向海关正式申报时由系统自动产生，预录入报关单时不必录入申报日期。
预入录报关单时必须如实入录报关员代码报关单在电子申报之后不应马上打印报关单，要等审单中心审结指令下达后方可打印，以保证打印的是报关员最后修改过的报关单。
如果在审结之后需要打印海关修改过的报关单清样，可以利用预录入系统的“审结后打印报关单”功能打印出经过海关修改的报关单。
7、关于已审结报关单的接单时限
审单中心已审结的报关单必须尽快到现场办理递单手续，超过15日不到现场接单的，报关单将被系统锁定，需报批之后方可解锁。
8、关于删除、修改报关单
报关员在正式向海关申报前应认真审核报关数据是否真实、准确、完整，并对报关数据负责。长春海关通关管理部门和企管部门将共同对报关员的报关质量进行考绩。对于删改单超过一定数量的报关员，海关将予处罚。
9、关于出口退税报关单
10、关于出口转关运输货物
海关电脑系统要求出口转关申报单在结关时一单一核，因此申报时必须一份报关单对应一份转关申报单。
出口转关运输货物必须在先办理报关手续后方可办理转关运输手续，在填制出口转关运输申报单时一定要准确填写所对应的出口报关单号，否则系统无法正常结关。
11、关于征免税证明及加工贸易手册备案
报关单申报时系统会自动检查报关单面内容与征免税证明及加工贸易手册内容的一致性，因此在先期备案时应将商品编码、商品名称、规格型号、数量及单位、单价等内容，要严格按《长春海关报关单填制规范》要求填制并备案，以避免报关申报时，因报关单与征免税证明或加工贸易手册备案不符导致自动退单，造成无法向海关申报。
12、关于加工贸易深加工结转及料件结转货物加工贸易深加工结转及料件结转货物，应先办理结转进口报关，并在结转出口报关单本栏目填报转入方关区代码(两位)及进口报关单号，即“转入XX(关区代码)XXXXXXXXX(进口报关单号)”。
13、关于集装箱运输货物进口集装箱货物必须在备注栏内标明集装箱号。如以集装箱运输的货物内有小包装的，在报关单“规格型号”栏内应详细注明小包装的规格，即：长×宽×高，并准确注明计量单位。
拼箱货物要在备注栏注明拼箱的箱号及报关单号。
14、关于汽车运输货物
汽车运输的进出口货物，报关时要在备注栏注明车辆吨位。
拼装货物在备注栏内应注明所有与其拼装的货物的报关单号及车辆牌号。一票货物为多辆汽车载运的，可在“备注”栏内注明运输工具的数量及其中一辆的车号，可以不必填入全部车号。
15、关于进出口口岸
在填报“进/出口口岸”时，应详细填报具体口岸现场，如：“集海关村”、“延吉三合”，不可笼统的填报为“集安海关”或“延吉海关”。
16、关于监管证件
货物进出口前需按商品目录选择商品编码，并掌握对监管条件的要求，并办理好各种进出口批准证件方可实际进出口。[page]
进出口货物报关时，必须单证齐全，仅有监管证件号码而无纸面单证海关不接受申报。
17、关于暂时进出口货物
暂时进出口货物的报关人应在货物进境后到现场海关提交保证金申请，由现场海关报审单中心审批。审单中心对货物征保证金放行。货物复运出境时，报关人到现场海关办理保证金销案手续，海关退还保证金。
18、关于进境修理物品
进境修理物品的报关人应在货物进境后到现场海关提交保证金申请，由现场海关报审单中心审批。审单中心对货物征保证金放行。货物复运出境时，报关人到现场海关办理保证金销案手续，海关退还保证金。
19、关于通关业务咨询受理
企业在通关过程中遇到疑难问题应按以下顺序咨询：⑴、查询海关对外提供的咨询系统;⑵、咨询接单现场关员;⑶、咨询审单中心。即：除系统显示“与中心联系”的问题以外，其他问题应首先与接单现场联系，审单中心有权不予受理。明的进口或出口货物，是经海关监管验放的合法进出口货物。海关签发每份证明书收取工本手续费人民币10元。
20、关于出口退税
根据《中华人民共和国增值税条例》和《中华人民共和国消费税暂行条例》的有关规定，国家税务总局制定了《出口货物退(免)税管理办法》，自1994年1月1日起执行。
