1939年4月上海商检局开始实施植物病虫害检验。这些法律的颁布对于保护当时国内的农业和畜牧业起到了积极的作用，也促进了农畜产品的出口。
抗日战争爆发后，随着天津、上海等大城市的沦陷，各地检验检疫机构相继停办，除了少量的桐油、茶叶、蚕丝外，农畜产品的进出口量甚少，动植物检疫工作基本上处于停滞状态。也正是在这时，国外很多疫病传入了中国，如甘薯黑斑病、蚕豆象、棉花黄枯萎病等。
(二)中华人民共和国成立后的动植物检疫
中华人民共和国成立后，政府接管并改造了原有的商品检验局，于1949年建立了由中央贸易部领导的商品检验机构，1952年明确由外贸部商检总局负责对外动植物检疫工作，其中，畜产品检验处负责动物检疫、农产品检验处负责植物检疫。由于当时出口动物及其产品的数量逐年增加，外贸部制定了《输出输入农畜产品检验暂行标准》，在对外贸易中发挥了很好的作用。1954年，政务院颁发《输出输入植物检疫暂行办法》、《输出输入植物应施检疫种类与检疫对象名单》，规定进口的农林种子、苗木及播种材料、植物产品等必须实施植物检疫。
1964年2月，国务院决定将动植物检疫从外贸部划归农业部领导(动物产品检疫仍由商检局办理)。并于1965年在全国27个口岸设立了中华人民共和国动植物检疫所，以后又根据形势发展的需要，在开放的口岸设立进出境动植物检疫机构。
“文化大革命”初期，进出境动植物检疫工作受到严重干扰，有的机构被撤销、人员被调离，进出境动植物检疫工作一度陷入混乱，致使有些国外疫病传入中国，如被列入一类检疫对象对林业危害严重的美国白蛾就是这时通过丹东口岸传入的。
针对当时的情况，从保护中国农业的角度出发，农业部于1966年制定了《农业部关于执行对外植物检疫工作的几项规定》（草案），对进出境（包括过境）植物检疫的应检范围、报检程序、报验方法、检疫处理和出证放行等做出详细规定。这个规定对于规范当时的植物检疫工作，统一口岸执法，起到了积极的作用。同时，农业部还根据进口检疫中出现的疫情，及时调整了《进口植物检疫对象名单》。1971年农业部修订了《口岸动物检疫暂行条例》。1974年又制定了《对外植物检疫操作规程》，规定凡进出口植物及其产品的检疫都要按照“准备工作、现场检疫、室内检疫、评定与签证”四个程序进行。农业部采取的这些措施，对动植物检疫工作起到了指导和统一、规范的作用。
改革开放以来，动植物检疫恢复了正常的工作秩序。党的十一届三中全会以后，国家农委根据检疫工作的实际，于1980年在《国家农委关于口岸动植物检疫工作归口统一管理问题的批复》中指出，为加强检疫工作的领导，经与农业部、林业部、农垦部和国家水产总局研究，同意口岸动植物检疫工作恢复归口农业部统一领导，从而结束了动植物检疫政出多门的现象。
1982年，国务院正式批准成立国家动植物检疫总所，并明确其性质为代表国家行使对外动植物检疫行政管理职权，负责统一管理全国口岸动植物检疫工作的局级事业单位。国家动植物检疫总所的成立，将进出口动植物检疫改为由中央和地方双重领导，以中央领导为主的垂直领导体制。
随着改革开放的不断深入，中国国内的各项工作逐步纳入法制化的轨道。1982年，国务院颁布《中华人民共和国进出口动植物检疫条例》（以下简称《条例》），以国家行政法规的形式明确规定了进出口动植物检疫的宗旨、意义、范围、程序、方法以及检疫处理和相应的法律责任。《条例》是中国进出境动植物检疫史上第一部比较完善的检疫法规。
《动植物检疫法》是中国颁布的第一部动植物检疫法律，是中国动植物检疫史上一个重要的里程碑，它以法律的形式明确了动植物检疫的宗旨、性质、任务，为口岸动植物检疫工作提供了法律依据和保证。它的颁布实施，扩大了中国动植物检疫在国际上的影响，标志着中国动植物检疫事业进入一个新的发展时期。
1995年，国家动植物检疫总所更名为国家动植物检疫局。
1996年12月，国务院颁布《动植物检疫法实施条例》，细化了动植物检疫法中的原则规定，如进一步明确了进出境动植物检疫的范围，确定了国家动植物检疫机关的职能，完善了检疫审批程序和检疫监督制度，进一步规范了实施行政处罚的规则和尺度。
《动植物检疫法》及其《实施条例》颁布施行后，农业部、国家动植物检疫局根据工作的需要，先后制定了一系列配套规章及规范性文件。如《进境动物一二类传染病、寄生虫病名录》、《禁止携带、邮寄进境的动物、动物产品和其他检疫物名录》、《进境植物检疫危险性病、虫、杂草名录》、《进境植物检疫禁止进境物名录》等。这些规章及规范性文件的执行，对于实现进出境动植物检疫“把关、服务、促进”的宗旨发挥了重要的作用。
随着进出境动植物检疫事业的蓬勃发展，检疫机构和队伍也在迅速壮大。截止1998年，检疫机构已发展到364个，全国从事动植物检疫的人员达6300余人。
三、中国国境卫生检疫的产生和发展
(一)中华人民共和国成立前的国境卫生检疫
鸦片战争以后，一系列不平等条约的签订，打破了清政府闭关锁国的对外政策。随着沿海口岸的相继开放，中国对外通商日益发展，同时，各类传染病传入的可能性也大大增加。
1873年，由于印度、泰国、马来半岛等地霍乱的流行并向海外广泛传播。帝国主义为了巩固和扩大他们在华的既得利益，在其控制下的上海、厦门海关设立了卫生检疫机构，订立了相应的检疫章程，并任命一些当时被外国掌管的海关官员为卫生官员，开始登轮检疫。这就是中国出入境卫生检疫的雏形。
1910年和1921年，中国东北两次鼠疫大流行，为了加强卫生检疫工作，减少疫情带给人民的灾难，当时的东三省防疫总管理处向南京国民政府提出从海关收回卫生检疫权的要求。历经数年的努力，经国民政府批准终于达成协议：在上海建立全国海港检疫总管理处，自1930年7月1日始先收回上海海港检疫机构，由外国人掌握权力的中国海关交回中国政府管理。总管理处订立全国检疫章程，呈中央政府批准后施行，总管理处负责分期收回上海港以外的各口岸卫生检疫机构。
由于当时的卫生检疫隶属于不同的海关，又没有统一的卫生法典，所以各地执法不一，虽然对出入境的人员、运输工具及货物实施了一定的检疫、消毒及其他处理，但仍未有效控制疫病的传入传出。
1930年，各地卫生检疫从海关分离出来，成为一个独立部门，隶属国民政府内务部卫生署领导。卫生署先后在上海、天津、广州、汉口、满洲里、厦门等口岸设立海港检疫管理处和卫生检疫所，负责出入境卫生检疫。同年颁布了《海港检疫章程》，这是中国第一部全国统一的卫生检疫法规，从此结束了海港卫生检疫各自为政的状态。该章程参照了《国际卫生公约》的规定，从内容和方法上统一了卫生检疫，规定卫生检疫的对象为人、运输工具、货物和兽类；检疫传染病为：鼠疫、霍乱、天花、黄热病及斑疹伤寒。中国卫生检疫机关可以对外宣布疫区及疫港。1931至1932年，海港检疫总管理处从海关收回了汕头、营口、塘沽、秦皇岛等卫生检疫所。