企业办理出口退税的凭证是：
购买出口货物的增值税专用发票(普通发票)及《税收(出口产品专用)缴款书》(专用税票);出口货物销售明细帐;盖有海关验讫章的《出口货物报关单(出口退税联)》;出口收汇核销单。
出口货物退税企业应在其出口货物装载的运输工具办结海关手续之后，向其报关的海关申请签发退税专用《出口货物报关单》。出口货物在内地海关报关后转关至出境地口岸海关出口的，内地海关在收到口岸海关的转关通知单回执后，才予办理出口货物退税专用报关单。海关根据实际出口货物的数量、价值等签发出口货物退税专用报关单，并按规定收取签证费。
存入(包括转关运输方式存入)出口监管仓库的出口货物要待货物提取出仓库并装载运输工具离境后，海关才能签发出口货物退税专用报关单。提取出口保税仓库货物销售给国内企业或三资企业进行深加工产品复出口的，海关按结转加工的有关规定办理，不予签发出口货物专用报关单。
21、关于结/付汇报关单
国家为了防止外汇流失制定了《出口收汇核销管理办法》，通过海关对出口货物的监管，对出口单位的外汇是否结给国家进行监督。出口单位凭以到外汇局进行收汇核销的是经海关签章的外汇核销单和出口报关单。出口单位应在其出口货物办结海关放行手续之后，向其报关的海关申请签发出口结汇报关单。出口货物在内地海关报关后转关至出境地口岸海关出口的，内地海关在收到口岸海关的转关通知单回执后，才予办理出口结汇报关单。海关根据实际出口货物的数量、价值等签发出口结汇报关单，并按规定收取签证费。
国家为了防止汇出外汇而不进口商品的逃汇行为，通过海关对进口货物的监管，实行进口付汇核销制度。进口单位凭以到银行进行付汇核销的是经海关签章的进口付汇核销单和进口付汇报关单。进口单位应在其进口货物办结海关放行手续之后，向其报关的海关申请签发进口付汇报关单。22、关于中国电子口岸
中国电子口岸运用了现代信息技术，借助国家电信公网资源，将国家各行政管理机关分别管理的进出口业务信息流、资金流、货物流电子底帐数据集中存放到公共数据中心，在统一、安全、高效的计算机物理平台上实现数据共享和数据交换。各国家行政管理部门可进行跨部门、跨行业的联网数据核查，企业可以在网上办理各种进出口业务。
中国电子口岸所要实现的目标是：
一、建立现代化的管理部门联网综合管理模式，增加管理综合效能。在公共数据中心支持下，进出口环节的所有管理操作，都有电子底帐可查，都可以按照职能分工进行联网核查、核注、核销。
二、利用高科技手段增强管理部门执法透明度。中国电子口岸，借助于高科技手段，使管理部门各项进出口管理作业更规范、统一、透明，各部门、各操作环节相互制约，相互监督，从机制上加强了管理部门廉政建设。
三、便利企业，提高贸易效率，降低贸易成本。很多进出口手续在办公室通过网络就可以完成，通关效率提高，出口退税迅速，结售汇核销等手续更为便捷
目前，已推出的第一批联网应用项目是：
出口加工区企业电子帐册联网备案核销
APEC示范海关项目(ATA、快件通关)
即将推出的第二批联网应用项目是：
出口退税申报
舱单申报
转关运输申请
加工贸易备案
减免税申请
进口环节增值税核查
两水两陆预报关
知识产权边境保护
代理或专业报关
企业联合年检
商品预归类申请
高技术产品出口申报23、关于出口收汇核销单联网申领发放核查核销
出口收汇核销单联网申领发放核查核销是口岸电子执法系统实际应用的项目之一，于二00一年六月一日起在全国正式运行。上网申领发放核查核销出口收汇核销单目的是有效打击利用假收汇核销单出口逃汇，使海关能够实时核查外汇管理局通过口岸电子执法系统在网上核发的出口收汇核销单电子底帐数据。
出口收汇核销联网核查开始后企业使用收汇核销单通关的程序是：
企业上网申领出口收汇核销单;
外汇管理局根据企业申请，网上核发出口收汇核销单;
企业到外汇管理局领取纸质出口收汇核销单;
企业在出口报关前，在网上对已领取的出口收汇核销单向报关地海关进行备案;
企业凭已备案的《出口收汇核销单》及出口货物报关单向报关申报;